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- EMDB-37159: Cryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37159
タイトルCryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS
マップデータ
試料
  • 複合体: NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cytochrome b-245 chaperone 1 and a monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-245 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-245 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 7G5 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-245 chaperone 1
    • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 7G5 light chain
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
キーワードNADPH oxidase / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glomerular filtration by angiotensin / smooth muscle hypertrophy / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / positive regulation of mucus secretion / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / cellular response to L-glutamine / respiratory burst after phagocytosis / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium ...negative regulation of glomerular filtration by angiotensin / smooth muscle hypertrophy / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / positive regulation of mucus secretion / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / cellular response to L-glutamine / respiratory burst after phagocytosis / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / mucus secretion / perinuclear endoplasmic reticulum / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / cytochrome complex assembly / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / response to angiotensin / response to aldosterone / ROS and RNS production in phagocytes / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / hydrogen peroxide biosynthetic process / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to cadmium ion / cellular response to ethanol / cellular response to angiotensin / tertiary granule membrane / monoatomic ion channel complex / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / NADPH binding / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / stress fiber / positive regulation of endothelial cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / FAD binding / response to interleukin-1 / positive regulation of phagocytosis / secretory granule / response to activity / cellular response to glucose stimulus / response to nutrient levels / establishment of localization in cell / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to gamma radiation / defense response / positive regulation of interleukin-6 production / SH3 domain binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / nuclear envelope / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cell growth / monoatomic ion transmembrane transport / response to hypoxia / electron transfer activity / endosome / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / focal adhesion / neuronal cell body / heme binding / dendrite / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-245 chaperone 1 / Cytochrome b-245 chaperone 1 / Eros / Cytochrome b245, heavy chain / Cytochrome b558 alpha-subunit / Cytochrome Cytochrome b558 alpha-subunit / Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain ...Cytochrome b-245 chaperone 1 / Cytochrome b-245 chaperone 1 / Eros / Cytochrome b245, heavy chain / Cytochrome b558 alpha-subunit / Cytochrome Cytochrome b558 alpha-subunit / Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
NADPH oxidase 2 / Cytochrome b-245 light chain / Cytochrome b-245 chaperone 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Liang SY / Liu AJ / Liu YZ / Ye RD
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structural basis for EROS binding to human phagocyte NADPH oxidase NOX2.
著者: Shiyu Liang / Aijun Liu / Yezhou Liu / Fuxing Wang / Youli Zhou / Yuanzhengyang Long / Tao Wang / Zheng Liu / Ruobing Ren / Richard D Ye /
要旨: Essential for reactive oxygen species (EROS) protein is a recently identified molecular chaperone of NOX2 (gp91), the catalytic subunit of phagocyte NADPH oxidase. Deficiency in EROS is a recently ...Essential for reactive oxygen species (EROS) protein is a recently identified molecular chaperone of NOX2 (gp91), the catalytic subunit of phagocyte NADPH oxidase. Deficiency in EROS is a recently identified cause for chronic granulomatous disease, a genetic disorder with recurrent bacterial and fungal infections. Here, we report a cryo-EM structure of the EROS-NOX2-p22 heterotrimeric complex at an overall resolution of 3.56Å. EROS and p22 are situated on the opposite sides of NOX2, and there is no direct contact between them. EROS associates with NOX2 through two antiparallel transmembrane (TM) α-helices and multiple β-strands that form hydrogen bonds with the cytoplasmic domain of NOX2. EROS binding induces a 79° upward bend of TM2 and a 48° backward rotation of the lower part of TM6 in NOX2, resulting in an increase in the distance between the two hemes and a shift of the binding site for flavin adenine dinucleotide (FAD). These conformational changes are expected to compromise superoxide production by NOX2, suggesting that the EROS-bound NOX2 is in a protected state against activation. Phorbol myristate acetate, an activator of NOX2 in vitro, is able to induce dissociation of NOX2 from EROS with concurrent increase in FAD binding and superoxide production in a transfected COS-7 model. In differentiated neutrophil-like HL-60, the majority of NOX2 on the cell surface is dissociated with EROS. Further studies are required to delineate how EROS dissociates from NOX2 during its transport to cell surface, which may be a potential mechanism for regulation of NOX2 activation.
履歴
登録2023年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37159.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.7554282 - 2.9300365
平均 (標準偏差)-0.0008505151 (±0.047837034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37159_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37159_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cyt...

全体名称: NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cytochrome b-245 chaperone 1 and a monoclonal antibody
要素
  • 複合体: NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cytochrome b-245 chaperone 1 and a monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-245 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-245 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 7G5 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-245 chaperone 1
    • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 7G5 light chain
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

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超分子 #1: NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cyt...

超分子名称: NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cytochrome b-245 chaperone 1 and a monoclonal antibody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cytochrome b-245 light chain

分子名称: Cytochrome b-245 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.663218 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QIEWAMWANE QALASGLILI TGGIVATAGR FTQWYFGAYS IVAGVFVCLL EYPRGKRKKG STMERWGQKY MTAVVKLFGP FTRNYYVRA VLHLLLSVPA GFLLATILGT ACLAIASGIY LLAAVRGEQW TPIE

UniProtKB: Cytochrome b-245 light chain

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分子 #2: Cytochrome b-245 heavy chain

分子名称: Cytochrome b-245 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.853066 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VNEGLSIFVI LVWLGLNVFL FVWYYRVYDI PPKFFYTRKL LGSALALARA PAACLNFNCM LILLPVCRNL LSFLRGSSAC CSTRVRRQL DRNLTFHKMV AWMIALHSAI HTIAHLFNVE WCVNARVNNS DPYSVALSEL GDRQNESYLN FARKRIKNPE G GLYLAVTL ...文字列:
VNEGLSIFVI LVWLGLNVFL FVWYYRVYDI PPKFFYTRKL LGSALALARA PAACLNFNCM LILLPVCRNL LSFLRGSSAC CSTRVRRQL DRNLTFHKMV AWMIALHSAI HTIAHLFNVE WCVNARVNNS DPYSVALSEL GDRQNESYLN FARKRIKNPE G GLYLAVTL LAGITGVVIT LCLILIITSS TKTIRRSYFE VFWYTHHLFV IFFIGLAIHG AERIVRGQTA ESLAVHNITV CE QKISEWG KIKECPIPQF AGNPPMTWKW IVGPMFLYLC ERLVRFWRSQ QKVVITKVVT HPFKTIELQM KKKGFKMEVG QYI FVKCPK VSKLEWHPFT LTSAPEEDFF SIHIRIVGDW TEGLFNACGC DKQEFQDAWK LPKIAVDGPF GTASEDVFSY EVVM LVGAG IGVTPFASIL KSVWYKYCNN ATNLKLKKIY FYWLCRDTHA FEWFADLLQL LESQMQERNN AGFLSYNIYL TGWDE SQAN HFAVHHDEEK DVITGLKQKT LYGRPNWDNE FKTIASQHPN TRIGVFLCGP EALAETLSKQ SISNSESGPR GVHFIF NKE NF

UniProtKB: NADPH oxidase 2

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分子 #3: monoclonal antibody 7G5 heavy chain

分子名称: monoclonal antibody 7G5 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.484305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSLEESGGDL VKPGASLTLT CTASGIDFSG YHYMCWVRQA PGKGLEWIGC THSGDGTTYY ARWAKGRFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAAD TATYFCARRY VFSGGYSGLD SWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QSLEESGGDL VKPGASLTLT CTASGIDFSG YHYMCWVRQA PGKGLEWIGC THSGDGTTYY ARWAKGRFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAAD TATYFCARRY VFSGGYSGLD SWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSC

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分子 #4: Cytochrome b-245 chaperone 1

分子名称: Cytochrome b-245 chaperone 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.4915 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MYLQVETRTS SRLHLKRAPG IRSWSLLVGI LSIGLAAAYY SGDSLGWKLF YVTGCLFVAV QNLEDWEEAI FDKSTGKVVL KTFSLYKKL LTLFRAGHDQ VVVLLHDVRD VSVEEEKVRY FGKGYMVVLR LATGFSHPLT QSAVMGHRSD VEAIAKLITS F LELH

UniProtKB: Cytochrome b-245 chaperone 1

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分子 #5: monoclonal antibody 7G5 light chain

分子名称: monoclonal antibody 7G5 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.521154 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ALVMTQTPSS VSAAVRGTVT IKCQASENIY SNLAWYQQKP GQPPKLLIYG ASKLASGVPS RFKGSGSGTD YTLTIRDLEA ADAATYYCQ QFYDSLNTDN AFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
ALVMTQTPSS VSAAVRGTVT IKCQASENIY SNLAWYQQKP GQPPKLLIYG ASKLASGVPS RFKGSGSGTD YTLTIRDLEA ADAATYYCQ QFYDSLNTDN AFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #8: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #10: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8gz3

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 131926
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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