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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36798 | |||||||||
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タイトル | mycobacterial efflux pump, ADP+vanadate bound state | |||||||||
マップデータ | EM map of mycobacterial efflux pump, ADP vanadate bound state | |||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / efflux pump / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Y / Wu F / Zhang L / Rao Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: mycobacterial efflux pump, ADP+vanadate bound state 著者: Wang Y / Wu F / Zhang L / Rao Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36798.map.gz | 203.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36798-v30.xml emd-36798.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36798.png | 31.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36798.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36798_half_map_1.map.gz emd_36798_half_map_2.map.gz | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36798 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36798_validation.pdf.gz | 769.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36798_full_validation.pdf.gz | 769.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36798_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36798_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36798 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k1pMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map of mycobacterial efflux pump, ADP vanadate bound state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B of mycobacterial efflux pump, ADP vanadate bound state
ファイル | emd_36798_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B of mycobacterial efflux pump, ADP vanadate bound state | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A of mycobacterial efflux pump, ADP vanadate bound state
ファイル | emd_36798_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A of mycobacterial efflux pump, ADP vanadate bound state | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ternary complex of an ABC transporter Rv1217c-1218c
全体 | 名称: ternary complex of an ABC transporter Rv1217c-1218c |
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要素 |
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-超分子 #1: ternary complex of an ABC transporter Rv1217c-1218c
超分子 | 名称: ternary complex of an ABC transporter Rv1217c-1218c / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: Multidrug efflux system permease protein Rv1217c
分子 | 名称: Multidrug efflux system permease protein Rv1217c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: transmembrane domain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
分子量 | 理論値: 56.698039 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSSTVIDRAR PAGHRAPHRG SGFTGTLGLL RLYLRRDRVS LPLWVLLLSV PLATVYIASV ETVYPDRSAR AAAAAAIMAS PAQRALYGP VYNDSLGAVG IWKAGMFHTL IAVAVILTVI RHTRADEESG RAELIDSTVV GRYANLTGAL LLSFGASIAT G AIGALGLL ...文字列: MSSTVIDRAR PAGHRAPHRG SGFTGTLGLL RLYLRRDRVS LPLWVLLLSV PLATVYIASV ETVYPDRSAR AAAAAAIMAS PAQRALYGP VYNDSLGAVG IWKAGMFHTL IAVAVILTVI RHTRADEESG RAELIDSTVV GRYANLTGAL LLSFGASIAT G AIGALGLL ATDVAPAGSV AFGVALAASG MVFTAVAAVA AQLSPSARFT RAVAFAVLGT AFALRAIGDA GSGTLSWCSP LG WSLQVRP YAGERWWVLL LSLATAAVLT VLAYRLRAGR DVGAGLIAER PGAGTAGPML SEPFGLAWRL NRGSLLLWTV GLC LYGLVM GSVVHGIGDQ LGDNTAVRDI VTRMGGTGAL EQAFLALAFT MIGMVAAAFA VSLTLRLHQE ETGLRAETLL AGAV SRTHW LASHLAMALA GSAVATLISG VAAGLAYGMT VGDVGGKLPT VVGTAAVQLP AVWLLSAVTV GLFGLAPRFT PVAWG VLVG FIALYLLGSL AGFPQMLLNL EPFAHIPRVG GGDFTAVPLL WLLAIDAALI TLGAMAFRRR DVRC UniProtKB: Multidrug efflux system permease protein Rv1217c |
-分子 #2: Multidrug efflux system ATP-binding protein Rv1218c
分子 | 名称: Multidrug efflux system ATP-binding protein Rv1218c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: nucleotide binding domain / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
分子量 | 理論値: 33.491082 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSADNHQVPI EIRGLTKHFG SVRALDGLDL TVREGEVHGF LGPNGAGKST TLRILLGLVK ADGGSVRLLG GDPWTDAVDL HRHIAYVPG DVTLWPSLTG GETIDLLARM RGGIDNARRA ELIERFGLDP TKKARTYSKG NRQKVSLISA LSSHATLLLL D EPSSGLDP ...文字列: MSADNHQVPI EIRGLTKHFG SVRALDGLDL TVREGEVHGF LGPNGAGKST TLRILLGLVK ADGGSVRLLG GDPWTDAVDL HRHIAYVPG DVTLWPSLTG GETIDLLARM RGGIDNARRA ELIERFGLDP TKKARTYSKG NRQKVSLISA LSSHATLLLL D EPSSGLDP LMENVFQQCI GEARQRGVTV LLSSHILAET EALCEKVTII RAGKTVESGS LDALRHLSRT SIKAEMIGDP GD LSQIKGV EDISIEGTTV RAQVDSESLR ELIQVLGHAG VRSLVSQPPT LEELFLRHYS LGPEVAAEQQ VATP UniProtKB: Multidrug efflux system ATP-binding protein Rv1218c |
-分子 #3: CARDIOLIPIN
分子 | 名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CDL |
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分子量 | 理論値: 1.464043 KDa |
Chemical component information | ChemComp-CDL: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #6: VANADATE ION
分子 | 名称: VANADATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: VO4 |
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分子量 | 理論値: 114.939 Da |
Chemical component information | ChemComp-VN3: |
-分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 150mM NaCl, 20mM Tris, detergent |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
詳細 | sample mono disperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4314 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |