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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36834 | |||||||||
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タイトル | csy4+cas1.2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Feng Y / Zhang LX | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Csy-AcrIF4-dsDNA 著者: Feng Y / Zhang LX | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36834.map.gz | 4.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36834-v30.xml emd-36834.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36834_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36834.png | 44 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36834.cif.gz | 3.5 KB | ||
その他 | emd_36834_half_map_1.map.gz emd_36834_half_map_2.map.gz | 98.3 MB 98.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36834 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36834 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36834_validation.pdf.gz | 568.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36834_full_validation.pdf.gz | 567.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36834_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36834_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36834 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36834 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36834_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36834_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Csy-AcrIF4-dsDNA
全体 | 名称: Csy-AcrIF4-dsDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Csy-AcrIF4-dsDNA
超分子 | 名称: Csy-AcrIF4-dsDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-超分子 #2: Cas8f
超分子 | 名称: Cas8f / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-超分子 #3: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-超分子 #4: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8 |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |