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- EMDB-36788: Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36788
タイトルNeutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD
マップデータ
試料
  • 複合体: Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: ZCP4C9 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ZCP4C9 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Tang B / Dang S
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: EBioMedicine / 年: 2024
タイトル: Ultrapotent class I neutralizing antibodies post Omicron breakthrough infection overcome broad SARS-CoV-2 escape variants.
著者: Mengxiao Luo / Runhong Zhou / Bingjie Tang / Hang Liu / Bohao Chen / Na Liu / Yufei Mo / Pengfei Zhang / Ye Lim Lee / Jonathan Daniel Ip / Allen Wing-Ho Chu / Wan-Mui Chan / Hiu-On Man / ...著者: Mengxiao Luo / Runhong Zhou / Bingjie Tang / Hang Liu / Bohao Chen / Na Liu / Yufei Mo / Pengfei Zhang / Ye Lim Lee / Jonathan Daniel Ip / Allen Wing-Ho Chu / Wan-Mui Chan / Hiu-On Man / Yuting Chen / Kelvin Kai-Wang To / Kwok-Yung Yuen / Shangyu Dang / Zhiwei Chen /
要旨: BACKGROUND: The spread of emerging SARS-CoV-2 immune escape sublineages, especially JN.1 and KP.2, has resulted in new waves of COVID-19 globally. The evolving memory B cell responses elicited by the ...BACKGROUND: The spread of emerging SARS-CoV-2 immune escape sublineages, especially JN.1 and KP.2, has resulted in new waves of COVID-19 globally. The evolving memory B cell responses elicited by the parental Omicron variants to subvariants with substantial antigenic drift remain incompletely investigated.
手法: Using the single B cell antibody cloning technology, we isolated single memory B cells, delineated the B cell receptor repertoire and conducted the pseudovirus-based assay for recovered ...手法: Using the single B cell antibody cloning technology, we isolated single memory B cells, delineated the B cell receptor repertoire and conducted the pseudovirus-based assay for recovered neutralizing antibodies (NAb) screening. We analyzed the cryo-EM structures of top broadly NAbs (bnAbs) and evaluated their in vivo efficacy (golden Syrian hamster model).
FINDINGS: By investigating the evolution of human B cell immunity, we discovered a new panel of bnAbs arising from vaccinees after Omicron BA.2/BA.5 breakthrough infections. Two lead bnAbs ...FINDINGS: By investigating the evolution of human B cell immunity, we discovered a new panel of bnAbs arising from vaccinees after Omicron BA.2/BA.5 breakthrough infections. Two lead bnAbs neutralized major Omicron subvariants including JN.1 and KP.2 with IC values less than 10 ng/mL, representing ultrapotent receptor binding domain (RBD)-specific class I bnAbs. They belonged to the IGHV3-53/3-66 clonotypes instead of evolving from the pre-existing vaccine-induced IGHV1-58/IGKV3-20 bnAb ZCB11. Despite sequence diversity, they targeted previously unrecognized, highly conserved conformational epitopes in the receptor binding motif (RBM) for ultrapotent ACE2 blockade. The lead bnAb ZCP3B4 not only protected the lungs of hamsters intranasally challenged with BA.5.2, BQ.1.1 and XBB.1.5 but also prevented their contact transmission.
INTERPRETATION: Our findings demonstrated that class I bnAbs have evolved an ultrapotent mode of action protecting against highly transmissible and broad Omicron escape variants, and their epitopes ...INTERPRETATION: Our findings demonstrated that class I bnAbs have evolved an ultrapotent mode of action protecting against highly transmissible and broad Omicron escape variants, and their epitopes are potential targets for novel bnAbs and vaccine development.
FUNDING: A full list of funding bodies that contributed to this study can be found in the Acknowledgements section.
履歴
登録2023年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.15601073 - 0.5252195
平均 (標準偏差)0.0011526624 (±0.018824978)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_36788_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36788_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36788_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD

全体名称: Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD
要素
  • 複合体: Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: ZCP4C9 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ZCP4C9 light chain

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超分子 #1: Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD

超分子名称: Neutralization antibody ZCP4C9 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.833643 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLCPFDEVFN ATKFPSVYAW ERKKISNCVA DYSVLYNFTP FFAFKCYGVS ATKLNDLCFS NVYADSFVVK GDDVSQIAPG QTGNIADYN YKLPDDFMGC VLAWNTRKID ATSTGNYNYR YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG VAGVNCYFPL Q SYSFRPTY ...文字列:
NLCPFDEVFN ATKFPSVYAW ERKKISNCVA DYSVLYNFTP FFAFKCYGVS ATKLNDLCFS NVYADSFVVK GDDVSQIAPG QTGNIADYN YKLPDDFMGC VLAWNTRKID ATSTGNYNYR YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG VAGVNCYFPL Q SYSFRPTY GVGHQPYRVV VLSFELLHAP ATVCG

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: ZCP4C9 heavy chain

分子名称: ZCP4C9 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.220729 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGN LVQPGGSLRL SCEVSGFIVS RNYMSWVRQA PGQGLEWLSI IYPGGSTFYA ESVKDRFTIS RPDSKNTLYL QMNSLRAED TGTYFCARGL LEWRYGQDVW GQGTTVTVSS

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分子 #3: ZCP4C9 light chain

分子名称: ZCP4C9 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.521709 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDVN EDLNWYQQKP GKAPKLLIYG AFNLETGVSS KFSGSGSGTH FTLTISSLQP EDIATYYCQ QYGHQALSFG GGTKVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200759
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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