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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36759 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TMEM63C | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mechanosensitive ion channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / glomerular filtration / calcium-activated cation channel activity / monoatomic cation transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Qin Y / Yu D / Dong J / Dang S | |||||||||
資金援助 | 香港, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of TMEM63C suggests it functions as a monomer. 著者: Yuqi Qin / Daqi Yu / Dan Wu / Jiangqing Dong / William Thomas Li / Chang Ye / Kai Chit Cheung / Yingyi Zhang / Yun Xu / YongQiang Wang / Yun Stone Shi / Shangyu Dang / 要旨: The TMEM63 family proteins (A, B, and C), calcium-permeable channels in animals that are preferentially activated by hypo-osmolality, have been implicated in various physiological functions. ...The TMEM63 family proteins (A, B, and C), calcium-permeable channels in animals that are preferentially activated by hypo-osmolality, have been implicated in various physiological functions. Deficiency of these channels would cause many diseases including hearing loss. However, their structures and physiological roles are not yet well understood. In this study, we determine the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the mouse TMEM63C at 3.56 Å, and revealed structural differences compared to TMEM63A, TMEM63B, and the plant orthologues OSCAs. Further structural guided mutagenesis and calcium imaging demonstrated the important roles of the coupling of TM0 and TM6 in channel activity. Additionally, we confirm that TMEM63C exists primarily as a monomer under physiological conditions, in contrast, TMEM63B is a mix of monomer and dimer in cells, suggesting that oligomerization is a regulatory mechanism for TMEM63 proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36759.map.gz | 57.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36759-v30.xml emd-36759.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36759.png | 114.6 KB | ||
マスクデータ | emd_36759_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36759.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_36759_half_map_1.map.gz emd_36759_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36759 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36759 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36759_validation.pdf.gz | 789.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36759_full_validation.pdf.gz | 788.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36759_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36759_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36759 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36759 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k0bMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36759_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36759_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36759_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TMEM63C
全体 | 名称: TMEM63C |
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要素 |
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-超分子 #1: TMEM63C
超分子 | 名称: TMEM63C / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Calcium permeable stress-gated cation channel 1
分子 | 名称: Calcium permeable stress-gated cation channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 93.111828 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSAFPDSMDQ KFHNMTVNEC FQSRSTVLQG QPFGGIPTVL VLNIILWVFV VLLYSFLRKA AWDYGRLALL IHNDSLTSLI YGEQSEKSS PSEVSLEAER RDRGFSSWFF NSLTMRDRDL INKCGDDARI YITFQYHLII FVLILCIPSL GIILPVNYIG T VLDWNSHF ...文字列: MSAFPDSMDQ KFHNMTVNEC FQSRSTVLQG QPFGGIPTVL VLNIILWVFV VLLYSFLRKA AWDYGRLALL IHNDSLTSLI YGEQSEKSS PSEVSLEAER RDRGFSSWFF NSLTMRDRDL INKCGDDARI YITFQYHLII FVLILCIPSL GIILPVNYIG T VLDWNSHF GRTTIVNVST ESKFLWLHSL FAFLYFLINL AFMGHHCLGF VPKKSLHFTR TLMITYVPTE IQDPEIISKH FH EAYPGCV VTRVHFCYDV RNLIDLDDQR RHAMRGRLYY TAKAKKTGKV MIKTHPCSRL CFCKCWTCFK EVDAEQYYSE LEE QLTDEF NAELNRVQLK RLDLIFVTFQ DARTVRRIYD DYKYIHCGRH PKQSSVTTIV KNYHWRVAHA PHPKDIIWKH LSIR RFSWW TRFIAINTFL FFLFFFLTTP AIIINTIDIY NVTRPIEKLQ SPIVTQFFPS VLLWAFTVTM PLLVYLSAFL EAHWT RSSQ NLIIVHKCYI FLVFMVVILP SMGLTSLHVF LRWLFDIYYL EHATIRFQCV FLPDNGAFFI NYVITAALLG TGMELM RLG SLCTYCTRLF LSKSEPERVH IRKNQATDFQ FGREYAWMLN VFSVVMAYSI TCPIIVPFGL LYLCMKHITD RYNMYYS YA PTKLNAQIHM AAVYQAIFAP LLGLFWMLFF SILRVGSLHS ITLFSMSSLI ISVVIAFSGV FLGKLRIAQR YEQPEEET E TVFDVEPSST TSTPTSLLYV ATVLQEPELN LTPASSPARH TYGTINSQPE EGEEESGLRG FARELDSAQF QEGLEMEGQ SH UniProtKB: Calcium permeable stress-gated cation channel 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 11058 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |