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- EMDB-37458: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis DppABCD in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37458
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis DppABCD in apo form
マップデータ
試料
  • 複合体: DppABCD
    • タンパク質・ペプチド: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppB
    • タンパク質・ペプチド: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppC
    • タンパク質・ペプチド: Probable dipeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter DppD
    • タンパク質・ペプチド: Probable periplasmic dipeptide-binding lipoprotein DppA
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
キーワードDppABCD / ABC importer / Mycobacterium tuberculosis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / : / : / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. ...ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / : / : / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable periplasmic dipeptide-binding lipoprotein DppA / Probable dipeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter DppD / Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppB / Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Hu T / Zhang B / Rao Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis DppABCD in apo form
著者: Hu T / Zhang B / Rao Z
履歴
登録2023年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37458.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.186
最小 - 最大-0.8622192 - 2.14337
平均 (標準偏差)-0.0012289493 (±0.051907286)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37458_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37458_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DppABCD

全体名称: DppABCD
要素
  • 複合体: DppABCD
    • タンパク質・ペプチド: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppB
    • タンパク質・ペプチド: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppC
    • タンパク質・ペプチド: Probable dipeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter DppD
    • タンパク質・ペプチド: Probable periplasmic dipeptide-binding lipoprotein DppA
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

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超分子 #1: DppABCD

超分子名称: DppABCD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)

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分子 #1: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transp...

分子名称: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 32.563557 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MGWYVARRVA VMVPVFLGAT LLIYGMVFLL PGDPVAALAG DRPLTPAVAA QLRSHYHLDD PFLVQYLRYL GGILHGDLGR AYSGLPVSA VLAHAFPVTI RLALIALAVE AVLGIGFGVI AGLRQGGIFD SAVLVTGLVI IAIPIFVLGF LAQFLFGVQL E IAPVTVGE ...文字列:
MGWYVARRVA VMVPVFLGAT LLIYGMVFLL PGDPVAALAG DRPLTPAVAA QLRSHYHLDD PFLVQYLRYL GGILHGDLGR AYSGLPVSA VLAHAFPVTI RLALIALAVE AVLGIGFGVI AGLRQGGIFD SAVLVTGLVI IAIPIFVLGF LAQFLFGVQL E IAPVTVGE RASVGRLLLP GIVLGAMSFA YVVRLTRSAV AANAHADYVR TATAKGLSRP RVVTVHILRN SLIPVVTFLG AD LGALMGG AIVTEGIFNI HGVGGVLYQA VTRQETPTVV SIVTVLVLIY LITNLLVDLL YAALDPRIRY G

UniProtKB: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppB

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分子 #2: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transp...

分子名称: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppC
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 30.48573 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MAEHTGFWLD AWRGLRRRPK FVIAAALILL ILVVAAFPSL FTAADPTYAD PSQSMLAPSA AHWFGTDLQG HDIYSRTVYG ARASVTVGL GATLAVFVVG GALGALAGFY GSWIDAVVSR VTDVFLGLPL LLAAIVLMQV MHHRTVWTVI AILALFGWPQ V ARIARGAV ...文字列:
MAEHTGFWLD AWRGLRRRPK FVIAAALILL ILVVAAFPSL FTAADPTYAD PSQSMLAPSA AHWFGTDLQG HDIYSRTVYG ARASVTVGL GATLAVFVVG GALGALAGFY GSWIDAVVSR VTDVFLGLPL LLAAIVLMQV MHHRTVWTVI AILALFGWPQ V ARIARGAV LEVRASDYVL AAKALGLNRF QILLRHALPN AVGPVIAVAT VALGIFIVTE ATLSYLGVGL PTSVVSWGGD IN VAQTRLR SGSPILFYPA GALAITVLAF MMMGDALRDA LDPASRAWRA

UniProtKB: Probable dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter DppC

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分子 #3: Probable dipeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter DppD

