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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36794 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Na+,K+-ATPase alpha2 from Artemia salina in cation-free E2P form | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | P-type ATPase / sodium pump / membrane protein (膜タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
生物種 | Artemia salina (甲殻類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Abe K / Artigas P | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: A Na pump with reduced stoichiometry is up-regulated by brine shrimp in extreme salinities. 著者: Pablo Artigas / Dylan J Meyer / Victoria C Young / Kerri Spontarelli / Jessica Eastman / Evan Strandquist / Huan Rui / Benoît Roux / Matthew A Birk / Hanayo Nakanishi / Kazuhiro Abe / Craig Gatto / 要旨: Brine shrimp () are the only animals to thrive at sodium concentrations above 4 M. Salt excretion is powered by the Na,K-ATPase (NKA), a heterodimeric (αβ) pump that usually exports 3Na in exchange ...Brine shrimp () are the only animals to thrive at sodium concentrations above 4 M. Salt excretion is powered by the Na,K-ATPase (NKA), a heterodimeric (αβ) pump that usually exports 3Na in exchange for 2 K per hydrolyzed ATP. express several NKA catalytic α-subunit subtypes. High-salinity adaptation increases abundance of α2, an isoform that contains two lysines (Lys308 and Lys758 in transmembrane segments TM4 and TM5, respectively) at positions where canonical NKAs have asparagines ( α1's Asn333 and Asn785). Using de novo transcriptome assembly and qPCR, we found that express two salinity-independent canonical α subunits (α1 and α3), as well as two β variants, in addition to the salinity-controlled α2. These β subunits permitted heterologous expression of the α2 pump and determination of its CryoEM structure in a closed, ion-free conformation, showing Lys758 residing within the ion-binding cavity. We used electrophysiology to characterize the function of α2 pumps and compared it to that of α1 (and its α2-mimicking single- and double-lysine substitutions). The double substitution N333K/N785K confers α2-like characteristics to α1, and mutant cycle analysis reveals energetic coupling between these two residues, illustrating how α2's Lys308 helps to maintain high affinity for external K when Lys758 occupies an ion-binding site. By measuring uptake under voltage clamp of the K-congener Rb, we prove that double-lysine-substituted pumps transport 2Na and 1 K per catalytic cycle. Our results show how the two lysines contribute to generate a pump with reduced stoichiometry allowing to maintain steeper Na gradients in hypersaline environments. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36794.map.gz | 328.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36794-v30.xml emd-36794.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36794_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36794.png | 62.4 KB | ||
マスクデータ | emd_36794_msk_1.map | 347.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36794.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_36794_half_map_1.map.gz emd_36794_half_map_2.map.gz | 322.3 MB 322.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36794 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36794 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.752 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36794_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36794_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36794_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Na+,K+-ATPase alpha2/beta2 from Artemia Salina
全体 | 名称: Na+,K+-ATPase alpha2/beta2 from Artemia Salina |
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要素 |
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-超分子 #1: Na+,K+-ATPase alpha2/beta2 from Artemia Salina
超分子 | 名称: Na+,K+-ATPase alpha2/beta2 from Artemia Salina / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Artemia salina (甲殻類) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: Na+,K+-ATPase alpha2KK
分子 | 名称: Na+,K+-ATPase alpha2KK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Artemia salina (甲殻類) |
分子量 | 理論値: 111.144211 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGKKQGKQLS DLKKELELDQ HKIPLEELCR RLGTNTETGL TSSQAKSHLE KYGPNALTPP RTTPEWIKFC KQLFGGFQML LWIGSILCF IAYTMEKYKN PDVLGDNLYL GLALLFVVIM TGCFAYYQDH NASKIMDSFK NLMPQFAFVI RDGKKIQLKA E EVTVGDLV ...文字列: MGKKQGKQLS DLKKELELDQ HKIPLEELCR RLGTNTETGL TSSQAKSHLE KYGPNALTPP RTTPEWIKFC KQLFGGFQML LWIGSILCF IAYTMEKYKN PDVLGDNLYL GLALLFVVIM TGCFAYYQDH NASKIMDSFK NLMPQFAFVI RDGKKIQLKA E EVTVGDLV EVKFGDRIPA DIRITSCQSM KVDNSSLTGE SEPQSRSTEC TNDNPLETKN LAFFFTNTLE GTGRGIVINV GD DSVMGRI ACLASSLDSG KTPIAREIEH FIHIITAMAV SLAAVFAVIS FLYGYTWLEA AIFMIGIIVA KVPEGLLATV TVC LTLTAK RMAKKNCLVR NLEAVETLGS TSTICSDKTG TLTQNRMTVA HMWFDQKIVT ADTTENQSGN QLYRGSKGFP ELIR VASLC SRAEFKTEHA HLPVLKRDVN GDASEAAILK FAEMSTGSVM NIRSKQKKVS EIPFNSANKY QVSVHEREDK SGYFL VMKG APERILERCS TILIDGTEIP LDNHMKECFN NAYMELGGMG ERVLGFCDFE LPSDQYPRGY VFDADEPNFP ISGLRF VGL MSMIDPPRAA VPDAVSKCRS AGIKVIMVTG DHPITAKAIA RQVGIISEGH ETVDDIAARL NIPVSEVNPR SAQAAVI HG NDLKDMNSDQ LDDILRHYRE IVFARTSPQQ KLIIVEGVQR QGEFVAVTGD GVNDSPALKK ADIGVAMGIA GSDVSKQA A DMILLDDNFA SIVTGVEEGR LIFDNIKKSI AYTLTSKIPE LSPFLMYILF DLPLAIGTVT ILCIDLGTDV VPAISMAYE GPEADPRKPR DPVKEKLVNE RLISMAYGQI GVMQAFGGFF TYFVIMGECG FLPNRLFGLR KWWESKAYND LTDSYGQEWT WDARKQLEY TCHTAFFISI VIVQWTDLII CKTRRLSLFQ QGMKNGTLNF ALVFETCVAA FLSYTPGMDK GLRMYPLKIW W WFPPMPFS LLILVYDECR KFLMRRNPGG FLERETYY |
-分子 #2: Na+,K+-ATPase beta2
分子 | 名称: Na+,K+-ATPase beta2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Artemia salina (甲殻類) |
分子量 | 理論値: 38.496422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGDYKDDDDK SSGENLYFQG MADKKPEEFF VGSGPKPTKW QSVKTFIWNS ETSEFMGRTG VNWAKITIFY VIFYTLLAGF FAGMLMIFY QTLDFKIPKW QNKDSLIGTN PGLGFRPMPP EAQVDSTLIQ FKHGIKGDWQ YWVHSLTEFL EPYETLTSSG Q EFTNCDFD ...文字列: MGDYKDDDDK SSGENLYFQG MADKKPEEFF VGSGPKPTKW QSVKTFIWNS ETSEFMGRTG VNWAKITIFY VIFYTLLAGF FAGMLMIFY QTLDFKIPKW QNKDSLIGTN PGLGFRPMPP EAQVDSTLIQ FKHGIKGDWQ YWVHSLTEFL EPYETLTSSG Q EFTNCDFD KPPQEGKACN FNVELLGDHC TKENNFGYEL GKPCVLIKLN KIFGWRPEVY NSSAEVPEDM PADLKSYIKD IE TGNKTHM NMVWLSCEGE TANDKEKIGT ITYTPFRGFP AYYYPYLNVP GYLTPVVALQ FGSLQNGQAV NVECKAWANN ISR DRQRRL GSVHFEIRMD |
-分子 #3: TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子 | 名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ALF |
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分子量 | 理論値: 102.975 Da |
Chemical component information | ChemComp-ALF: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |