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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Dimer structure of procaryotic Ago | |||||||||
![]() | combined focused map, sharpened with deepemhancer | |||||||||
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![]() | Ago / DNA/RNA / DNA BINDING PROTEIN / CELL INVASION / DNA-RNA-CELL INVASION complex | |||||||||
機能・相同性 | SIR2-like domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H-like superfamily / Piwi domain protein / Sir2 superfamily protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Gao X / Sun D / Cui S / Wang Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Nucleic acid-induced NADase activation of a short Sir2-associated prokaryotic Argonaute system. 著者: Dapeng Sun / Kaixiang Zhu / Linyue Wang / Zhixia Mu / Kang Wu / Lei Hua / Bo Qin / Xiaopan Gao / Yumei Wang / Sheng Cui / ![]() 要旨: Inhibition of nucleic acid targets is mediated by Argonaute (Ago) proteins guided by RNA or DNA. Although the mechanisms underpinning the functions of eukaryotic and "long" prokaryotic Ago proteins ...Inhibition of nucleic acid targets is mediated by Argonaute (Ago) proteins guided by RNA or DNA. Although the mechanisms underpinning the functions of eukaryotic and "long" prokaryotic Ago proteins (pAgos) are well understood, those for short pAgos remain enigmatic. Here, we determine two cryoelectron microscopy structures of short pAgos in association with the NADase-domain-containing protein Sir2-APAZ from Geobacter sulfurreducens (GsSir2/Ago): the guide RNA-target DNA-loaded GsSir2/Ago quaternary complex (2.58 Å) and the dimer of the quaternary complex (2.93Å). These structures show that the nucleic acid binding causes profound conformational changes that result in disorder or partial dissociation of the Sir2 domain, suggesting that it adopts a NADase-active conformation. Subsequently, two RNA-/DNA-loaded GsSir2/Ago complexes form a dimer through their MID domains, further enhancing NADase activity through synergistic effects. The findings provide a structural basis for short-pAgo-mediated defense against invading nucleic acids. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 57.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 42.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 713.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 713.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k87MC ![]() 8k88C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | combined focused map, sharpened with deepemhancer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.009 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36946_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36946_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex
全体 | 名称: dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex
超分子 | 名称: dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: DNA (41-mer)
分子 | 名称: DNA (41-mer) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12.525115 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DA) (DT) |
-分子 #2: RNA/DNA (21-mer)
分子 | 名称: RNA/DNA (21-mer) / タイプ: other / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 6.675973 KDa |
配列 | 文字列: AUAAUGGUUU CUUAGACGUC (DG) |
-分子 #3: Piwi domain protein
分子 | 名称: Piwi domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 53.325566 KDa |
組換発現 | 生物種: Expression vector pET-mod (その他) |
配列 | 文字列: MADNLSQLAA HSTIPEPLLL FKDNRTDTHP LRGLSQYGPY SACFNLPGQV RLAYLAPTEH MRKLDAIVRE LQNPATPKEA TNYYVEYGG FEKVFKVPLV MPQEHLRCLA LDECHGVAAN GNGLALADKI VQSMSGLFRQ KHAFDVLLVY LPASWKKCFE Y DGFDLHDR ...文字列: MADNLSQLAA HSTIPEPLLL FKDNRTDTHP LRGLSQYGPY SACFNLPGQV RLAYLAPTEH MRKLDAIVRE LQNPATPKEA TNYYVEYGG FEKVFKVPLV MPQEHLRCLA LDECHGVAAN GNGLALADKI VQSMSGLFRQ KHAFDVLLVY LPASWKKCFE Y DGFDLHDR IKAKVAPLNL PIQIINDTAL TRQCRANVMW GVSVALYAKA GGIPWKLADW DKDEAYIGLS YAIKKNAEGQ EY TTCCSQV FDPDGTGFEF VAYDTREFIT DRKGNPYLSY QEMQSVLSKS LHLYQSSHNG RMPRKIFIHK TTHFTEDEIQ GAF DSFSSS TEIELVQIIQ STNWYGLKVD GKKGDKPVAP ASYPVDRGLY QPLTESECLL WTQGSVMGVN QQNPGQPVFK EAAL TPLPN PIMLRRFSGN GGWHATCSSI LALTKVDWNN NTLYKKLPVT LVYSQVFADV VKQTPEIVNE IYDYRFFM UniProtKB: Piwi domain protein |
-分子 #4: Sir2 superfamily protein
分子 | 名称: Sir2 superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 66.645922 KDa |
組換発現 | 生物種: Expression vector pET-mod (その他) |
配列 | 文字列: MDVLTDNEFY QHYLQNSQHM MWFLGAGTSR SAGLPTASDI IWDLKHRYYC LHENQDYQKH DINNHAIKSK IQSYMDSKGF PLQWSPEEY SFYFELVFRD DYEAQRKYLL EALASRKVSL NIGHRVLAAL LEMNQTKVVF TTNFDDVIET AFSDISGKHL S VYHLEGSY ...文字列: MDVLTDNEFY QHYLQNSQHM MWFLGAGTSR SAGLPTASDI IWDLKHRYYC LHENQDYQKH DINNHAIKSK IQSYMDSKGF PLQWSPEEY SFYFELVFRD DYEAQRKYLL EALASRKVSL NIGHRVLAAL LEMNQTKVVF TTNFDDVIET AFSDISGKHL S VYHLEGSY AALSALNTEA FPIYAKIHGD FRYQKIKNLT PDLQTNDREI HKCFLAAAIR FGLVVSGYSG RDENVMTMLR AA IDQNNAF PHGLYWTVPS ISKSEPAVQD LITYAQGKGV RAYLVETGTF DEMLSKIWRQ VKDKPAAIDA KVRTARVCPV SIP LPGPGK SFPALRTNAL PVVTQSIRCG VVTLASPITF SELKERISQK SPKALLTYTE KVLFLGGEPE IRKIFSNDEI NSIG QYYID EIAQSVAAST FLKSFVEEAI LTALLREKPI LHRVRHRTHY AVIPNASAKD DRFLDLRKAV GFKGDLGYIT GNVTN AKEL SWAEAVSIRL EERGGKLWIM LKPEIWIKPL DRREEATDFI RSRRRYRFNQ CSYQILDAWI KILFGSIGGG GTVNIS CFP DAEFKAEFEI GTRTAFSLGV GYGR UniProtKB: Sir2 superfamily protein |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |