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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36830 | |||||||||
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タイトル | ICP1 Csy-dsDNA complex (partial duplex) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang LX / Feng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of csy complex with short DNA 著者: Zhang LX / Feng Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36830.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36830-v30.xml emd-36830.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36830_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36830.png | 58.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36830.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_36830_half_map_1.map.gz emd_36830_half_map_2.map.gz | 36 MB 36 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36830 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36830_validation.pdf.gz | 583 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36830_full_validation.pdf.gz | 582.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36830_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36830_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36830 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k27MC 8k21C 8k26C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36830_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36830_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : csy complex
全体 | 名称: csy complex |
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要素 |
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-超分子 #1: csy complex
超分子 | 名称: csy complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #7, #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
-分子 #1: Csy1
分子 | 名称: Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
分子量 | 理論値: 20.409918 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIKEMIEDFI SKGGLIFTHS GRYTNTNNSC FIFNKNDIGV DTKVDMYTPK SAGIKNEEGE NLWQVLNKAN MFYRIYSGEL GEELQYLLK SCCTAKEDVT TLPQIYFKNG EGYDILVPIG NAHNLISGTE YLWEHKYYNT FTQKLGGSNP QNCTHACNKM R GGFKQFNC TPPQVEDNYN A UniProtKB: Csy1 |
-分子 #2: Csy2
分子 | 名称: Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
分子量 | 理論値: 27.401547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRKFIIVKNV KVDGINAKSS DITVGMPPAT TFCGLGETMS IKTGIVVKAV SYGSVKFEVR GSRFNTSVTK FAWQDRGNGG KANNNSPIQ PKPLADGVFT LCFEVEWEDC AEVLVDKVTN FINTARIAGG TIASFNKPFV KVAKDAEELA SVKNAMMPCY V VVDCGVEV ...文字列: MRKFIIVKNV KVDGINAKSS DITVGMPPAT TFCGLGETMS IKTGIVVKAV SYGSVKFEVR GSRFNTSVTK FAWQDRGNGG KANNNSPIQ PKPLADGVFT LCFEVEWEDC AEVLVDKVTN FINTARIAGG TIASFNKPFV KVAKDAEELA SVKNAMMPCY V VVDCGVEV NIFEDAVNRK LQPMVNGYKK LEKIVDNKHM RDKFTPAYLA TPTYTMIGYK MVSNVDNFDQ ALWQYGENTK VK TIGGIYN D UniProtKB: Csy2 |
-分子 #3: Csy3
分子 | 名称: Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
分子量 | 理論値: 33.399301 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTKLKAPAVL AYSRKINPTN ALMFAVNWSD RDNTTAVMVG TKTVAGTQSV RGNPNDADKG NIQTVNFANL PHNKNTLLVK YNVKFVGDV FKAELGGGEY SNTLQTALEN TDFGTLAYRY VYNIAAGRTL WRNRVGAESI ETVITVNDQT FTFSDLLVNE F DEDVDVAE ...文字列: MTKLKAPAVL AYSRKINPTN ALMFAVNWSD RDNTTAVMVG TKTVAGTQSV RGNPNDADKG NIQTVNFANL PHNKNTLLVK YNVKFVGDV FKAELGGGEY SNTLQTALEN TDFGTLAYRY VYNIAAGRTL WRNRVGAESI ETVITVNDQT FTFSDLLVNE F DEDVDVAE IADMVAGVLS GEGFVTLKVE HYMLLGEGSE VFPSQEFVEN SKLSKQLFDL NGQAAMHDQK IGNAIRTIDT WY EDATTPI AVEPYGSVVR NGVAYRAGNK TDLFTLMDGA VNGKSLTEED QMFVTANLIR GGVFGGGKD UniProtKB: Csy3 |
-分子 #7: Csy4
分子 | 名称: Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
分子量 | 理論値: 18.73668 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYNTISITVV DADDVGVNFV VSKVLSTLHN KGIFNGEVGV TFPRMDKNVG DIITLFSKTG VDRKVLTSTL NTLTDFIHIG KPKEADKVK TYRKVDTKSK GKLIRRCIKR KGVSAETAES LYGNYKGEKC KLPYIVVNSK STGQRFSMFL EECENSEKFN S YGLCIVSC UniProtKB: Csy4 |
-分子 #4: RNA (60-MER)
分子 | 名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
分子量 | 理論値: 19.046227 KDa |
配列 | 文字列: CUUAAAGAGU CAACCCUUUG CUUAUCUUCC CUAUUUAAAU GUUAGCAGCC GCAUAGGCUG |
-分子 #5: DNA (49-MER)
分子 | 名称: DNA (49-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
分子量 | 理論値: 15.193796 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC) (DC) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT) |
-分子 #6: DNA (25-MER)
分子 | 名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) |
分子量 | 理論値: 7.712994 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |