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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37188 | |||||||||
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タイトル | Two-fold Melbournevirus block (Reprocessing via PASR pre-processed K2 counting mode data) | |||||||||
マップデータ | Post-processed map 2F Melbournevirus block (PASR pre-processed K2 counting mode data) | |||||||||
試料 |
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キーワード | PASR / post-acquisition super resolution / Melbournevirus / block-based reconstruction / VIRUS | |||||||||
生物種 | Melbournevirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Two-fold Melbournevirus block (Reprocessing via PASR pre-processed K2 counting mode data) 著者: Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37188.map.gz | 301.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37188-v30.xml emd-37188.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37188_fsc.xml | 28.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37188.png | 176.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37188.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_37188_half_map_1.map.gz emd_37188_half_map_2.map.gz | 1.5 GB 1.5 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37188 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37188 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37188_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37188_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37188_validation.xml.gz | 36.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37188_validation.cif.gz | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37188 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37188 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed map 2F Melbournevirus block (PASR pre-processed K2 counting mode data) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.105 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 1 2F Melbournevirus block (PASR pre-processed K2...
ファイル | emd_37188_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 2F Melbournevirus block (PASR pre-processed K2 counting mode data) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 2F Melbournevirus block (PASR pre-processed K2...
ファイル | emd_37188_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 2F Melbournevirus block (PASR pre-processed K2 counting mode data) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Melbournevirus
全体 | 名称: Melbournevirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Melbournevirus
超分子 | 名称: Melbournevirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1560514 / 生物種: Melbournevirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 26.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |