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- EMDB-36984: Cryo-EM structure of the photosynthetic alternative complex III f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36984
タイトルCryo-EM structure of the photosynthetic alternative complex III from Chloroflexus aurantiacus at 3.3 angstrom
マップデータ
試料
  • 複合体: Alternative complex III
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 7種
キーワードPhotosynthetic alternative complex III / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily / 4Fe-4S dicluster domain ...NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c7-like domain-containing protein / Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein / Polysulphide reductase NrfD / Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein / Cytochrome c domain-containing protein / Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Xu X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of HQNO-bound alternative complex III from the anoxygenic phototrophic bacterium Chloroflexus aurantiacus.
著者: Jiyu Xin / Zhenzhen Min / Lu Yu / Xinyi Yuan / Aokun Liu / Wenping Wu / Xin Zhang / Huimin He / Jingyi Wu / Yueyong Xin / Robert E Blankenship / Changlin Tian / Xiaoling Xu /
要旨: Alternative complex III (ACIII) couples quinol oxidation and electron acceptor reduction with potential transmembrane proton translocation. It is compositionally and structurally different from the ...Alternative complex III (ACIII) couples quinol oxidation and electron acceptor reduction with potential transmembrane proton translocation. It is compositionally and structurally different from the cytochrome bc1/b6f complexes but functionally replaces these enzymes in the photosynthetic and/or respiratory electron transport chains (ETCs) of many bacteria. However, the true compositions and architectures of ACIIIs remain unclear, as do their structural and functional relevance in mediating the ETCs. We here determined cryogenic electron microscopy structures of photosynthetic ACIII isolated from Chloroflexus aurantiacus (CaACIIIp), in apo-form and in complexed form bound to a menadiol analog 2-heptyl-4-hydroxyquinoline-N-oxide. Besides 6 canonical subunits (ActABCDEF), the structures revealed conformations of 2 previously unresolved subunits, ActG and I, which contributed to the complex stability. We also elucidated the structural basis of menaquinol oxidation and subsequent electron transfer along the [3Fe-4S]-6 hemes wire to its periplasmic electron acceptors, using electron paramagnetic resonance, spectroelectrochemistry, enzymatic analyses, and molecular dynamics simulations. A unique insertion loop in ActE was shown to function in determining the binding specificity of CaACIIIp for downstream electron acceptors. This study broadens our understanding of the structural diversity and molecular evolution of ACIIIs, enabling further investigation of the (mena)quinol oxidoreductases-evolved coupling mechanism in bacterial energy conservation.
履歴
登録2023年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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添付画像

emd_36984.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å		1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å		1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.16475098 - 0.41123182
平均 (標準偏差)0.0022649802 (±0.015002522)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 209.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36984_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36984_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36984_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alternative complex III

全体名称: Alternative complex III
要素
  • 複合体: Alternative complex III
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c7-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Polysulphide reductase NrfD
    • タンパク質・ペプチド: Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: unknown
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: [(2S)-2-octadecanoyloxypropyl] octadecanoate
  • リガンド: [(2~{R})-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-tetradecanoyloxy-propyl] hexadecanoate
  • リガンド: [(2~{R})-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-pentadecanoyloxy-propyl] pentadecanoate
  • リガンド: 1,3-bis(13-methyltetradecanoyloxy)propan-2-yl pentadecanoate

+
超分子 #1: Alternative complex III

超分子名称: Alternative complex III / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)

+
分子 #1: Cytochrome c7-like domain-containing protein

分子名称: Cytochrome c7-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 25.247039 KDa
配列文字列: MAQIFPRNAN LLSRLSIFAL VLLVVEGILI LGVYFRSNYF RQVNVAIEQP VAFSHQLHVN VVGIDCRYCH TSVDQSYFAN IPATETCMT CHSQIKTYSP LLEKVRESYA TGKPIEWVKV YDLPNFVYFN HSIHVNKGIG CSTCHGQVNN MPVVWQQQAL Y MGWCLNCH ...文字列:
MAQIFPRNAN LLSRLSIFAL VLLVVEGILI LGVYFRSNYF RQVNVAIEQP VAFSHQLHVN VVGIDCRYCH TSVDQSYFAN IPATETCMT CHSQIKTYSP LLEKVRESYA TGKPIEWVKV YDLPNFVYFN HSIHVNKGIG CSTCHGQVNN MPVVWQQQAL Y MGWCLNCH RNPELYVRPR EEVYNMDYVP PSNQLEIGRQ LVAEYGIMPP DQLTNCYVCH R

UniProtKB: Cytochrome c7-like domain-containing protein

+
分子 #2: Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein

分子名称: Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 113.115359 KDa
配列文字列: MTQQQPDLEA IRAQLRDARG PQFWRSLDQL ADAPAFRELI EREFPRGASE LEDGISRRTF LKLMGASLAL AGVTACTYQP RQYIAPFDR QPEGRVPGIP QYFASTLTLG GYGTGVLVRS NEGRPTKVEG NPRHPASLGG TDLFAQAEIL TMYDPDRSTT V LRQGVPST ...文字列:
MTQQQPDLEA IRAQLRDARG PQFWRSLDQL ADAPAFRELI EREFPRGASE LEDGISRRTF LKLMGASLAL AGVTACTYQP RQYIAPFDR QPEGRVPGIP QYFASTLTLG GYGTGVLVRS NEGRPTKVEG NPRHPASLGG TDLFAQAEIL TMYDPDRSTT V LRQGVPST WAEFTTTLGN ALTAARATQG AGVRLLTTTI TSPSLAAQIE QFLQAYPQAR WYQYEPINRD NVVAGARLAF GR DVTTRYD LSAAQVVVSL DADFLAPGPG FVAYARAFAE RRKVRKDSTT MNRLYVVEAS PSTTGTAADH RLPLRADAIA AFT GALANE LGVGGAPATL SPKAEEFLRA IARDLEEHRG QSVVIAGDQQ PPIVHALAHL INAELGNVGQ TVFYHEPVEA RPTN QTEEL VALVSEMAAG RVETLIMIGG NPVYNAPGDL RFADRMASVP LTIHLSQFVD ETSARATWHI PQAHPLESWG DARAF DGTA SIVQPLIEPL YGGKTANELL AAMLGQPEAE SYDLVRSFWL EQIGETGWQV ALANGVIAET VAPVIEPTLN EGAIRA TPI PQPGDGVEIV FRPDPSLFDG FYANNGWLQE LPRPLTKLVW DNAALMSPRT AIKLLGLPFN ADRLIGTEAD DRERQQY LE QLSKVNGTIA RIEYRGGIIE IPIWLLPGHA EDSITLNLGY GRTHAGRVGN NVGIDVYPIR TSDSPWFGAG ARVTNTGR T YLLVSTQDHW TLEGRDIYRV GEFKKFKEDP KYIAKEVYQE EYGRETPNYQ SLQPGDDYTG RNAWGMTINL NACIGCNAC VVACQAENNI AVVGKDQVSR GREMHWIRID RYFAGEDLDN PSIYMMPVNC MQCEKAPCEV VCPVAATVHD YEGLNNMVYN RCVGTKYCS NNCPYKVRRF NFLQYSDTTT ETFKLAFNPD VTVRIRGVME KCTYCVQRIS GARIAAKRAA VQAGQSSYVI S DGAIQTAC EQACPTGAIV FGDINDSNSR VAKWKAEGHN YGLLGFLNTV PRTTYLARVR NPSEELEKVE G

UniProtKB: Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein

+
分子 #3: Polysulphide reductase NrfD

分子名称: Polysulphide reductase NrfD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 55.22352 KDa
配列文字列: MAQAQPLRTR PQDDGEAYLL PGETYTSISA KIGDVPLTPP LKTPKGWLAG FSVAFFMLMI FFVSVTWLFI RGVGIWGINI PVGWGMDII NFVWWIGIGH AGTLISAILL LLNQGWRNSI NRFAEAMTLF AVACAGLYPI LHLGRPWLFY WLIPYPNTHG M WPQFRSAL ...文字列:
MAQAQPLRTR PQDDGEAYLL PGETYTSISA KIGDVPLTPP LKTPKGWLAG FSVAFFMLMI FFVSVTWLFI RGVGIWGINI PVGWGMDII NFVWWIGIGH AGTLISAILL LLNQGWRNSI NRFAEAMTLF AVACAGLYPI LHLGRPWLFY WLIPYPNTHG M WPQFRSAL AWDVFAISTY ATVSLVFWLV GLIPDFATLR DRAKNIWVKR LYGIAALGWR GSARHWHRYE MASILLAGLS TP LVVSVHS IISLDFAISQ VPGWQVTVFP PYFVAGAVFA GFAMVLLLMI PVRTFYGFEN YITLHHLDVM AKVMLTTGMI VVY GYFMEV FASLYSGNEF EEYLLYNRLF GPSSWAYWGL LFCNAVAIQP LWFKKVRQNI PALLIISLIV SVGMWLERYV IIVI SLERD FLPSSWDIYI PTIWDWSLYI GTFGLFFTLL FLFIRVLPMI NIFEMRLFLY QETEKAKQRA GHGAHGHGHE QSPAH GAAT AD

UniProtKB: Polysulphide reductase NrfD

+
分子 #4: Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein

分子名称: Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 19.64857 KDa
配列文字列:
MRNDVYGVMA EFPTPEALIE ATRKAKAAGY TKMDAFSPFP IEEVIEEIAH GDTGVPRLVL LFGLIGAASG FILQYIGNLV DYPLNVGGR PLDITNWPAM IPITFESGIL LASFAAAIGM IVLNGLPSPY HPVFNVPRFQ YASQDAFFLC IEATDPLFDR S RTSQFLRS LNPMQVSEVA Y

UniProtKB: Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein

+
分子 #5: Cytochrome c domain-containing protein

分子名称: Cytochrome c domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 23.017016 KDa
配列文字列: MQKPRLTSRM IRFGWVGLLV LLLTACHQDM YDQQKYTTYE PSSFFADGRS SRPNVPGTTP FEVVKTDEFL YTGLIDGQEV DAMPFPVTK DLLLRGQLKY NIYCAVCHGE AGYGASMVAE RGGIVPANFH QQRLREAPLS HFFVVITNGV YRGDPENGGY Q SMYGYASR ...文字列:
MQKPRLTSRM IRFGWVGLLV LLLTACHQDM YDQQKYTTYE PSSFFADGRS SRPNVPGTTP FEVVKTDEFL YTGLIDGQEV DAMPFPVTK DLLLRGQLKY NIYCAVCHGE AGYGASMVAE RGGIVPANFH QQRLREAPLS HFFVVITNGV YRGDPENGGY Q SMYGYASR ITPEDRWAIA AYIRALQLSQ NATIDDVPPD QRAQLGN

UniProtKB: Cytochrome c domain-containing protein

+
分子 #6: Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2

分子名称: Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 45.721672 KDa
配列文字列: MATTSISQTR IPQLGQVQML GLAAAVIGIG VLAAGYFLSP TSFFESYIYG YYVAMTIPLG CLGFLMVQHL TGGAWGVTVR RMLEAGAAT LPIMGLLFIP IALGYFDTYK ALGLEHPLYE WANPEVVTPG GAEFDPIIAH KVPWLSPLWV TARIAIFFII W SALALTLR ...文字列:
MATTSISQTR IPQLGQVQML GLAAAVIGIG VLAAGYFLSP TSFFESYIYG YYVAMTIPLG CLGFLMVQHL TGGAWGVTVR RMLEAGAAT LPIMGLLFIP IALGYFDTYK ALGLEHPLYE WANPEVVTPG GAEFDPIIAH KVPWLSPLWV TARIAIFFII W SALALTLR AWSRQQDAGG DAKKLATRMR RLSGIGVALF VITVTFFSFD VAMSLDPHWF STIYGAHYMA NAGLMTLAFL AL MMSRVRD AALFREYVSV KPIHDIGKLI FAFTVLWTYM SYGQLVIIWS GDVAEFTPWY VHRTQHGWVF VALALMLFAF ALP FFVLLF RGTKRNLNTL ATIAGWIVVM RFVDMAWIIL PEFREHLWDI AITDVAAPIG LIGLVIALFA ANVQQAPLLP LRDP NMEQL QNSGHH

UniProtKB: Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2

+
分子 #7: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 12.485551 KDa
配列文字列:
MSYRPNYSAS RYTAGRPAQP VRTARTMAEP SLSRLMIAGL MVFLVLSLVV LLAGRLPFTP QPAPVTGNTY RTYVNDARTL LNSYGYTME GKVHIPIDRA MDLIVERGLP VRE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #8: unknown

分子名称: unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
分子量理論値: 4.322134 KDa
配列文字列:
MQPEWSGDPE VKPVFLAVTL TGMVAFLLMV WLFAFYW

+
分子 #9: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #10: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #11: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

+
分子 #12: [(2S)-2-octadecanoyloxypropyl] octadecanoate

分子名称: [(2S)-2-octadecanoyloxypropyl] octadecanoate / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: EL6
分子量理論値: 609.018 Da
Chemical component information

ChemComp-EL6:
[(2S)-2-octadecanoyloxypropyl] octadecanoate

+
分子 #13: [(2~{R})-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-tetradecanoy...

分子名称: [(2~{R})-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-tetradecanoyloxy-propyl] hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: JLQ
分子量理論値: 663.906 Da

+
分子 #14: [(2~{R})-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-pentadecanoy...

分子名称: [(2~{R})-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-pentadecanoyloxy-propyl] pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: JL3
分子量理論値: 663.906 Da

+
分子 #15: 1,3-bis(13-methyltetradecanoyloxy)propan-2-yl pentadecanoate

分子名称: 1,3-bis(13-methyltetradecanoyloxy)propan-2-yl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: JM9
分子量理論値: 765.24 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6lod

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 425867
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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