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万見
- EMDB-37592: Cryo-EM structure of a bacterial protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37592
タイトルCryo-EM structure of a bacterial protein
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of a bacterial protein
    • タンパク質・ペプチド: Helicase HerA central domain-containing protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードbacterial immune proteins / IMMUNE SYSTEM
生物種Paenibacillus sp. 453mf (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Yu G / Liao F / Li X / Li Z / Zhang H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200496 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of a bacterial protein
著者: Yu G / Liao F / Li X / Li Z / Zhang H
履歴
登録2023年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37592.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.4 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.4 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07578 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.8567071 - 1.2315046
平均 (標準偏差)-0.000052370702 (±0.048978582)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 275.3997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_37592_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map

ファイルemd_37592_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of a bacterial protein

全体名称: Cryo-EM structure of a bacterial protein
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of a bacterial protein
    • タンパク質・ペプチド: Helicase HerA central domain-containing protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of a bacterial protein

超分子名称: Cryo-EM structure of a bacterial protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Paenibacillus sp. 453mf (バクテリア)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Helicase HerA central domain-containing protein

分子名称: Helicase HerA central domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: WP_091160506.1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paenibacillus sp. 453mf (バクテリア)
分子量理論値: 77.626344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIGVNRMTEA STYIGTVQDV NGANIRVVLD INTISSLKFV DGQGYRIGQI GSFVRIPIGY INLFGIVSQV GAGAVPDKLL EVEPYGHRW ISVQLVGEEG IKKEFERGVS QYPTIGDKVH IVTEPDLKKI YGTQNKKYIS LGNIASVDSI PALVNIDTLV T RHSAVLGS ...文字列:
MIGVNRMTEA STYIGTVQDV NGANIRVVLD INTISSLKFV DGQGYRIGQI GSFVRIPIGY INLFGIVSQV GAGAVPDKLL EVEPYGHRW ISVQLVGEEG IKKEFERGVS QYPTIGDKVH IVTEPDLKKI YGTQNKKYIS LGNIASVDSI PALVNIDTLV T RHSAVLGS TGSGKSTTVT SILQRISDMS QFPSARIIVF DIHGEYAAAF KGKAKVYKVT PSNNELKLSI PYWALTCDEF LS VAFGGLE GSGRNALIDK IYELKLQTLK RQEYEGINED SLTVDTPIPF SIHKLWFDLY RAEISTHYVQ GSHSEENEAL LLG EDGNPV QKGDSLKVVP PIYMPHTQAQ GATKIYLSNR GKNIRKPLEG LASLLKDPRY EFLFNADDWS VNLDGKTNKD LDAL LETWV GSEESISIFD LSGMPSSILD TLIGILIRIL YDSLFWSRNQ PEGGRERPLL VVLEEAHTYL GKDSRGIAID GVRKI VKEG RKYGIGMMLV SQRPSEIDST ILSQCGTLFA LRMNNSSDRN HVLGAVSDSF EGLMGMLPTL RTGEAIIIGE SVRLPM RTI ISPPPFGRRP DSLDPDVTAK WSNNRVQGDY KEVLTLWRQK KVRSQRIVEN IKRLPVVNEG EMTDMVREMV TSSNILS IG YEADSMTLEI EFNHGLVYQY YDVPETLHTE LLAAESHGKF FNSQIKNNYR FSRI

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分子 #2: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 117559
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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