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万見
- EMDB-37304: Cryo-EM structure of QbN10F-Ab40 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37304
タイトルCryo-EM structure of QbN10F-Ab40
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of QbN10F-Ab40
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Ab40
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Ab40
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein A1
キーワードQb / Antibody / cryo-EM / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Read-through domain / Read-through domain / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / viral capsid / structural molecule activity / Minor capsid protein A1
機能・相同性情報
生物種Mus (ネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Escherichia phage Qbeta (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bao KY / Li RH / Hou BD / Zhu P
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81991495 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32241029 中国
Chinese Academy of SciencesXDB29050600 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010100 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Competition propels, rather than limits, the success of low-affinity B cells in the germinal center response.
著者: Runhan Li / Keyan Bao / Can Liu / Xuejing Ma / Zhaolin Hua / Ping Zhu / Baidong Hou /
要旨: The germinal center (GC) sets an environment where antigen-specific B cells are compelled to continuously increase their affinity to compete for the antigen and obtain Tfh help for survival and ...The germinal center (GC) sets an environment where antigen-specific B cells are compelled to continuously increase their affinity to compete for the antigen and obtain Tfh help for survival and propagation. Previous studies indicated that low-affinity B cells are disadvantaged in the presence of high-affinity ones, suggesting that competition may lead to the elimination of low-affinity B cells and their descendants. However, using a multivalent virus-mimicking antigen, our study demonstrates that low-affinity B cells not only successfully participate in GC responses alongside high-affinity B cells but also undergo accelerated affinity maturation under the more stringent competition. Furthermore, our cryo-electron-microscopy-based structural analysis reveals that both low-affinity and high-affinity B cells compete for the same antigenic epitope. Although the applicability of this idealized GC competition to true pathogen-induced responses remains uncertain, this change in perspective on the role of competition in low-affinity B cell evolution provides valuable insights for vaccine development.
履歴
登録2023年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37304.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37304.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 180 pix.
= 237.6 Å		1.32 Å/pix.
x 180 pix.
= 237.6 Å		1.32 Å/pix.
x 180 pix.
= 237.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.8851646 - 1.5671102
平均 (標準偏差)0.010131491 (±0.08713434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 237.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37304_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37304_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of QbN10F-Ab40

全体名称: Complex of QbN10F-Ab40
要素
  • 複合体: Complex of QbN10F-Ab40
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Ab40
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Ab40
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein A1

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超分子 #1: Complex of QbN10F-Ab40

超分子名称: Complex of QbN10F-Ab40 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)

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分子 #1: Light chain of Ab40

分子名称: Light chain of Ab40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.671184 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VHSDIVMSQS PSSLAVSIGE KVTLTCKSSQ SLLFSSNQKN YLAWYQQNPG QSPKLLIYWA STRESGVPDR FTGSGSGTDF TLTISSVKA EDLAIYYCQQ YFRYPAFGGG TKLEIK

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分子 #2: Heavy chain of Ab40

分子名称: Heavy chain of Ab40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.22445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VHSEVQLQQS GPELVKSGTS VKLSCKASGY SFTDHSLHWV KQSHGESLEW IGYFSPNNGG TIYNQKFMGK ATLTVDRSSS TAYMDLHNL TSADSAVYFC STGWDYGPFD SWGQGTTLTV SS

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分子 #3: Minor capsid protein A1

分子名称: Minor capsid protein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Qbeta (ファージ)
分子量理論値: 14.301144 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKLETVTLG FIGKDGKQTL VLNPRGVNPT NGVASLSQAG AVPALEKRVT VSVSQPSRNR KNYKVQVKIQ NPTACTANGS CDPSVTRQA YADVTFSFTQ YSTDEERAFV RTELAALLAS PLLIDAIDQL NPAY

UniProtKB: Minor capsid protein A1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 371069
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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