+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37183 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Nodavirus (Fourier cropped EMPIAR-10203) for single-frame PASR comparison | |||||||||
マップデータ | Post-processed Fourier cropped Nodavirus | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | PASR / post-acquisition super resolution / reprocessing / virus / Nodavirus | |||||||||
生物種 | Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nodavirus (Fourier cropped EMPIAR-10203) for single-frame PASR comparison 著者: Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37183.map.gz | 70 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-37183-v30.xml emd-37183.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37183_fsc.xml | 9.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37183.png | 148.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37183.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_37183_half_map_1.map.gz emd_37183_half_map_2.map.gz | 58.8 MB 58.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37183 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37183 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37183_validation.pdf.gz | 993.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_37183_full_validation.pdf.gz | 992.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37183_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37183_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37183 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37183 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Post-processed Fourier cropped Nodavirus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 2 Fourier cropped Nodavirus
ファイル | emd_37183_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half-map 2 Fourier cropped Nodavirus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1 Fourier cropped Nodavirus
ファイル | emd_37183_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half-map 1 Fourier cropped Nodavirus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Macrobrachium rosenbergii nodavirus
全体 | 名称: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Macrobrachium rosenbergii nodavirus
超分子 | 名称: Macrobrachium rosenbergii nodavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Nodavirus / NCBI-ID: 222557 / 生物種: Macrobrachium rosenbergii nodavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |