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- EMDB-36815: Recognition determinants of broad and potent HIV-1 neutralization... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36815
タイトルRecognition determinants of broad and potent HIV-1 neutralization by an affinity matured antibody from a pediatric elite-neutralizer
マップデータ44m Fab complex with HIV BG505.SOSIP envelope trimer
試料
  • 複合体: BG505 SOSIP trimer in complex with 44m bnAb
    • 複合体: BG505 SOSIP trimer
      • 複合体: AIIMS 44m
キーワードA monoclonal antibody / HIV Trimer / Cryo-EM single particle / Structural analysis / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex
生物種HIV-1 06TG.HT032 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Kumar S / Singh S / Chatterjee A / Bajpai P / Sharma S / Katpara S / Lodha R / Dutta S / Luthra K
資金援助 インド, 6件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR2450/MED/29/1222/2017 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR30120/MED/29/1339/2018 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/INF/22/SP22/844/2107 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SR/FST/LSII-039/2015 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SERB-EMR/2016/000608, SERB-IPA/2020/000094 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/E/18/1/504307 インド
引用
ジャーナル: iScience / 年: 2023
タイトル: Recognition determinants of improved HIV-1 neutralization by a heavy chain matured pediatric antibody.
著者: Sanjeev Kumar / Swarandeep Singh / Arnab Chatterjee / Prashant Bajpai / Shaifali Sharma / Sanket Katpara / Rakesh Lodha / Somnath Dutta / Kalpana Luthra /
要旨: The structural and characteristic features of HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) from chronically infected pediatric donors are currently unknown. Herein, we characterized a heavy chain ...The structural and characteristic features of HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) from chronically infected pediatric donors are currently unknown. Herein, we characterized a heavy chain matured HIV-1 bnAb 44m, identified from a pediatric elite-neutralizer. Interestingly, in comparison to its wild-type AIIMS-P01 bnAb, 44m exhibited moderately higher level of somatic hypermutations of 15.2%. The 44m neutralized 79% of HIV-1 heterologous viruses (n = 58) tested, with a geometric mean IC titer of 0.36 μg/mL. The cryo-EM structure of 44m Fab in complex with fully cleaved glycosylated native-like BG505.SOSIP.664.T332N gp140 envelope trimer at 4.4 Å resolution revealed that 44m targets the V3-glycan N332-supersite and GDIR motif to neutralize HIV-1 with improved potency and breadth, plausibly attributed by a matured heavy chain as compared to that of wild-type AIIMS-P01. This study further improves our understanding on pediatric HIV-1 bnAbs and structural basis of broad HIV-1 neutralization by 44m may be useful blueprint for vaccine design in future.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Recognition determinants of broad and potent HIV-1 neutralization by an affinity matured antibody from a pediatric elite-neutralizer
著者: Kumar S / Singh S / Chatterjee A / Bajpai P / Sharma S / Katpara S / Lodha R / Dutta S / Luthra K
履歴
登録2023年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36815.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈44m Fab complex with HIV BG505.SOSIP envelope trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 280 pix.
= 327.6 Å		1.17 Å/pix.
x 280 pix.
= 327.6 Å		1.17 Å/pix.
x 280 pix.
= 327.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0092
最小 - 最大-0.04160788 - 0.0756906
平均 (標準偏差)-0.000011486186 (±0.002607925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 327.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_36815_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_36815_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 SOSIP trimer in complex with 44m bnAb

全体名称: BG505 SOSIP trimer in complex with 44m bnAb
要素
  • 複合体: BG505 SOSIP trimer in complex with 44m bnAb
    • 複合体: BG505 SOSIP trimer
      • 複合体: AIIMS 44m

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超分子 #1: BG505 SOSIP trimer in complex with 44m bnAb

超分子名称: BG505 SOSIP trimer in complex with 44m bnAb / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1

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超分子 #2: BG505 SOSIP trimer

超分子名称: BG505 SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: HIV-1 trimer
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT032 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: AIIMS 44m

超分子名称: AIIMS 44m / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 詳細: monoclonal antibody
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 219374
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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