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- EMDB-37738: In situ PBS from cyanobacterial Spirulina platensis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37738
タイトルIn situ PBS from cyanobacterial Spirulina platensis
マップデータ
試料
  • 細胞: In situ PBS-PSII supercomplex from Spirulina platensis.
キーワードPBS / PHOTOSYNTHESIS
生物種Arthrospira platensis FACHB-439 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者You X / Zhang X / Xiao YN / Sun S / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: In situ structural determination of cyanobacterial phycobilisome-PSII supercomplex by STAgSPA strategy.
著者: Xing Zhang / Yanan Xiao / Xin You / Shan Sun / Sen-Fang Sui /
要旨: Photosynthesis converting solar energy to chemical energy is one of the most important chemical reactions on earth. In cyanobacteria, light energy is captured by antenna system phycobilisomes (PBSs) ...Photosynthesis converting solar energy to chemical energy is one of the most important chemical reactions on earth. In cyanobacteria, light energy is captured by antenna system phycobilisomes (PBSs) and transferred to photosynthetic reaction centers of photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI). While most of the protein complexes involved in photosynthesis have been characterized by in vitro structural analyses, how these protein complexes function together in vivo is not well understood. Here we implemented STAgSPA, an in situ structural analysis strategy, to solve the native structure of PBS-PSII supercomplex from the cyanobacteria Arthrospira sp. FACHB439 at resolution of ~3.5 Å. The structure reveals coupling details among adjacent PBSs and PSII dimers, and the collaborative energy transfer mechanism mediated by multiple super-PBS in cyanobacteria. Our results provide insights into the diversity of photosynthesis-related systems between prokaryotic cyanobacteria and eukaryotic red algae but are also a methodological demonstration for high-resolution structural analysis in cellular or tissue samples.
履歴
登録2023年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37738.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.63 Å/pix.
x 256 pix.
= 417.792 Å		1.63 Å/pix.
x 256 pix.
= 417.792 Å		1.63 Å/pix.
x 256 pix.
= 417.792 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.632 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.226
最小 - 最大-1.1154456 - 1.5860527
平均 (標準偏差)0.006879584 (±0.072040215)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 417.792 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37738_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37738_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In situ PBS-PSII supercomplex from Spirulina platensis.

全体名称: In situ PBS-PSII supercomplex from Spirulina platensis.
要素
  • 細胞: In situ PBS-PSII supercomplex from Spirulina platensis.

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超分子 #1: In situ PBS-PSII supercomplex from Spirulina platensis.

超分子名称: In situ PBS-PSII supercomplex from Spirulina platensis.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21, #23-#26, #28, #27, #29-#32, #22
由来(天然)生物種: Arthrospira platensis FACHB-439 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kgx

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 168000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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