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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37179 | |||||||||
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タイトル | Post-processed counting mode Adeno-associated virus (AAV) (RELION) | |||||||||
マップデータ | Post-processed counting mode Adeno-associated virus (RELION) | |||||||||
試料 |
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キーワード | PASR / post-acquisition super resolution / adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) / AAV / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Post-processed counting mode Adeno-associated virus (AAV) (RELION) 著者: Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37179.map.gz | 127.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37179-v30.xml emd-37179.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37179_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37179.png | 162.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37179.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_37179_half_map_1.map.gz emd_37179_half_map_2.map.gz | 104.9 MB 104.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37179 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed counting mode Adeno-associated virus (RELION) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 1 counting mode Adeno-associated virus (RELION)
ファイル | emd_37179_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 counting mode Adeno-associated virus (RELION) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 counting mode Adeno-associated virus (RELION)
ファイル | emd_37179_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 counting mode Adeno-associated virus (RELION) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus
超分子 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |