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万見
- EMDB-36892: Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36892
タイトルStructure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2
    • 複合体: BtKY72 RBD
      • タンパク質・ペプチド: BtKY72
    • 複合体: Bat ACE2
      • タンパク質・ペプチド: ACE2
  • リガンド: ZINC ION
キーワードBtKY72 RBD ACE2 bat / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Rhinolophus landeri (ランダーキクガシラコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Su C / Qi JX / Gao GF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: mBio / 年: 2024
タイトル: Structural characteristics of BtKY72 RBD bound to bat ACE2 reveal multiple key residues affecting ACE2 usage of sarbecoviruses.
著者: Chao Su / Juanhua He / Liang Wang / Yu Hu / Jian Cao / Bin Bai / Jianxun Qi / George Fu Gao / Mengsu Yang / Qihui Wang /
要旨: Two different sarbecoviruses, severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) and SARS-CoV-2, have caused serious challenges to public health. Certain sarbecoviruses utilize angiotensin- ...Two different sarbecoviruses, severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) and SARS-CoV-2, have caused serious challenges to public health. Certain sarbecoviruses utilize angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as their cellular receptor, whereas some do not, speculatively due to the two deletions in their receptor-binding domain (RBD). However, it remains unclear whether sarbecoviruses with one deletion in the RBD can still bind to ACE2. Here, we showed that two phylogenetically related sarbecoviruses with one deletion, BtKY72 and BM48-31, displayed a different ACE2-usage range. The cryo-electron microscopy structure of BtKY72 RBD bound to bat ACE2 identified a key residue important for the interaction between RBD and ACE2. In addition, we demonstrated that the mutations involving four types of core residues enabled the sarbecoviruses with deletion(s) to bind to human ACE2 (hACE2) and broadened the ACE2 usage of SARS-CoV-2. Our findings help predict the potential hACE2-binding ability to emerge sarbecoviruses and develop pan-sarbecovirus therapeutic agents.
IMPORTANCE: Many sarbecoviruses, including severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), possess the ability to bind to receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) through their ...IMPORTANCE: Many sarbecoviruses, including severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), possess the ability to bind to receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) through their receptor-binding domain (RBD). However, certain sarbecoviruses with deletion(s) in the RBD lack this capability. In this study, we investigated two closely related short-deletion sarbecoviruses, BtKY72 and BM48-31, and revealed that BtKY72 exhibited a broader ACE2-binding spectrum compared to BM48-31. Structural analysis of the BtKY72 RBD-bat ACE2 complex identifies a critical residue at position 493 contributing to these differences. Furthermore, we demonstrated that the mutations involving four core residues in the RBD enabled the sarbecoviruses with deletion(s) to bind to human ACE2 and expanded the ACE2 usage spectra of SARS-CoV-2. These findings offer crucial insights for accurately predicting the potential threat of newly emerging sarbecoviruses to human health.
履歴
登録2023年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36892.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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x 360 pix.
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x 360 pix.
= 240.84 Å		0.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 240.84 Å

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最小 - 最大-1.8936305 - 2.5587635
平均 (標準偏差)-0.0004939009 (±0.049469)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 240.84001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36892_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36892_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed...

全体名称: Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2
要素
  • 複合体: Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2
    • 複合体: BtKY72 RBD
      • タンパク質・ペプチド: BtKY72
    • 複合体: Bat ACE2
      • タンパク質・ペプチド: ACE2
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed...

超分子名称: Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)

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超分子 #2: BtKY72 RBD

超分子名称: BtKY72 RBD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rhinolophus landeri (ランダーキクガシラコウモリ)

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超分子 #3: Bat ACE2

超分子名称: Bat ACE2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: BtKY72

分子名称: BtKY72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 25.514703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVSPSTEVVR FPNITNLCPF GQVFNASNFP SVYAWERLRI SDCVADYAVL YNSSSSFSTF KCYGVSPTKL NDLCFSSVYA DYFVVKGDD VRQIAPAQTG VIADYNYKLP DDFTGCVLAW NTNSVDSKSG NNFYYRLFRH GKIKPYERDI SNVLYNSAGG T CSSISQLG ...文字列:
RVSPSTEVVR FPNITNLCPF GQVFNASNFP SVYAWERLRI SDCVADYAVL YNSSSSFSTF KCYGVSPTKL NDLCFSSVYA DYFVVKGDD VRQIAPAQTG VIADYNYKLP DDFTGCVLAW NTNSVDSKSG NNFYYRLFRH GKIKPYERDI SNVLYNSAGG T CSSISQLG CYEPLKSYGF TPTVGVGYQP YRVVVLSFEL LNAPATVCGP KKSTELVKNK CVNFHHHHHH

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分子 #2: ACE2

分子名称: ACE2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus landeri (ランダーキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 69.443156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: STPEDLAKTF LDDFNSAAEN LSYQSSLASW EYNTNISDEN IQKMDEAGAK WSDFYETQSK HAKNFSLEEI HNDTVKLQLQ ILQQSGSPV LSEDKSKRLN SILNAMSTIY STGKVCRPNN PQECLLLEPG LDNIMGTSKD YNERLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL ...文字列:
STPEDLAKTF LDDFNSAAEN LSYQSSLASW EYNTNISDEN IQKMDEAGAK WSDFYETQSK HAKNFSLEEI HNDTVKLQLQ ILQQSGSPV LSEDKSKRLN SILNAMSTIY STGKVCRPNN PQECLLLEPG LDNIMGTSKD YNERLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL KNEMARGYHY EDYGDYWRRD YETEGSPDLE YSRDQLTKDV ERIFAEIKPL YEQLHAYVRA KLMDTYPFHI SP TGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYPLTVPF GQKPNIDVTD AMLNQTWDAK RIFKEAEKFF VSIGLPHMTE GFWNNSMLTD PGD GRKVVC HPTAWDLGKG DFRIKMCTKV TMEDFLTAHH EMGHIQYDMA YASQPYLLRN GANEGFHEAV GEVMSLSVAT PKHL KTMGL LSPDFLEDNE TEINFLFKQA LTIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGEIPKEEW MTKWWEMKRK IVGVVEPVPH DETYC DPAS LFHVANDYSF IRYYTRTIFE FQFHEALCRI AKHDGPLHKC DISNSTDAGK KLHQMLSVGK SQPWTSVLKD FVDSKD MDV GPLLRYFEPL YTWLKEQNRN SFVGWNTDWS PHAD

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6lzg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1397414
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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