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万見
- EMDB-36906: SARS-CoV-2 BA.1 spike with UT28-RD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36906
タイトルSARS-CoV-2 BA.1 spike with UT28-RD
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: UT28K-RD Fab
      • タンパク質・ペプチド: UT28K-RD Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: UT28K-RD Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / Antibody / Spike protein / STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Chen L / Kita S / Anraku Y / Maenaka K
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101077 and JP22ama121010 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ae0121018 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K07624 and JP23H02776 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23fa627009 日本
Other governmentJPMJCR20H8
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Rational in silico design identifies two mutations that restore UT28K SARS-CoV-2 monoclonal antibody activity against Omicron BA.1.
著者: Tatsuhiko Ozawa / Yoshiki Ikeda / Liuan Chen / Rigel Suzuki / Atsushi Hoshino / Akira Noguchi / Shunsuke Kita / Yuki Anraku / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Shunta Taminishi ...著者: Tatsuhiko Ozawa / Yoshiki Ikeda / Liuan Chen / Rigel Suzuki / Atsushi Hoshino / Akira Noguchi / Shunsuke Kita / Yuki Anraku / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Shunta Taminishi / Jiei Sasaki / Yuhei Kirita / Hideo Fukuhara / Katsumi Maenaka / Takao Hashiguchi / Takasuke Fukuhara / Kenichi Hirabayashi / Hideki Tani / Hiroyuki Kishi / Hideki Niimi /
要旨: SARS-CoV-2 rapidly mutates and acquires resistance to neutralizing antibodies. We report an in-silico-designed antibody that restores the neutralizing activity of a neutralizing antibody. Our ...SARS-CoV-2 rapidly mutates and acquires resistance to neutralizing antibodies. We report an in-silico-designed antibody that restores the neutralizing activity of a neutralizing antibody. Our previously generated antibody, UT28K, exhibited broad neutralizing activity against mutant variants; however, its efficacy against Omicron BA.1 was compromised by the mutation. Using previously determined structural information, we designed a modified-UT28K (V T28R/N57D), UT28K-RD targeting the mutation site. In vitro and in vivo experiments demonstrated the efficacy of UT28K-RD in neutralizing Omicron BA.1. Although the experimentally determined structure partially differed from the predicted model, our study serves as a successful case of antibody design, wherein the predicted amino acid substitution enhanced the recognition of the previously elusive Omicron BA.1. We anticipate that numerous similar cases will be reported, showcasing the potential of this approach for improving protein-protein interactions. Our findings will contribute to the development of novel therapeutic strategies for highly mutable viruses, such as SARS-CoV-2.
履歴
登録2023年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36906.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.119
最小 - 最大-0.44851553 - 1.0997921
平均 (標準偏差)-0.00037885545 (±0.026298832)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 385.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36906_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36906_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36906_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex

全体名称: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: UT28K-RD Fab
      • タンパク質・ペプチド: UT28K-RD Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: UT28K-RD Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex

超分子名称: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: UT28K-RD Fab

超分子名称: UT28K-RD Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 133.229938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GTSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVIS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ P FLMDLEGK ...文字列:
GTSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVIS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ P FLMDLEGK QGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPIIV REPEDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PG DSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCTLKSFTVE KGIYQTSNFR VQPTESIVRF PNI TNLCPF DEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNLAPFFTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAP GQTGN IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNKLDSKVSG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGN KPCNGVAGFN CYFPL RSYS FRPTYGVGHQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFNFNGL KGTGVLTESN KKFLPFQQFG RDIADT TDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNVFQT RAGCLIG AE YVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTKSHGSA GSVASQSIIA YTMSLGAENS VAYSNNSIAI PTNFTISVTT EILPVSMT K TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL KRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKYFGGFNFS QILPDPSKP SKRSPIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFKGLTVLP PLLTDEMIAQ YTSALLAGTI TSGWTFGAGP ALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST PSALGKLQDV VNHNAQALNT LVKQLSSKFG A ISSVLNDI FSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SF PQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFVSGNCDVV IGI VNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ YIAS

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: UT28K-RD Fab heavy chain

分子名称: UT28K-RD Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.100398 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFRFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGDTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRFE DTAVYYCAAP YCGGDCSDGF DIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFRFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGDTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRFE DTAVYYCAAP YCGGDCSDGF DIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HTCPPCPAPE GS SGHHHHH HHHHH

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分子 #3: UT28K-RD Fab light chain

分子名称: UT28K-RD Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.728674 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METPAQLLFL LLLWLPDTTG EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSG TDFTLTISRL EPEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列:
METPAQLLFL LLLWLPDTTG EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSG TDFTLTISRL EPEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 34 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 4161 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1146148
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 179684
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8dzh

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7x7o

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8k5h:
Structure of the SARS-CoV-2 BA.1 spike with UT28-RD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る