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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36662 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SID-1 transmembrane family member 1 / CREST family / phospholipase D / RNA uptake / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | RNA transmembrane transporter activity / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane / SID1 transmembrane family member 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun CR / Xu D / Li Q / Zhou CZ / Chen Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Human SIDT1 mediates dsRNA uptake via its phospholipase activity. 著者: Cai-Rong Sun / Da Xu / Fengrui Yang / Zhuanghao Hou / Yuyao Luo / Chen-Yu Zhang / Ge Shan / Guangming Huang / Xuebiao Yao / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36662.map.gz | 49.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36662-v30.xml emd-36662.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36662.png | 123.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36662.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_36662_half_map_1.map.gz emd_36662_half_map_2.map.gz | 48.9 MB 48.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36662 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36662 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36662_validation.pdf.gz | 841.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36662_full_validation.pdf.gz | 840.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36662_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36662_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36662 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36662 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8junMC 8julC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36662_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36662_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant
全体 | 名称: Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: SID1 transmembrane family member 1
分子 | 名称: SID1 transmembrane family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 93.922266 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH ...文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH FQLRTNVAFH FTASPSQPQY FLYKFPKDVD SVIIKVVSEM AYPCSVVSVQ NIMCPVYDLD HNVEFNGVYQ SM TKKAAIT LQKKDFPGEQ FFVVFVIKPE DYACGGSFFI QEKENQTWNL QRKKNLEVTI VPSIKESVYV KSSLFSVFIF LSF YLGCLL VGFVHYLRFQ RKSIDGSFGS NDGSGNMVAS HPIAASTPEG SNYGTIDESS SSPGRQMSSS DGGPPGQSDT DSSV EESDF DTMPDIESDK NIIRTKMFLY LSDLSRKDRR IVSKKYKIYF WNIITIAVFY ALPVIQLVIT YQTVVNVTGN QDICY YNFL CAHPLGVLSA FNNILSNLGH VLLGFLFLLI VLRRDILHRR ALEAKDIFAV EYGIPKHFGL FYAMGIALMM QGVLSA CYH VCPNYSNFQF DTSFMYMIAG LCMLKLYQTR HPDINASAYS AYASFAVVIM VTVLGVVFGK NDVWFWVIFS AIHVLAS LA LSTQIYYMGR FKIDLGIFRR AAMVFYTDCI QQCSRPLYMD RMVLLVVGNL VNWSFALFGL IYRPRDFASY MLGIFICN L LLYLAFYIIM KLRSSEKVLP VPLFCIVATA VMWAAALYFF FQNLSSWEGT PAESREKNRE CILLDFFDDH DIWHFLSAT ALFFSFLVLL TLDDDLDVVR RDQIPVF UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1 |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1098736 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |