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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36741 | |||||||||
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タイトル | Langya Henipavirus attachment protein | |||||||||
マップデータ | The LayV-G protein map file. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Langya Henipavirus attachment protein / G protein / homotetramer / Viral surface glycoprotein. / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Henipavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan RH / Guo YY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A special homotetrameric architecture of langya virus glycoprotein 著者: Yan RH / Guo YY | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36741.map.gz | 108.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36741-v30.xml emd-36741.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36741.png | 94.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36741.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_36741_additional_1.map.gz emd_36741_half_map_1.map.gz emd_36741_half_map_2.map.gz | 185.3 MB 200.6 MB 200.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36741 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36741 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36741_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36741_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36741_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36741_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36741 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36741 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | The LayV-G protein map file. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.095 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: focused transmembrane map
ファイル | emd_36741_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | focused transmembrane map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36741_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36741_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homotetramer of Langya virus attachment protein G
全体 | 名称: Homotetramer of Langya virus attachment protein G |
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要素 |
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-超分子 #1: Homotetramer of Langya virus attachment protein G
超分子 | 名称: Homotetramer of Langya virus attachment protein G / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 270 kDa/nm |
-分子 #1: langya virus attachment protein G
分子 | 名称: langya virus attachment protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 69.064383 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MATNKRDVIK TTESTREDKV KKFYGVETAE KVADSISSNK VFILMNTLLI LTGAIITITL NVTNLTTIKN QQAMLKIIQD EVNSKLEMF VSLDQLVKGE IKPKVSLINT AVSVSIPGQI SNLQTKFLQK YVYLEESITK QCTCNPLSGI FPTTKPPPPP T DKPDDDTT ...文字列: MATNKRDVIK TTESTREDKV KKFYGVETAE KVADSISSNK VFILMNTLLI LTGAIITITL NVTNLTTIKN QQAMLKIIQD EVNSKLEMF VSLDQLVKGE IKPKVSLINT AVSVSIPGQI SNLQTKFLQK YVYLEESITK QCTCNPLSGI FPTTKPPPPP T DKPDDDTT DDDKVDTTIK PVEYYKPDGC NKTNDHFTMQ PGVNFYTVPN LGPSSSSADE CYTNPSFSIG SSIYMFSQEI RK TDCTTGE ILSIQIVLGR IVDKGQQGPQ ASPLLVWSVP NPKIINSCAV AAGDETGWVL CSVTLTAASG EPIPHMFDGF WLY KFEPDT EVVAYRITGF AYLLDKVYDS VFIGKGGGIQ RGNDLYFQMF GLSRNRQSIK ALCEHGSCLG TGGGGYQVLC DRAV MSFGS EESLISNAYL KVNDVASGKP TIISQTFPPS DSYKGSNGRI YTIGERYGIY LAPSSWNRYL RFGLTPDISV RSTTW LKEK DPIMKVLTTC TNTDKDMCPE ICNTRGYQDI FPLSEDSSFY TYIGITPSNE GTKSFVAVKD DAGHVASITI LPNYYS ITS ATISCFMYKE EIWCIAVTEG RKQKENPQRI YAHSYRVQKM CFNIKPASVV TSLPSNVTIR S |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8000 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |