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- EMDB-37259: Cryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37259
タイトルCryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen synthase,Fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: SHU9119
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードalpha-MSH / MC3R / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


homoiothermy / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / sodium ion homeostasis / regulation of feeding behavior / neuropeptide binding / regulation of metabolic process / locomotor rhythm / peptide hormone binding ...homoiothermy / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / sodium ion homeostasis / regulation of feeding behavior / neuropeptide binding / regulation of metabolic process / locomotor rhythm / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of heart rate / Peptide ligand-binding receptors / circadian regulation of gene expression / electron transport chain / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Melanocortin 3 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 ...Melanocortin 3 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Melanocortin receptor 3 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen Q / Fu J
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Other governmentShenzhen Science and Technology Innovation Committee
Other privateGanghong Young Scholar Development Fund
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure basis of ligand selectivity and signal transduction in human melanocortin-3 receptor
著者: Jingpeng F / Hongli H
履歴
登録2023年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37259.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-6.6467133 - 6.96441
平均 (標準偏差)-0.0014170039 (±0.050881878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37259_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37259_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas

全体名称: The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas
要素
  • 複合体: The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen synthase,Fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: SHU9119
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas

超分子名称: The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Cryo-EM structure of the agonist a-MSH bound to the active melanocortin-3 receptor (MC3R) in complex with the heterotrimeric Gs protein at 2.9 A resolution.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen syn...

分子名称: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen synthase,Fusion protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 69.030398 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKGS ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLVP RGSNASCCLP SVQPTLPNGS EHLQAPFFSN QSSSAFCEQV F IKPEVFLS ...文字列:
DYKDDDDKGS ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLVP RGSNASCCLP SVQPTLPNGS EHLQAPFFSN QSSSAFCEQV F IKPEVFLS LGIVSLLENI LVILAVVRNG NLHSPMYFFL CSLAVADMLV SVSNALETIM IAIVHSDYLT FEDQFIQHMD NI FDSMICI SLVASICNLL AIAVDRYVTI FYALRYHSIM TVRKALTLIV AIWVCCGVCG VVFIVYSESK MVIVCLITMF FAM MLLMGT LYVHMFLFAG IDCSFWNESY LTGSRDERKK SLLSKFGMDE GVTFMFIGRF DRGQKGVDVL LKAIEILSSK KEFQ EMRFI IIGKGDPELE GWARSLEEKH GNVKVITEML SREFVRELYG SVDFVIIPSY FEPFGLVALE AMCLGAIPIA SAVGG LRDI ITNETGILVK AGDPGELANA ILKALELSRS DLSKFRENCK KRAMSFSSCM KGAVTITILL GVFIFCWAPF FLHLVL IIT CPTNPYCICY TAHFNTYLVL IMCNSVIDPL IYAFRSLELR NTFREILCGC NGMNLG

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Melanocortin receptor 3, Glycogen synthase

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分子 #2: SHU9119

分子名称: SHU9119 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.078269 KDa
配列文字列:
(ACE)(NLE)DH(4J2)RWK(NH2)

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 569550
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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