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万見
- EMDB-3725: Negative-stain EM structure of the A. tumefaciens outer-membrane ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3725
タイトルNegative-stain EM structure of the A. tumefaciens outer-membrane core complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Type IV secretion outer-membrane core complex from A. tumefaciens
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Costa TRD / Orlova EV / Waksman G
引用ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2017
タイトル: Use of chimeric type IV secretion systems to define contributions of outer membrane subassemblies for contact-dependent translocation.
著者: Jay E Gordon / Tiago R D Costa / Roosheel S Patel / Christian Gonzalez-Rivera / Mayukh K Sarkar / Elena V Orlova / Gabriel Waksman / Peter J Christie /
要旨: Recent studies have shown that conjugation systems of Gram-negative bacteria are composed of distinct inner and outer membrane core complexes (IMCs and OMCCs, respectively). Here, we characterized ...Recent studies have shown that conjugation systems of Gram-negative bacteria are composed of distinct inner and outer membrane core complexes (IMCs and OMCCs, respectively). Here, we characterized the OMCC by focusing first on a cap domain that forms a channel across the outer membrane. Strikingly, the OMCC caps of the Escherichia coli pKM101 Tra and Agrobacterium tumefaciens VirB/VirD4 systems are completely dispensable for substrate transfer, but required for formation of conjugative pili. The pKM101 OMCC cap and extended pilus also are dispensable for activation of a Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system (T6SS). Chimeric conjugation systems composed of the IMC joined to OMCCs from the A. tumefaciens VirB/VirD4, E. coli R388 Trw, and Bordetella pertussis Ptl systems support conjugative DNA transfer in E. coli and trigger P. aeruginosa T6SS killing, but not pilus production. The A. tumefaciens VirB/VirD4 OMCC, solved by transmission electron microscopy, adopts a cage structure similar to the pKM101 OMCC. The findings establish that OMCCs are highly structurally and functionally conserved - but also intrinsically conformationally flexible - scaffolds for translocation channels. Furthermore, the OMCC cap and a pilus tip protein coregulate pilus extension but are not required for channel assembly or function.
履歴
登録2017年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月28日-
マップ公開2017年6月28日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00666
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00666
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3725.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.3 Å/pix.
x 128 pix.
= 422.4 Å		3.3 Å/pix.
x 128 pix.
= 422.4 Å		3.3 Å/pix.
x 128 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00666 / ムービー #1: 0.00666
最小 - 最大-0.033015355 - 0.08025106
平均 (標準偏差)0.00013409893 (±0.0031292879)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 422.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.33.33.3
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0330.0800.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type IV secretion outer-membrane core complex from A. tumefaciens

全体名称: Type IV secretion outer-membrane core complex from A. tumefaciens
要素
  • 複合体: Type IV secretion outer-membrane core complex from A. tumefaciens

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超分子 #1: Type IV secretion outer-membrane core complex from A. tumefaciens

超分子名称: Type IV secretion outer-membrane core complex from A. tumefaciens
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1746
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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