[日本語] English
万見
- EMDB-36823: DDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36823
タイトルDDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC
マップデータFull map of DDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC
試料
  • 複合体: DDM-bound outer membrane complex of OmpC-MlaA with periplasmic MlaC
    • 複合体: Outer membrane porin C
    • 複合体: Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA
キーワードbacteria / outer membrane / phospholipid / lipid asymmetry / membrane protein / protein complex structure / channel / LIPID TRANSPORT
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yeow J / Luo M / Chng SS
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentMOH-000145 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular mechanism of phospholipid transport at the bacterial outer membrane interface
著者: Yeow J / Luo M / Chng SS
履歴
登録2023年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36823.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36823.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of DDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.19630608 - 0.3744454
平均 (標準偏差)0.0018860555 (±0.0138738295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map B of DDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC

ファイルemd_36823_half_map_1.map
注釈Half map B of DDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A of DDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC

ファイルemd_36823_half_map_2.map
注釈Half map A of DDM-bound complex of OmpC3-MlaA-MlaC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : DDM-bound outer membrane complex of OmpC-MlaA with periplasmic MlaC

全体名称: DDM-bound outer membrane complex of OmpC-MlaA with periplasmic MlaC
要素
  • 複合体: DDM-bound outer membrane complex of OmpC-MlaA with periplasmic MlaC
    • 複合体: Outer membrane porin C
    • 複合体: Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA

-
超分子 #1: DDM-bound outer membrane complex of OmpC-MlaA with periplasmic MlaC

超分子名称: DDM-bound outer membrane complex of OmpC-MlaA with periplasmic MlaC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: DDM-bound outer membrane complex of OmpC with disulfide-trapped MlaA and MlaC
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 28 KDa

-
超分子 #2: Outer membrane porin C

超分子名称: Outer membrane porin C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: OmpC
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12

-
超分子 #3: Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA

超分子名称: Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: MlaA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度12 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Tridiem 4K / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細: Gatan GIF post-column energy filter operated in zero-loss mode
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5816 / 平均露光時間: 5.99 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 50 frames per image
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 402090
詳細: We performed automated particle picking using Blob and Template Picker for initial template picking and final sampling respectively.
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 37 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0) / 使用した粒子像数: 27443
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る