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- EMDB-36488: Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36488
タイトルStructure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map)
マップデータ
試料
  • 複合体: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7
    • 複合体: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1
      • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 1
    • 複合体: CCL7
      • タンパク質・ペプチド: C-C motif chemokine 7
キーワードGPCR / SIGNALING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis ...CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cytoskeleton organization / response to gamma radiation / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 7 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Banerjee R / Khanppnavar B / Maharana J / Saha S / Korkhov VM / Shukla AK
資金援助 インド, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR29041/BRB/10/1697/2018 インド
Wellcome TrustIA/S/20/1/504916 英国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of distinct chemokine engagement and functional divergence of the human Duffy antigen receptor.
著者: Shirsha Saha / Basavraj Khanppnavar / Jagannath Maharana / Heeryung Kim / Carlo Marion C Carino / Carole Daly / Shane Houston / Saloni Sharma / Nashrah Zaidi / Annu Dalal / Sudha Mishra / ...著者: Shirsha Saha / Basavraj Khanppnavar / Jagannath Maharana / Heeryung Kim / Carlo Marion C Carino / Carole Daly / Shane Houston / Saloni Sharma / Nashrah Zaidi / Annu Dalal / Sudha Mishra / Manisankar Ganguly / Divyanshu Tiwari / Poonam Kumari / Gagan Deep Jhingan / Prem N Yadav / Bianca Plouffe / Asuka Inoue / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Volodymyr M Korkhov / Arun K Shukla /
要旨: The Duffy antigen receptor is a seven-transmembrane (7TM) protein expressed primarily at the surface of red blood cells and displays strikingly promiscuous binding to multiple inflammatory and ...The Duffy antigen receptor is a seven-transmembrane (7TM) protein expressed primarily at the surface of red blood cells and displays strikingly promiscuous binding to multiple inflammatory and homeostatic chemokines. It serves as the basis of the Duffy blood group system in humans and also acts as the primary attachment site for malarial parasite Plasmodium vivax and pore-forming toxins secreted by Staphylococcus aureus. Here, we comprehensively profile transducer coupling of this receptor, discover potential non-canonical signaling pathways, and determine the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure in complex with the chemokine CCL7. The structure reveals a distinct binding mode of chemokines, as reflected by relatively superficial binding and a partially formed orthosteric binding pocket. We also observe a dramatic shortening of TM5 and 6 on the intracellular side, which precludes the formation of the docking site for canonical signal transducers, thereby providing a possible explanation for the distinct pharmacological and functional phenotype of this receptor.
履歴
登録2023年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36488.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 288 pix.
= 270.4 Å		0.94 Å/pix.
x 288 pix.
= 270.4 Å		0.94 Å/pix.
x 288 pix.
= 270.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93889 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-0.9602746 - 2.5760438
平均 (標準偏差)0.0063014682 (±0.040837143)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 270.40033 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36488_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36488_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex wit...

全体名称: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7
要素
  • 複合体: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7
    • 複合体: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1
      • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 1
    • 複合体: CCL7
      • タンパク質・ペプチド: C-C motif chemokine 7

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超分子 #1: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex wit...

超分子名称: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1

超分子名称: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: CCL7

超分子名称: CCL7 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Atypical chemokine receptor 1

分子名称: Atypical chemokine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.073523 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EAAAPCHSCN LLDDSALPFF ILTSVLGILA SSTVLFMLFR PLFRWQLCPG WPVLAQLAVG SALFSIVVPV LAPGLGSTRS SALCSLGYC VWYGSAFAQA LLLGCHASLG HRLGAGQVPG LTLGLTVGIW GVAALLTLPV TLASGASGGL CTLIYSTELK A LQATHTVA ...文字列:
EAAAPCHSCN LLDDSALPFF ILTSVLGILA SSTVLFMLFR PLFRWQLCPG WPVLAQLAVG SALFSIVVPV LAPGLGSTRS SALCSLGYC VWYGSAFAQA LLLGCHASLG HRLGAGQVPG LTLGLTVGIW GVAALLTLPV TLASGASGGL CTLIYSTELK A LQATHTVA CLAIFVLLPL GLFGAKGLKK ALGMGPGPWM NILWAWFIFW WPHGVVLGLD FLVRSKLLLL STCLAQQALD LL LNLAEAL AILHCVATPL LLALFCHQAT

UniProtKB: UNIPROTKB: Q16570

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分子 #2: C-C motif chemokine 7

分子名称: C-C motif chemokine 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.594902 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
STTCCYRFIN KKIPKQRLES YRRTTSSHCP REAVIFKTKL DKEICADPTQ KWVQDFMKHL DKK

UniProtKB: C-C motif chemokine 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 25479169
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 308174
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8jps:
Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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