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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of the helical symmetric tubular assembly of SBA/GN8GN at 33.5 nm diameter | |||||||||
![]() | 3D reconstruction of the SBA/GN8GN tubular assembly | |||||||||
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![]() | protein tube / self-assembly / polymorphism / protein-carbohydrate interaction / PLANT PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
![]() | Chen SY / Zhang L / Chen GS | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reconstruction of the helical symmetric tubular assembly of SBA/GN8GN at 33.5 nm diameter 著者: Chen SY / Zhang L / Chen GS | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 222.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 119.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 3.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 192.6 MB 192 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 925.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 925.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of the SBA/GN8GN tubular assembly | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.051 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN8GN tubular assembly
ファイル | emd_36930_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN8GN tubular assembly | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN8GN tubular assembly
ファイル | emd_36930_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN8GN tubular assembly | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Helical complex of soybean agglutinin protein with GN8GN ligand
全体 | 名称: Helical complex of soybean agglutinin protein with GN8GN ligand |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical complex of soybean agglutinin protein with GN8GN ligand
超分子 | 名称: Helical complex of soybean agglutinin protein with GN8GN ligand タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 57000 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 63.3 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.6 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C10 (10回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 2958 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |