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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3652 | |||||||||
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タイトル | Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump | |||||||||
マップデータ | The MacA-TolC section of the MacAB-TolC tripartite multidrug efflux pump. MacA has no membrane proximal domain. | |||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / drug efflux pump / multi-drug resistance / macrolide transporter / toxin transporter / transport protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / ABC-type xenobiotic transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / ABC-type xenobiotic transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / extrinsic component of membrane / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Fitzpatrick AWP / Llabres S | |||||||||
資金援助 | 英国, 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017 タイトル: Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump. 著者: Anthony W P Fitzpatrick / Salomé Llabrés / Arthur Neuberger / James N Blaza / Xiao-Chen Bai / Ui Okada / Satoshi Murakami / Hendrik W van Veen / Ulrich Zachariae / Sjors H W Scheres / Ben F Luisi / Dijun Du / 要旨: The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence ...The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence factors. These transport processes are energized by the ATPase MacB, a member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. We present an electron cryo-microscopy structure of the ABC-type tripartite assembly at near-atomic resolution. A hexamer of the periplasmic protein MacA bridges between a TolC trimer in the outer membrane and a MacB dimer in the inner membrane, generating a quaternary structure with a central channel for substrate translocation. A gating ring found in MacA is proposed to act as a one-way valve in substrate transport. The MacB structure features an atypical transmembrane domain with a closely packed dimer interface and a periplasmic opening that is the likely portal for substrate entry from the periplasm, with subsequent displacement through an allosteric transport mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3652.map.gz | 6.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3652-v30.xml emd-3652.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3652.png | 24.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3652.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3652 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3652 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3652_validation.pdf.gz | 203.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3652_full_validation.pdf.gz | 202.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3652_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3652 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3652 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The MacA-TolC section of the MacAB-TolC tripartite multidrug efflux pump. MacA has no membrane proximal domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MacAB-TolC
全体 | 名称: MacAB-TolC |
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要素 |
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-超分子 #1: MacAB-TolC
超分子 | 名称: MacAB-TolC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-分子 #1: Outer membrane protein TolC
分子 | 名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 52.506547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ENLMQVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIFDMSK WRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AITDVQNARA Q YDTVLANE ...文字列: ENLMQVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIFDMSK WRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AITDVQNARA Q YDTVLANE LTARNNLDNA VEQLRQITGN YYPELAALNV ENFKTDKPQP VNALLKEAEK RNLSLLQARL SQDLAREQIR QA QDGHLPT LDLTASTGIS DTSYSGSKTR GAAGTQYDDS NMGQNKVGLS FSLPIYQGGM VNSQVKQAQY NFVGASEQLE SAH RSVVQT VRSSFNNINA SISSINAYKQ AVVSAQSSLD AMEAGYSVGT RTIVDVLDAT TTLYNAKQEL ANARYNYLIN QLNI KSALG TLNEQDLLAL NNALSKPVST NPENVAPQTP EQNAIADGYA PDSPAPVVQQ TSARTTTSNG HNPFRNDYKD DDDK UniProtKB: Outer membrane protein TolC |
-分子 #2: Macrolide export protein MacA
分子 | 名称: Macrolide export protein MacA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 40.715746 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKRKTVKKR YVIALVIVIA GLITLWRILN APVPTYQTLI VRPGDLQQSV LATGKLDALR KVDVGAQVSG QLKTLSVAIG DKVKKDQLL GVIDPEQAEN QIKEVEATLM ELRAQRQQAE AELKLARVTY SRQQRLAQTQ AVSQQDLDNA ATEMAVKQAQ I GTIDAQIK ...文字列: MKKRKTVKKR YVIALVIVIA GLITLWRILN APVPTYQTLI VRPGDLQQSV LATGKLDALR KVDVGAQVSG QLKTLSVAIG DKVKKDQLL GVIDPEQAEN QIKEVEATLM ELRAQRQQAE AELKLARVTY SRQQRLAQTQ AVSQQDLDNA ATEMAVKQAQ I GTIDAQIK RNQASLDTAK TNLDYTRIVA PMAGEVTQIT TLQGQTVIAA QQAPNILTLA DMSAMLVKAQ VSEADVIHLK PG QKAWFTV LGDQLTRYEG QIKDVLPTPE KVNDAIFYYA RFEVPNPNGL LRLDMTAQVH IQLTDVKNVL TIPLSALGDP VGD NRYKVK LLRNGETRER EVTIGARNDT DVEIVKGLEA GDEVVIGEAK PGAAQ UniProtKB: Macrolide export protein MacA |
-分子 #3: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
分子 | 名称: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 71.600094 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTPLLELKDI RRSYPAGDEQ VEVLKGISLD IYAGEMVAIV GASGSGKSTL MNILGCLDKA TSGTYRVAGQ DVATLDADAL AQLRREHFG FIFQRYHLLS HLTAEQNVEV PAVYAGLERK QRLLRAQELL QRLGLEDRTE YYPAQLSGGQ QQRVSIARAL M NGGQVILA ...文字列: MTPLLELKDI RRSYPAGDEQ VEVLKGISLD IYAGEMVAIV GASGSGKSTL MNILGCLDKA TSGTYRVAGQ DVATLDADAL AQLRREHFG FIFQRYHLLS HLTAEQNVEV PAVYAGLERK QRLLRAQELL QRLGLEDRTE YYPAQLSGGQ QQRVSIARAL M NGGQVILA DEPTGALDSH SGEEVMAILH QLRDRGHTVI IVTHDPQVAA QAERVIEIRD GEIVRNPPAI EKVNVTGGTE PV VNTVSGW RQFVSGFNEA LTMAWRALAA NKMRTLLTML GIIIGIASVV SIVVVGDAAK QMVLADIRSI GTNTIDVYPG KDF GDDDPQ YQQALKYDDL IAIQKQPWVA SATPAVSQNL RLRYNNVDVA ASANGVSGDY FNVYGMTFSE GNTFNQEQLN GRAQ VVVLD SNTRRQLFPH KADVVGEVIL VGNMPARVIG VAEEKQSMFG SSKVLRVWLP YSTMSGRVMG QSWLNSITVR VKEGF DSAE AEQQLTRLLS LRHGKKDFFT WNMDGVLKTV EKTTRTLQLF LTLVAVISLV VGGIGVMNIM LVSVTERTRE IGIRMA VGA RASDVLQQFL IEAVLVCLVG GALGITLSLL IAFTLQLFLP GWEIGFSPLA LLLAFLCSTV TGILFGWLPA RNAARLD PV DALAREHHHH HH UniProtKB: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27614 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |