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万見
- EMDB-37462: CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37462
タイトルCryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map)
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase N
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhuman aminopeptidase N / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / peptide binding / secretory granule membrane ...alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / peptide binding / secretory granule membrane / metallopeptidase activity / signaling receptor activity / virus receptor activity / angiogenesis / cell differentiation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy ...Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hsu STD / Tsai YX
資金援助 台湾, 9件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan)AS-CDA-109-L08 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR-112-04 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR-111-03 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan)110-2113-M-001-050-MY3 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan)110-2311-B-001-013-MY3 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-CFII-111-201 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-CFII-111-209 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-CFII-111-210 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-109-TPP2 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of host recognition of human coronavirus 229E.
著者: Yu-Xi Tsai / Yu-Chun Chien / Min-Feng Hsu / Kay-Hooi Khoo / Shang-Te Danny Hsu /
要旨: Human coronavirus 229E (HCoV-229E) is the earliest CoV found to infect humans. It binds to the human aminopeptidase N (hAPN) through the receptor binding domain (RBD) of its spike (S) protein to ...Human coronavirus 229E (HCoV-229E) is the earliest CoV found to infect humans. It binds to the human aminopeptidase N (hAPN) through the receptor binding domain (RBD) of its spike (S) protein to achieve host recognition. We present the cryo-electron microscopy structure of two HCoV-229E S protein in complex with a dimeric hAPN to provide structural insights on how the HCoV-229E S protein opens up its RBD to engage with its host receptor, information that is currently missing among alphacoronaviruses to which HCoV-229E belong. We quantitatively profile the glycosylation of HCoV-229E S protein and hAPN to deduce the glyco-shielding effects pertinent to antigenicity and host recognition. Finally, we present an atomic model of fully glycosylated HCoV-229E S in complex with hAPN anchored on their respective membrane bilayers to recapitulate the structural basis of the first step of host infection by HCoV-229E.
履歴
登録2023年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37462.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.48 Å/pix.
x 600 pix.
= 885.6 Å		1.48 Å/pix.
x 600 pix.
= 885.6 Å		1.48 Å/pix.
x 600 pix.
= 885.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.476 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 18.0
最小 - 最大-34.766579999999998 - 83.062706000000006
平均 (標準偏差)-0.0141009 (±0.8528265)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 885.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in comple...

全体名称: CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map)
要素
  • 複合体: CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase N
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in comple...

超分子名称: CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
分子量理論値: 127.915492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GTQTTNGLNT SYSVCNGCVG YSENVFAVES GGYIPSDFAF NNWFLLTNTS SVVDGVVRSF QPLLLNCLWS VSGLRFTTGF VYFNGTGRG DCKGFSSDVL SDVIRYNLNF EENLRRGTIL FKTSYGVVVF YCTNNTLVSG DAHIPFGTVL GNFYCFVNTT I GTETTSAF ...文字列:
GTQTTNGLNT SYSVCNGCVG YSENVFAVES GGYIPSDFAF NNWFLLTNTS SVVDGVVRSF QPLLLNCLWS VSGLRFTTGF VYFNGTGRG DCKGFSSDVL SDVIRYNLNF EENLRRGTIL FKTSYGVVVF YCTNNTLVSG DAHIPFGTVL GNFYCFVNTT I GTETTSAF VGALPKTVRE FVISRTGHFY INGYRYFTLG NVEAVNFNVT TAETTDFFTV ALASYADVLV NVSQTSIANI IY CNSVINR LRCDQLSFYV PDGFYSTSPI QSVELPVSIV SLPVYHKHMF IVLYVDFKPQ SGGGKCFNCY PAGVNITLAN FNE TKGPLC VDTSHFTTKY VAVYANVGRW SASINTGNCP FSFGKVNNFV KFGSVCFSLK DIPGGCAMPI VANWAYSKYY TIGT LYVSW SDGDGITGVP QPVEGVSSFM NVTLDKCTKY NIYDVSGVGV IRVSNDTFLN GITYTSTSGN LLGFKDVTKG TIYSI TPCN PPDQLVVYQQ AVVGAMLSEN FTSYGFSNVV ELPKFFYASN GTYNCTDAVL TYSSFGVCAD GSIIAVQPRN VSYDSV SAI VTANLSIPSN WTISVQVEYL QITSTPIVVD CSTYVCNGNV RCVELLKQYT SACKTIEDAL RNSARLESAD VSEMLTF DK KAFTLANVSS FGDYNLSSVI PSLPTSGSRV AGRSAIEDIL FSKIVTSGLG TVDADYKNCT KGLSIADLAC AQYYNGIM V LPGVADAERM AMYTGSLIGG IALGGLTSAV SIPFSLAIQA RLNYVALQTD VLQENQKILA ASFNKAMTNI VDAFTGVND AITQTSQALQ TVATALNKIQ DVVNQQGNSL NHLTSQLRQN FQAISSSIQA IYDRLDPPQA DQQVDRLITG RLAALNVFVS HTLTKYTEV RASRQLAQQK VNECVKSQSK RYGFCGNGTH IFSIVNAAPE GLVFLHTVLL PTQYKDVEAW SGLCVDGTNG Y VLRQPNLA LYKEGNYYRI TSRIMFEPRI PTMADFVQIE NCNVTFVNIS RSELQTIVPE YIDVNKTLQE LSYKLPNYTV PD LVVEQYN QTILNLTSEI STLENKSAEL NYTVQKLQTL IDNINSTLVD LKWLNRVETY IKGSGRENLY FQGGGGSGYI PEA PRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGHHHH HHHHGLNDIF EAQKIEWHE

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分子 #2: Aminopeptidase N

分子名称: Aminopeptidase N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 107.906734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DQSKAWNRYR LPNTLKPDSY RVTLRPYLTP NDRGLYVFKG SSTVRFTCKE ATDVIIIHSK KLNYTLSQGH RVVLRGVGGS QPPDIDKTE LVEPTEYLVV HLKGSLVKDS QYEMDSEFEG ELADDLAGFY RSEYMEGNVR KVVATTQMQA ADARKSFPCF D EPAMKAEF ...文字列:
DQSKAWNRYR LPNTLKPDSY RVTLRPYLTP NDRGLYVFKG SSTVRFTCKE ATDVIIIHSK KLNYTLSQGH RVVLRGVGGS QPPDIDKTE LVEPTEYLVV HLKGSLVKDS QYEMDSEFEG ELADDLAGFY RSEYMEGNVR KVVATTQMQA ADARKSFPCF D EPAMKAEF NITLIHPKDL TALSNMLPKG PSTPLPEDPN WNVTEFHTTP KMSTYLLAFI VSEFDYVEKQ ASNGVLIRIW AR PSAIAAG HGDYALNVTG PILNFFAGHY DTPYPLPKSD QIGLPDFNAG AMENWGLVTY RENSLLFDPL SSSSSNKERV VTV IAHELA HQWFGNLVTI EWWNDLWLNE GFASYVEYLG ADYAEPTWNL KDLMVLNDVY RVMAVDALAS SHPLSTPASE INTP AQISE LFDAISYSKG ASVLRMLSSF LSEDVFKQGL ASYLHTFAYQ NTIYLNLWDH LQEAVNNRSI QLPTTVRDIM NRWTL QMGF PVITVDTSTG TLSQEHFLLD PDSNVTRPSE FNYVWIVPIT SIRDGRQQQD YWLIDVRAQN DLFSTSGNEW VLLNLN VTG YYRVNYDEEN WRKIQTQLQR DHSAIPVINR AQIINDAFNL ASAHKVPVTL ALNNTLFLIE ERQYMPWEAA LSSLSYF KL MFDRSEVYGP MKNYLKKQVT PLFIHFRNNT NNWREIPENL MDQYSEVNAI STACSNGVPE CEEMVSGLFK QWMENPNN N PIHPNLRSTV YCNAIAQGGE EEWDFAWEQF RNATLVNEAD KLRAALACSK ELWILNRYLS YTLNPDLIRK QDATSTIIS ITNNVIGQGL VWDFVQSNWK KLFNDYGGGS FSFSNLIQAV TRRFSTEYEL QQLEQFKKDN EETGFGSGTR ALEQALEKTK ANIKWVKEN KEVVLQWFTE NSKQDNSADI QHSGRPLESR GPFEQKLISE EDLNMHTGHH HHHH

UniProtKB: Aminopeptidase N

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 20 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6u7h

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 253164
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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