分子名称: Probable dipeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter DppD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 59.020516 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSVPAAPLLS VEGLEVTFGT DAPAVCGVDL AVRSGQTVAV VGESGSGKST TAAAILGLLP AGGRITAGRV VFDGRDITGA DAKRLRSIR GREIGYVPQD PMTNLNPVWK VGFQVTEALR ANTDGRAARR RAVELLAEAG LPDPAKQAGR YPHQLSGGMC Q RALIAIGL ...文字列:
MSVPAAPLLS VEGLEVTFGT DAPAVCGVDL AVRSGQTVAV VGESGSGKST TAAAILGLLP AGGRITAGRV VFDGRDITGA DAKRLRSIR GREIGYVPQD PMTNLNPVWK VGFQVTEALR ANTDGRAARR RAVELLAEAG LPDPAKQAGR YPHQLSGGMC Q RALIAIGL AGRPRLLIAD EPTSALDVTV QRQVLDHLQG LTDELGTALL LITHDLALAA QRAEAVVVVR RGVVVESGAA QS ILQSPQH EYTRRLVAAA PSLTARSRRP PESRSRATTQ AGDILVVSEL TKIYRESRGA PWRRVESRAV DGVSFRLPRA STL AIVGES GSGKSTLARM VLGLLQPTSG TVVFDGTYDV GALARDQVLA FRRRVQPVFQ NPYSSLDPMY SVFRAIEEPL RVHH VGDRR QRQRAVRELV DQVALPSSIL GRRPRELSGG QRQRVAIARA LALRPEVLVC DEAVSALDVL VQAQILDLLA DLQAD LGLT YLFISHDLAV IRQIADDVLV MRAGRVVEHA STEEVFSRPR HEYTRQLLQA IPGAPSAPRK VGNL

UniProtKB: Probable dipeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter DppD

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分子 #4: Probable periplasmic dipeptide-binding lipoprotein DppA

分子名称: Probable periplasmic dipeptide-binding lipoprotein DppA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 56.057242 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: CGGGVLSPDV VLVNGGEPPN PLIPTGTNDS NGGRIIDRLF AGLMSYDAVG KPSLEVAQSI ESADNVNYRI TVKPGWKFTD GSPVTAHSF VDAWNYGALS TNAQLQQHFF SPIEGFDDVA GAPGDKSRTT MSGLRVVNDL EFTVRLKAPT IDFTLRLGHS S FYPLPDSA ...文字列:
CGGGVLSPDV VLVNGGEPPN PLIPTGTNDS NGGRIIDRLF AGLMSYDAVG KPSLEVAQSI ESADNVNYRI TVKPGWKFTD GSPVTAHSF VDAWNYGALS TNAQLQQHFF SPIEGFDDVA GAPGDKSRTT MSGLRVVNDL EFTVRLKAPT IDFTLRLGHS S FYPLPDSA FRDMAAFGRN PIGNGPYKLA DGPAGPAWEH NVRIDLVPNP DYHGNRKPRN KGLRFEFYAN LDTAYADLLS GN LDVLDTI PPSALTVYQR DLGDHATSGP AAINQTLDTP LRLPHFGGEE GRLRRLALSA AINRPQICQQ IFAGTRSPAR DFT ARSLPG FDPNLPGNEV LDYDPQRARR LWAQADAISP WSGRYAIAYN ADAGHRDWVD AVANSIKNVL GIDAVAAPQP TFAG FRTQI TNRAIDSAFR AGWRGDYPSM IEFLAPLFTA GAGSNDVGYI NPEFDAALAA AEAAPTLTES HELVNDAQRI LFHDM PVVP LWDYISVVGW SSQVSNVTVT WNGLPDYENI VKA

UniProtKB: Probable periplasmic dipeptide-binding lipoprotein DppA

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分子 #5: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #6: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

分子名称: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 9XX
分子量理論値: 594.992 Da
Chemical component information

ChemComp-9XX:
(2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71030
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る