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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3772 | |||||||||
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タイトル | hINO80 core complex | |||||||||
マップデータ | Low resolution INO80 core EM map. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Aramayo RJ / Willhoft O / Ayala R / Bythell-Douglas R / Wigley D / Zhang X | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structures of the human INO80 chromatin-remodeling complex. 著者: Ricardo J Aramayo / Oliver Willhoft / Rafael Ayala / Rohan Bythell-Douglas / Dale B Wigley / Xiaodong Zhang / 要旨: Access to chromatin for processes such as transcription and DNA repair requires the sliding of nucleosomes along DNA. This process is aided by chromatin-remodeling complexes, such as the multisubunit ...Access to chromatin for processes such as transcription and DNA repair requires the sliding of nucleosomes along DNA. This process is aided by chromatin-remodeling complexes, such as the multisubunit INO80 chromatin-remodeling complex. Here we present cryo-EM structures of the active core complex of human INO80 at 9.6 Å, with portions at 4.1-Å resolution, and reconstructions of combinations of subunits. Together, these structures reveal the architecture of the INO80 complex, including Ino80 and actin-related proteins, which is assembled around a single RUVBL1 (Tip49a) and RUVBL2 (Tip49b) AAA+ heterohexamer. An unusual spoked-wheel structural domain of the Ino80 subunit is engulfed by this heterohexamer; both, in combination, form the core of the complex. We also identify a cleft in RUVBL1 and RUVBL2, which forms a major interaction site for partner proteins and probably communicates these interactions to its nucleotide-binding sites. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3772.map.gz | 28.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3772-v30.xml emd-3772.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3772_fsc.xml | 4.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3772.png | 43.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3772 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3772 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3772_validation.pdf.gz | 260.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3772_full_validation.pdf.gz | 259.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3772_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3772 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3772 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3772.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Low resolution INO80 core EM map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human INO80 core complex
全体 | 名称: Human INO80 core complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human INO80 core complex
超分子 | 名称: Human INO80 core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: Sf9 |
分子量 | 実験値: 800 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製 #1
Preparation ID | 1 |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-試料調製 #2
Preparation ID | 2 |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |