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万見- EMDB-37368: Cryo-EM map of the Rpd3S region of Rpd3S-nucleosome complex in State1 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37368 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the Rpd3S region of Rpd3S-nucleosome complex in State1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Rpd3S / HDAC / Sin3 / Rpd3 / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang C / Zhan X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Structures and dynamics of Rpd3S complex bound to nucleosome. 著者: Chengcheng Wang / Chen Chu / Zhouyan Guo / Xiechao Zhan / 要旨: The Rpd3S complex plays a pivotal role in facilitating local histone deacetylation in the transcribed regions to suppress intragenic transcription initiation. Here, we present the cryo-electron ...The Rpd3S complex plays a pivotal role in facilitating local histone deacetylation in the transcribed regions to suppress intragenic transcription initiation. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of the budding yeast Rpd3S complex in both its apo and three nucleosome-bound states at atomic resolutions, revealing the exquisite architecture of Rpd3S to well accommodate a mononucleosome without linker DNA. The Rpd3S core, containing a Sin3 Lobe and two NB modules, is a rigid complex and provides three positive-charged anchors (Sin3_HCR and two Rco1_NIDs) to connect nucleosomal DNA. In three nucleosome-bound states, the Rpd3S core exhibits three distinct orientations relative to the nucleosome, assisting the sector-shaped deacetylase Rpd3 to locate above the SHL5-6, SHL0-1, or SHL2-3, respectively. Our work provides a structural framework that reveals a dynamic working model for the Rpd3S complex to engage diverse deacetylation sites. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37368.map.gz | 79.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37368-v30.xml emd-37368.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37368_fsc.xml | 9.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37368.png | 60.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37368.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_37368_half_map_1.map.gz emd_37368_half_map_2.map.gz | 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37368 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37368 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37368_validation.pdf.gz | 892.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37368_full_validation.pdf.gz | 892.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37368_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37368_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37368 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37368 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37368_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37368_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The Rpd3S complex
全体 | 名称: The Rpd3S complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The Rpd3S complex
超分子 | 名称: The Rpd3S complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |