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- EMDB-37465: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Al... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37465
タイトルPhotosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum purified by sucrose density
マップデータPhotosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum
試料
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur phototrophic bacterium Allochromatium vinosum
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 16種
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Antenna complex alpha/beta subunit / Antenna complex alpha/beta subunit / Antenna complex alpha/beta subunit / Antenna complex alpha/beta subunit / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction center H subunit / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Tani K / Kanno R / Harada A / Kobayashi A / Minamino A / Nakamura N / Ji X-C / Purba ER / Hall M / Yu L-J ...Tani K / Kanno R / Harada A / Kobayashi A / Minamino A / Nakamura N / Ji X-C / Purba ER / Hall M / Yu L-J / Madigan MT / Mizoguchi A / Iwasaki K / Humbel BM / Kimura Y / Wang-Otomo Z-Y
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: High-resolution structure and biochemical properties of the LH1-RC photocomplex from the model purple sulfur bacterium, Allochromatium vinosum.
著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Ayaka Harada / Yuki Kobayashi / Akane Minamino / Shinji Takenaka / Natsuki Nakamura / Xuan-Cheng Ji / Endang R Purba / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Michael T ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Ayaka Harada / Yuki Kobayashi / Akane Minamino / Shinji Takenaka / Natsuki Nakamura / Xuan-Cheng Ji / Endang R Purba / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Kenji Iwasaki / Bruno M Humbel / Yukihiro Kimura / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: The mesophilic purple sulfur phototrophic bacterium Allochromatium (Alc.) vinosum (bacterial family Chromatiaceae) has been a favored model for studies of bacterial photosynthesis and sulfur ...The mesophilic purple sulfur phototrophic bacterium Allochromatium (Alc.) vinosum (bacterial family Chromatiaceae) has been a favored model for studies of bacterial photosynthesis and sulfur metabolism, and its core light-harvesting (LH1) complex has been a focus of numerous studies of photosynthetic light reactions. However, despite intense efforts, no high-resolution structure and thorough biochemical analysis of the Alc. vinosum LH1 complex have been reported. Here we present cryo-EM structures of the Alc. vinosum LH1 complex associated with reaction center (RC) at 2.24 Å resolution. The overall structure of the Alc. vinosum LH1 resembles that of its moderately thermophilic relative Alc. tepidum in that it contains multiple pigment-binding α- and β-polypeptides. Unexpectedly, however, six Ca ions were identified in the Alc. vinosum LH1 bound to certain α1/β1- or α1/β3-polypeptides through a different Ca-binding motif from that seen in Alc. tepidum and other Chromatiaceae that contain Ca-bound LH1 complexes. Two water molecules were identified as additional Ca-coordinating ligands. Based on these results, we reexamined biochemical and spectroscopic properties of the Alc. vinosum LH1-RC. While modest but distinct effects of Ca were detected in the absorption spectrum of the Alc. vinosum LH1 complex, a marked decrease in thermostability of its LH1-RC complex was observed upon removal of Ca. The presence of Ca in the photocomplex of Alc. vinosum suggests that Ca-binding to LH1 complexes may be a common adaptation in species of Chromatiaceae for conferring spectral and thermal flexibility on this key component of their photosynthetic machinery.
履歴
登録2023年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37465.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.61 Å/pix.
x 480 pix.
= 290.88 Å		0.61 Å/pix.
x 480 pix.
= 290.88 Å		0.61 Å/pix.
x 480 pix.
= 290.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.606 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.056558464 - 0.14307253
平均 (標準偏差)0.0000512537 (±0.003502972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 290.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Odd half map

ファイルemd_37465_half_map_1.map
注釈Odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Even half map

ファイルemd_37465_half_map_2.map
注釈Even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur phototrophic...

全体名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur phototrophic bacterium Allochromatium vinosum
要素
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur phototrophic bacterium Allochromatium vinosum
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center H subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur phototrophic...

超分子名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur phototrophic bacterium Allochromatium vinosum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 41.512555 KDa
配列文字列: MNLGKQLTLP AVAVVASVVL LGCERPPPEV VQKGYRGVAM EQNYNPRLLE ASIKANLPVE SLPAAAPGGP SVSDVYENVQ VLKDLSVAE FTRTMVAVTT WVAPKEGCNY CHVPGNWASD DIYTKVVSRR MFELVRATNS NWKDHVAETG VTCYTCHRGN P VPKYVWVT ...文字列:
MNLGKQLTLP AVAVVASVVL LGCERPPPEV VQKGYRGVAM EQNYNPRLLE ASIKANLPVE SLPAAAPGGP SVSDVYENVQ VLKDLSVAE FTRTMVAVTT WVAPKEGCNY CHVPGNWASD DIYTKVVSRR MFELVRATNS NWKDHVAETG VTCYTCHRGN P VPKYVWVT DPGPNQPSGV TPTGQNYASS TVAYSALPLD PYTPFLDQSN EIRVIGQTAL PAGNTTSLKQ AEWTYGLMMQ IS DSLGVNC TFCHNSRSFY DWKQSTPQRT TAWYAIRHVR DINQNYIWPL NDALPASRKG PYGDPFKVGC MTCHQGAYKP LYG AQMAKD YPALYESAPA EAAPATEEAP AAEAEAVEAA PVEEAAPAPV EQAAAPVEDA APAPQQL

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 31.21741 KDa
配列文字列: MAMLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVAGF FFALLGVLLI VWGATIGPNA ELQTYNIWQI SIAPPDLSYG LGMAPMTEG GLWQIITICA IGAFVSWALR EVEICRKLGI GFHIPFAFAF AIGAYLVLVV VRPILMGAWG HGFPYGILSH L DWVSNVGY ...文字列:
MAMLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVAGF FFALLGVLLI VWGATIGPNA ELQTYNIWQI SIAPPDLSYG LGMAPMTEG GLWQIITICA IGAFVSWALR EVEICRKLGI GFHIPFAFAF AIGAYLVLVV VRPILMGAWG HGFPYGILSH L DWVSNVGY QFLHFHYNPA HMLAITFFFT NCLALSMHGS LILSVTNPQK GEEVKTSEHE NTFFRDIVGY SIGALAIHRL GL FLALSAV FWSAVCIVIS GPFWTRGWPE WWNWWLELPL W

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 36.364242 KDa
配列文字列: MPEYQNIFTT VQVRAPAYPG VPLPKGSLPR IGKPIFSYWA GKIGDAQIGP IYLGFTGTLS IIFGFMAIFI IGFNMLASVD WNIIQFVKH FFWLGLEPPA PQYGLTIPPL SEGGWWLMAG FFLTMSILLW WVRTYKRAEA LGMSQHLSWA FAAAIFFYLS L GFIRPVMM ...文字列:
MPEYQNIFTT VQVRAPAYPG VPLPKGSLPR IGKPIFSYWA GKIGDAQIGP IYLGFTGTLS IIFGFMAIFI IGFNMLASVD WNIIQFVKH FFWLGLEPPA PQYGLTIPPL SEGGWWLMAG FFLTMSILLW WVRTYKRAEA LGMSQHLSWA FAAAIFFYLS L GFIRPVMM GSWAEAVPFG IFPHLDWTAA FSIRYGNLYY NPFHMLSIAF LYGSALLFAM HGATILAVSR FGGDREIDQI TD RGTAAER AAIFWRWTMG FNASMESIHR WAWWCAVLTV ITAGIGILLT GTVVENWYLW AIKHGVAPAY PEVVTAVDPY ATA TGVTQ

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center H subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center H subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 28.23132 KDa
配列文字列: (FME)SAAITEYMD VAQLTIWAFW FFFAGLIIYL RREDKREGYP LDSDRTERSG GRVKVVGFPD LAEPKTFVLP HNAGTV MAP RVEAPTSINA TPVAPFPGAP FEPNGDPMLS GFGPSASPDR AKHCDLTFEG LPKIVPLRVA TDFSIAERDP DPRGMTV VG ...文字列:
(FME)SAAITEYMD VAQLTIWAFW FFFAGLIIYL RREDKREGYP LDSDRTERSG GRVKVVGFPD LAEPKTFVLP HNAGTV MAP RVEAPTSINA TPVAPFPGAP FEPNGDPMLS GFGPSASPDR AKHCDLTFEG LPKIVPLRVA TDFSIAERDP DPRGMTV VG LDGEVAGTVS DVWVDRSEPQ IRYLEVKVAA GGKNVLLPIG FSRFDKKARK VKVAAIKAAH FANVPTLAKP DQITLYEE D KVCAYYAGGK LYATAERAGP LL

UniProtKB: Photosynthetic reaction center H subunit

+
分子 #5: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.136131 KDa
配列文字列:
(FME)HKIWQIFDP RRTLVALFGF LFVLGLLIHF ILLSSPAFNW LSGS

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #6: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.269103 KDa
配列文字列:
MANSSMTGLT EQEAQEFHGI FVQSMTAFFG IVVIAHILAW LWRPWL

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #7: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 7.244583 KDa
配列文字列:
(FME)SPDLWKIWL LVDPRRILIA VFAFLTVLGL AIHMILLSTA EFNWLEDGVP AATVQQVTPV VPQR

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #8: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.518472 KDa
配列文字列:
MADQKSMTGL TEEEAKEFHG IFTQSMTMFF GIVIIAHILA WLWRPWL

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #9: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium vinosum DSM 180 (紅色硫黄細菌)
株: DSM 180
分子量理論値: 7.392857 KDa
配列文字列:
MMPQLYKIWL AFDPRMALIG LGAFLFALAL FIHYMLLRSP EFDWLLGPDY APVTLSAGMS ALPAGR

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

分子名称: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: Z41
分子量理論値: 568.911 Da
Chemical component information

ChemComp-Z41:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / 1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #13: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #14: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 11 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #15: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 36 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #16: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #17: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 3 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

+
分子 #18: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 22 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #19: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #20: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #21: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #22: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 17 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #23: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #24: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE

分子名称: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: LDA
分子量理論値: 229.402 Da
Chemical component information

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / LDAO, 可溶化剤*YM

+
分子 #25: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 334 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 361654
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 252230
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7vrj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 44 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8wdu:
Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum purified by sucrose density

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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