+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36707 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of BlCHR2 class one | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | channelrhodopsin / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Bilabrum (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang MF | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of BlCHR2 class one 著者: Zhang MF | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36707.map.gz | 943.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36707-v30.xml emd-36707.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36707.png | 39.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36707.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_36707_half_map_1.map.gz emd_36707_half_map_2.map.gz | 929.1 MB 929.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36707 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36707 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36707_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_36707_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36707_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36707_validation.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36707 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36707 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36707.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36707_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36707_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BlCHR2
全体 | 名称: BlCHR2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: BlCHR2
超分子 | 名称: BlCHR2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bilabrum (真核生物) |
-分子 #1: BlCHR2
分子 | 名称: BlCHR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GB:OP710242 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bilabrum (真核生物) |
分子量 | 理論値: 43.984391 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSECCELCVC QKEPGTFGAL IAVNTITAII LVAAGAYMAW KTAAGLGWNT RPHGPEGPPE ENWLSPGISI LCGVMYAFKA IDWASYNDT GESTAFSLNQ VWYSDYLITC PLLVLDFCIT VNLRYKLVFS SSIACLLAIA VSTFIVDAPY RYYMYGIGLA G FICAGYAL ...文字列: MSECCELCVC QKEPGTFGAL IAVNTITAII LVAAGAYMAW KTAAGLGWNT RPHGPEGPPE ENWLSPGISI LCGVMYAFKA IDWASYNDT GESTAFSLNQ VWYSDYLITC PLLVLDFCIT VNLRYKLVFS SSIACLLAIA VSTFIVDAPY RYYMYGIGLA G FICAGYAL WNEINAQREK IPDSAWWYLS AGRLIFFAGW PFFPLLWTLS FHTSGVINEE WYFILHAILD ILCKAVFGFF ML GFRLELE ELDFKAIEAE QAKLEGDKEA QALKNDKDTG EVLRHYNRAS SGFFGQGIPD DQGSVSGGSV LMSRARRQHM LYR REASYL SMDPMAEKIR ELEMLKKKIQ KEVDSRSKKM QREMTARFAI QDDSDDEDGG RGAGSARRRK NARRG |
-分子 #2: RETINAL
分子 | 名称: RETINAL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: RET |
---|---|
分子量 | 理論値: 284.436 Da |
Chemical component information | ChemComp-RET: |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: K |
---|---|
分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47000 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |