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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36911 | |||||||||
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タイトル | Structure determination of SBA/GN1GN tubular assembly at 14 nm diameter using cryo-EM | |||||||||
マップデータ | 3D reconstruction of the SBA/GN1GN tubular assembly | |||||||||
試料 |
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キーワード | protein tube / self-assembly / polymorphism / protein-carbohydrate interaction / PLANT PROTEIN | |||||||||
生物種 | Glycine max (ダイズ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen SY / Zhang L / Chen GS | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure determination of SBA/GN1GN tubular assembly at 14 nm diameter using cryo-EM 著者: Chen SY / Zhang L / Chen GS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36911.map.gz | 57.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36911-v30.xml emd-36911.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36911_fsc.xml | 11.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36911.png | 50.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36911.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_36911_half_map_1.map.gz emd_36911_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36911 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36911_validation.pdf.gz | 736.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36911_full_validation.pdf.gz | 736.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36911_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36911_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36911 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of the SBA/GN1GN tubular assembly | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.607 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN1GN tubular assembly
ファイル | emd_36911_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN1GN tubular assembly | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN1GN tubular assembly
ファイル | emd_36911_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map of the 3D reconstruction of SBA/GN1GN tubular assembly | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical complex of soybean agglutinin protein with GN1GN ligand
全体 | 名称: Helical complex of soybean agglutinin protein with GN1GN ligand |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical complex of soybean agglutinin protein with GN1GN ligand
超分子 | 名称: Helical complex of soybean agglutinin protein with GN1GN ligand タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Glycine max (ダイズ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 73000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |