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- EMDB-3652: Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3652
タイトルStructure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump
マップデータThe MacA-TolC section of the MacAB-TolC tripartite multidrug efflux pump. MacA has no membrane proximal domain.
試料
  • 複合体: MacAB-TolC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
    • タンパク質・ペプチド: Macrolide export protein MacA
    • タンパク質・ペプチド: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
キーワードABC transporter / drug efflux pump / multi-drug resistance / macrolide transporter / toxin transporter / transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


polymyxin transport / polymyxin transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...polymyxin transport / polymyxin transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type xenobiotic transporter activity / extrinsic component of membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / monoatomic ion channel activity / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrolide export protein MacA / Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion ...Macrolide export protein MacA / Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC / Macrolide export protein MacA / Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Fitzpatrick AWP / Llabres S
資金援助 英国, 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome TrustRG61065 英国
Human Frontier Science ProgramRG68784 日本
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump.
著者: Anthony W P Fitzpatrick / Salomé Llabrés / Arthur Neuberger / James N Blaza / Xiao-Chen Bai / Ui Okada / Satoshi Murakami / Hendrik W van Veen / Ulrich Zachariae / Sjors H W Scheres / Ben F Luisi / Dijun Du /
要旨: The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence ...The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence factors. These transport processes are energized by the ATPase MacB, a member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. We present an electron cryo-microscopy structure of the ABC-type tripartite assembly at near-atomic resolution. A hexamer of the periplasmic protein MacA bridges between a TolC trimer in the outer membrane and a MacB dimer in the inner membrane, generating a quaternary structure with a central channel for substrate translocation. A gating ring found in MacA is proposed to act as a one-way valve in substrate transport. The MacB structure features an atypical transmembrane domain with a closely packed dimer interface and a periplasmic opening that is the likely portal for substrate entry from the periplasm, with subsequent displacement through an allosteric transport mechanism.
履歴
登録2017年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月24日-
マップ公開2017年5月24日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5nik
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3652.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The MacA-TolC section of the MacAB-TolC tripartite multidrug efflux pump. MacA has no membrane proximal domain.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 300 pix.
= 408. Å		1.36 Å/pix.
x 300 pix.
= 408. Å		1.36 Å/pix.
x 300 pix.
= 408. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.135692 - 0.34462053
平均 (標準偏差)0.00028712887 (±0.006186886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.000408.000408.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1360.3450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MacAB-TolC

全体名称: MacAB-TolC
要素
  • 複合体: MacAB-TolC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
    • タンパク質・ペプチド: Macrolide export protein MacA
    • タンパク質・ペプチド: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

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超分子 #1: MacAB-TolC

超分子名称: MacAB-TolC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Outer membrane protein TolC

分子名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 52.506547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ENLMQVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIFDMSK WRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AITDVQNARA Q YDTVLANE ...文字列:
ENLMQVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIFDMSK WRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AITDVQNARA Q YDTVLANE LTARNNLDNA VEQLRQITGN YYPELAALNV ENFKTDKPQP VNALLKEAEK RNLSLLQARL SQDLAREQIR QA QDGHLPT LDLTASTGIS DTSYSGSKTR GAAGTQYDDS NMGQNKVGLS FSLPIYQGGM VNSQVKQAQY NFVGASEQLE SAH RSVVQT VRSSFNNINA SISSINAYKQ AVVSAQSSLD AMEAGYSVGT RTIVDVLDAT TTLYNAKQEL ANARYNYLIN QLNI KSALG TLNEQDLLAL NNALSKPVST NPENVAPQTP EQNAIADGYA PDSPAPVVQQ TSARTTTSNG HNPFRNDYKD DDDK

UniProtKB: Outer membrane protein TolC

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分子 #2: Macrolide export protein MacA

分子名称: Macrolide export protein MacA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 40.715746 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKRKTVKKR YVIALVIVIA GLITLWRILN APVPTYQTLI VRPGDLQQSV LATGKLDALR KVDVGAQVSG QLKTLSVAIG DKVKKDQLL GVIDPEQAEN QIKEVEATLM ELRAQRQQAE AELKLARVTY SRQQRLAQTQ AVSQQDLDNA ATEMAVKQAQ I GTIDAQIK ...文字列:
MKKRKTVKKR YVIALVIVIA GLITLWRILN APVPTYQTLI VRPGDLQQSV LATGKLDALR KVDVGAQVSG QLKTLSVAIG DKVKKDQLL GVIDPEQAEN QIKEVEATLM ELRAQRQQAE AELKLARVTY SRQQRLAQTQ AVSQQDLDNA ATEMAVKQAQ I GTIDAQIK RNQASLDTAK TNLDYTRIVA PMAGEVTQIT TLQGQTVIAA QQAPNILTLA DMSAMLVKAQ VSEADVIHLK PG QKAWFTV LGDQLTRYEG QIKDVLPTPE KVNDAIFYYA RFEVPNPNGL LRLDMTAQVH IQLTDVKNVL TIPLSALGDP VGD NRYKVK LLRNGETRER EVTIGARNDT DVEIVKGLEA GDEVVIGEAK PGAAQ

UniProtKB: Macrolide export protein MacA

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分子 #3: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

分子名称: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 71.600094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTPLLELKDI RRSYPAGDEQ VEVLKGISLD IYAGEMVAIV GASGSGKSTL MNILGCLDKA TSGTYRVAGQ DVATLDADAL AQLRREHFG FIFQRYHLLS HLTAEQNVEV PAVYAGLERK QRLLRAQELL QRLGLEDRTE YYPAQLSGGQ QQRVSIARAL M NGGQVILA ...文字列:
MTPLLELKDI RRSYPAGDEQ VEVLKGISLD IYAGEMVAIV GASGSGKSTL MNILGCLDKA TSGTYRVAGQ DVATLDADAL AQLRREHFG FIFQRYHLLS HLTAEQNVEV PAVYAGLERK QRLLRAQELL QRLGLEDRTE YYPAQLSGGQ QQRVSIARAL M NGGQVILA DEPTGALDSH SGEEVMAILH QLRDRGHTVI IVTHDPQVAA QAERVIEIRD GEIVRNPPAI EKVNVTGGTE PV VNTVSGW RQFVSGFNEA LTMAWRALAA NKMRTLLTML GIIIGIASVV SIVVVGDAAK QMVLADIRSI GTNTIDVYPG KDF GDDDPQ YQQALKYDDL IAIQKQPWVA SATPAVSQNL RLRYNNVDVA ASANGVSGDY FNVYGMTFSE GNTFNQEQLN GRAQ VVVLD SNTRRQLFPH KADVVGEVIL VGNMPARVIG VAEEKQSMFG SSKVLRVWLP YSTMSGRVMG QSWLNSITVR VKEGF DSAE AEQQLTRLLS LRHGKKDFFT WNMDGVLKTV EKTTRTLQLF LTLVAVISLV VGGIGVMNIM LVSVTERTRE IGIRMA VGA RASDVLQQFL IEAVLVCLVG GALGITLSLL IAFTLQLFLP GWEIGFSPLA LLLAFLCSTV TGILFGWLPA RNAARLD PV DALAREHHHH HH

UniProtKB: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27614
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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