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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | SID1 transmembrane family member 1 | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | RNA transmembrane transporter activity / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane / SID1 transmembrane family member 1![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
![]() | Guo H / Qi C / Lu Y / Yang H / Zhu Y / Sun F / Ji X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of human SID-1 transmembrane family proteins and implications for their low-pH-dependent RNA transport activity. 著者: Le Zheng / Tingting Yang / Hangtian Guo / Chen Qi / Yuchi Lu / Haonan Xiao / Yan Gao / Yue Liu / Yixuan Yang / Mengru Zhou / Henry C Nguyen / Yun Zhu / Fei Sun / Chen-Yu Zhang / Xiaoyun Ji / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 15.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 32.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 15.5 MB 15.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 818 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 817.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36791_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36791_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD f...
全体 | 名称: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD focused refinement |
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要素 |
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-超分子 #1: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD f...
超分子 | 名称: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD focused refinement タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: SID1 transmembrane family member 1
分子 | 名称: SID1 transmembrane family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.089018 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DFDHVYSGVV NLSTENIYSF NYTSQPDQVT AVRVYVNSSS ENLNYPVLVV VRQQKEVLSW QVPLLFQGLY QRSYNYQEVS RTLCPSEAT NETGPLQQLI FVDVASMAPL GAQYKLLVTK LKHFQLRTNV AFHFTASPSQ PQYFLYKFPK DVDSVIIKVV S EMAYPCSV ...文字列: DFDHVYSGVV NLSTENIYSF NYTSQPDQVT AVRVYVNSSS ENLNYPVLVV VRQQKEVLSW QVPLLFQGLY QRSYNYQEVS RTLCPSEAT NETGPLQQLI FVDVASMAPL GAQYKLLVTK LKHFQLRTNV AFHFTASPSQ PQYFLYKFPK DVDSVIIKVV S EMAYPCSV VSVQNIMCPV YDLDHNVEFN GVYQSMTKKA AITLQKKDFP GEQFFVVFVI KPEDYACGGS FFIQEKENQT WN LQRKKNL EVTIVPS UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94868 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |