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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37210 | |||||||||
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タイトル | Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Respiratory syncytial virus / F protein / Lonafarnib / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang Q / Xue B / Liu F / Peng W / Chen X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2024 タイトル: Farnesyltransferase inhibitor lonafarnib suppresses respiratory syncytial virus infection by blocking conformational change of fusion glycoprotein. 著者: Qi Yang / Bao Xue / Fengjiang Liu / Yongzhi Lu / Jielin Tang / Mengrong Yan / Qiong Wu / Ruyi Chen / Anqi Zhou / Lijie Liu / Junjun Liu / Changbin Qu / Qingxin Wu / Muqing Fu / Jiayi Zhong / ...著者: Qi Yang / Bao Xue / Fengjiang Liu / Yongzhi Lu / Jielin Tang / Mengrong Yan / Qiong Wu / Ruyi Chen / Anqi Zhou / Lijie Liu / Junjun Liu / Changbin Qu / Qingxin Wu / Muqing Fu / Jiayi Zhong / Jianwei Dong / Sijie Chen / Fan Wang / Yuan Zhou / Jie Zheng / Wei Peng / Jinsai Shang / Xinwen Chen / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the major cause of bronchiolitis and pneumonia in young children and the elderly. There are currently no approved RSV-specific therapeutic small molecules ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the major cause of bronchiolitis and pneumonia in young children and the elderly. There are currently no approved RSV-specific therapeutic small molecules available. Using high-throughput antiviral screening, we identified an oral drug, the prenylation inhibitor lonafarnib, which showed potent inhibition of the RSV fusion process. Lonafarnib exhibited antiviral activity against both the RSV A and B genotypes and showed low cytotoxicity in HEp-2 and human primary bronchial epithelial cells (HBEC). Time-of-addition and pseudovirus assays demonstrated that lonafarnib inhibits RSV entry, but has farnesyltransferase-independent antiviral efficacy. Cryo-electron microscopy revealed that lonafarnib binds to a triple-symmetric pocket within the central cavity of the RSV F metastable pre-fusion conformation. Mutants at the RSV F sites interacting with lonafarnib showed resistance to lonafarnib but remained fully sensitive to the neutralizing monoclonal antibody palivizumab. Furthermore, lonafarnib dose-dependently reduced the replication of RSV in BALB/c mice. Collectively, lonafarnib could be a potential fusion inhibitor for RSV infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37210.map.gz | 204 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37210-v30.xml emd-37210.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37210.png | 20.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37210.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_37210_half_map_1.map.gz emd_37210_half_map_2.map.gz | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37210 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37210_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37210_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37210_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37210_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37210 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8kg5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37210_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37210_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab
全体 | 名称: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab
超分子 | 名称: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス) |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 64.530602 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPATNNRARR ELPRFMNYTL NNAKKTNVTL SKKRKRRFLG FLLGVGSAIA SGVAVCKVLH L EGEVNKIK ...文字列: MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPATNNRARR ELPRFMNYTL NNAKKTNVTL SKKRKRRFLG FLLGVGSAIA SGVAVCKVLH L EGEVNKIK SALLSTNKAV VSLSNGVSVL TFKVLDLKNY IDKQLLPILN KQSCSISNIE TVIEFQQKNN RLLEITREFS VN AGVTTPV STYMLTNSEL LSLINDMPIT NDQKKLMSNN VQIVRQQSYS IMCIIKEEVL AYVVQLPLYG VIDTPCWKLH TSP LCTTNT KEGSNICLTR TDRGWYCDNA GSVSFFPQAE TCKVQSNRVF CDTMNSLTLP SEVNLCNVDI FNPKYDCKIM TSKT DVSSS VITSLGAIVS CYGKTKCTAS NKNRGIIKTF SNGCDYVSNK GVDTVSVGNT LYYVNKQEGK SLYVKGEPII NFYDP LVFP SDEFDASISQ VNEKINQSLA FIRKSDELLG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVFLSTFLSG LEVLFQGPGG WSHPQF EKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG GS UniProtKB: Fusion glycoprotein F0, Fibritin |
-分子 #2: D25 heavy chain
分子 | 名称: D25 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.504629 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVMV SCQASGGPLR NYIINWLRQA PGQGPEWMGG IIPVLGTVHY APKFQGRVTI TADESTDTAY IHLISLRSE DTAMYYCATE TALVVSTTYL PHYFDNWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVMV SCQASGGPLR NYIINWLRQA PGQGPEWMGG IIPVLGTVHY APKFQGRVTI TADESTDTAY IHLISLRSE DTAMYYCATE TALVVSTTYL PHYFDNWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDK |
-分子 #3: D25 light chain
分子 | 名称: D25 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.325865 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSAAVGDRVT ITCQASQDIV NYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDVATYYCQ QYDNLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSS LSAAVGDRVT ITCQASQDIV NYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDVATYYCQ QYDNLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #4: 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEP...
分子 | 名称: 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-B]PYRIDIN-11-YL)PIPERIDIN-1-YL]-2-OXOETHYL}PIPERIDINE-1-CARBOXAMIDE タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: 336 |
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分子量 | 理論値: 638.822 Da |
Chemical component information | ChemComp-336: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37059 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |