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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37439 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a protein-RNA complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA (リボ核酸) / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism for target RNA recognition and cleavage of Cas13h. 著者: Fugen Chen / Chendi Zhang / Jialin Xue / Feng Wang / Zhuang Li / 要旨: RNA-targeting type VI CRISPR-Cas effectors are widely used in RNA applications. Cas13h is a recently identified subtype of Cas13 ribonuclease, with strong RNA cleavage activity and robust in vivo RNA ...RNA-targeting type VI CRISPR-Cas effectors are widely used in RNA applications. Cas13h is a recently identified subtype of Cas13 ribonuclease, with strong RNA cleavage activity and robust in vivo RNA knockdown efficiency. However, little is known regarding its biochemical properties and working mechanisms. Biochemical characterization of Cas13h1 indicated that it lacks in vitro pre-crRNA processing activity and adopts a central seed. The cleavage activity of Cas13h1 is enhanced by a R(G/A) 5'-PFS, and inhibited by tag:anti-tag RNA pairing. We determined the structures of Cas13h1-crRNA binary complex at 3.1 Å and Cas13h1-crRNA-target RNA ternary complex at 3.0 Å. The ternary complex adopts an elongated architecture, and encodes a nucleotide-binding pocket within Helical-2 domain to recognize the guanosine at the 5'-end of the target RNA. Base pairing between crRNA guide and target RNA disrupts Cas13h1-guide interactions, leading to dramatic movement of HEPN domains. Upon target RNA engagement, Cas13h1 adopts a complicated activation mechanism, including separation of HEPN catalytic residues and destabilization of the active site loop and NTD domain, to get activated. Collectively, these insights expand our understanding into Cas13 effectors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37439.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37439-v30.xml emd-37439.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37439_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37439.png | 88.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37439.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_37439_half_map_1.map.gz emd_37439_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37439 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37439_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37439_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : protein-RNA complex
全体 | 名称: protein-RNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: protein-RNA complex
超分子 | 名称: protein-RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-分子 #1: Uncharacterized protein
分子 | 名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 130.957328 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDTPSKESSG KIIEKLDELK KATQESIEQR KKFDYRIGKG LADKLGNEKD SYFEKYLRKT VGENIPPKIL VKPKGGWKTE TKGKGKDWG DKITFAAMPQ HHYNTLLAMA FTKAHKVYSD IRGKVEIDAA QYETKAKLIE VEYGKDETRG LSGLEYLMMS K HLFSGKNS ...文字列: MDTPSKESSG KIIEKLDELK KATQESIEQR KKFDYRIGKG LADKLGNEKD SYFEKYLRKT VGENIPPKIL VKPKGGWKTE TKGKGKDWG DKITFAAMPQ HHYNTLLAMA FTKAHKVYSD IRGKVEIDAA QYETKAKLIE VEYGKDETRG LSGLEYLMMS K HLFSGKNS NIKLAVKKGE TEILKEYALN EKLIYTVLDE LRNFHSHIFH EPGPVSFKNL YGDEYKPEKK LTEEEWAIAR DW FVNRFND AKEHKLKTLA KVLEREGTTE EKEDAEKVIK TISGYSFEYN NCISREALLF IACMFLRKSD AAYFTKKWTG MKK AEGVFK STQSFFTDNA LKESKSILTL NADLYKYRQI LGVLSTMPAM KTDSLKPFYD FIKINNDSYS EKAEKARSKE EKEK IQAFI IPQRKSSNYT YWFMKYLNDN KLLDGFRIAY YKTPEDRFMY LIHNGLISQD DLENIEDFKT PDEKLKYLRE KGFNL KLKM KQAVGDEKKS LTEIYKETQR NFVFKVPTIE NDNFCVKKLN VFFQTDIEFN GQKISVQLSV SPDFLMKWVF VLLITG EDS IKNAITEKKE KIKDILKKYA EEYYNRCITS NFNEPLMGLE ASKVFPSSLT STVEIDEKID KDKILMRISE KYNELTK FD EENKSRKAPW RFASKRKIDI ILDYVHLVYS DRAFDEKKSV DAMRHEALND MEYMDTFEYL RYYGRYRETE EFKKIFFE D KKLYFSPILK AMKQLDSLEG VFNFAITGFL NYLKGIQSKV TDENTNKYGK VFKVTGKSLT SKIGHHSEMF SVNHCVPQE LIKLNDIKGY MKWKHETKDK LWISDFAFIR NVLESRGGFS NTDYLMKEVM PLITFEKNEK GSIKGNTQMF VALSRNKTNE LMLWEIGKY YWKEATGSEF SRLFKGLEKN TGNKITKAYR FTNPYYTIYQ EDLDIKIQRK DKKGKVIVNS PVYTIKIKPK K FDDEYQYY EQEHIVDYIE NYEPKKGIDG HWHFEELNKK IKDELARYLD DIYLLMTVEK HIVQKDFDKY ASLLKEKDSK LP PYYIGFK RNDIALNKVI FDALKHKGSF SADDLNIYRI NVLHQILQPK REKYIIIRKS LIEYCAENKL LKTM |
-分子 #2: RNA (66-MER)
分子 | 名称: RNA (66-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 21.257666 KDa |
配列 | 文字列: UGCUUCACGU AGGCCUUGGA GCCGUACAUG GUUGUAACAA GCCUAAGUUU GAAAGGUAAA AACAAC |
-分子 #3: RNA (31-MER)
分子 | 名称: RNA (31-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.973005 KDa |
配列 | 文字列: GCAUGUACGG CUCCAAGGCC UACGUGAAGC A |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |