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万見
- EMDB-37072: Cryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37072
タイトルCryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3
    • RNA: ATP-TTR-3
キーワードATP stabilizer / cryo-EM / RNA
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.59 Å
データ登録者Chen XY / Jia GW / Su ZM
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA301900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
引用ジャーナル: Nat Protoc / 年: 2025
タイトル: RNA sample optimization for cryo-EM analysis.
著者: Xingyu Chen / Liu Wang / Jiahao Xie / Jakub S Nowak / Bingnan Luo / Chong Zhang / Guowen Jia / Jian Zou / Dingming Huang / Sebastian Glatt / Yang Yang / Zhaoming Su /
要旨: RNAs play critical roles in most biological processes. Although the three-dimensional (3D) structures of RNAs primarily determine their functions, it remains challenging to experimentally determine ...RNAs play critical roles in most biological processes. Although the three-dimensional (3D) structures of RNAs primarily determine their functions, it remains challenging to experimentally determine these 3D structures due to their conformational heterogeneity and intrinsic dynamics. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has recently played an emerging role in resolving dynamic conformational changes and understanding structure-function relationships of RNAs including ribozymes, riboswitches and bacterial and viral noncoding RNAs. A variety of methods and pipelines have been developed to facilitate cryo-EM structure determination of challenging RNA targets with small molecular weights at subnanometer to near-atomic resolutions. While a wide range of conditions have been used to prepare RNAs for cryo-EM analysis, correlations between the variables in these conditions and cryo-EM visualizations and reconstructions remain underexplored, which continue to hinder optimizations of RNA samples for high-resolution cryo-EM structure determination. Here we present a protocol that describes rigorous screenings and iterative optimizations of RNA preparation conditions that facilitate cryo-EM structure determination, supplemented by cryo-EM data processing pipelines that resolve RNA dynamics and conformational changes and RNA modeling algorithms that generate atomic coordinates based on moderate- to high-resolution cryo-EM density maps. The current protocol is designed for users with basic skills and experience in RNA biochemistry, cryo-EM and RNA modeling. The expected time to carry out this protocol may range from 3 days to more than 3 weeks, depending on the many variables described in the protocol. For particularly challenging RNA targets, this protocol could also serve as a starting point for further optimizations.
履歴
登録2023年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 384 pix.
= 376.32 Å		0.98 Å/pix.
x 384 pix.
= 376.32 Å		0.98 Å/pix.
x 384 pix.
= 376.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.312
最小 - 最大-1.2553673 - 2.3926854
平均 (標準偏差)-0.00022765738 (±0.034244817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 376.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37072_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37072_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3

全体名称: Cryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3
    • RNA: ATP-TTR-3

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超分子 #1: Cryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3

超分子名称: Cryo-EM structure of dimeric ATP-TTR-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: ATP-TTR-3

分子名称: ATP-TTR-3 / タイプ: rna / ID: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
GGCGAUAUGG CAUGGAAUCA GCUCAAGGAA CUGUGAACGU AUAUCGGGCA ACGACUAGGA AACUAGUCGU UGGGAAGAAA CUGCCGAUAU ACGGGAGUUC CUUGAGCGGG AGAUUCCAUG CCUAAGUCGC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 39.99 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.978 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.464 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61627
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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