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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of ERGIC-53 deltaH34 mutant with MCFD2 | |||||||||
![]() | raw map | |||||||||
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![]() | cargo receptor / calcium / zinc / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å | |||||||||
![]() | Watanabe S / Inaba K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of full-length ERGIC-53 in complex with MCFD2 for cargo transport. 著者: Satoshi Watanabe / Yoshiaki Kise / Kento Yonezawa / Mariko Inoue / Nobutaka Shimizu / Osamu Nureki / Kenji Inaba / ![]() 要旨: ERGIC-53 transports certain subsets of newly synthesized secretory proteins and membrane proteins from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus. Despite numerous structural and functional ...ERGIC-53 transports certain subsets of newly synthesized secretory proteins and membrane proteins from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus. Despite numerous structural and functional studies since its identification, the overall architecture and mechanism of action of ERGIC-53 remain unclear. Here we present cryo-EM structures of full-length ERGIC-53 in complex with its functional partner MCFD2. These structures reveal that ERGIC-53 exists as a homotetramer, not a homohexamer as previously suggested, and comprises a four-leaf clover-like head and a long stalk composed of three sets of four-helix coiled-coil followed by a transmembrane domain. 3D variability analysis visualizes the flexible motion of the long stalk and local plasticity of the head region. Notably, MCFD2 is shown to possess a Zn-binding site in its N-terminal lid, which appears to modulate cargo binding. Altogether, distinct mechanisms of cargo capture and release by ERGIC- 53 via the stalk bending and metal binding are proposed. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 63.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27 KB 27 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 77.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 12.2 MB 12.2 MB 12.2 MB 12.2 MB 12.2 MB 12.2 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 982 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 981.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | raw map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.379 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: component III first
ファイル | emd_36482_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | component III first | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: component I last
ファイル | emd_36482_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | component I last | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: component I 1st
ファイル | emd_36482_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | component I 1st | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: component II 1st
ファイル | emd_36482_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | component II 1st | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: component II last
ファイル | emd_36482_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | component II last | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: component III last
ファイル | emd_36482_additional_6.map | ||||||||||||
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注釈 | component III last | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map1
ファイル | emd_36482_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map2
ファイル | emd_36482_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ERGIC-53-MCFD2 complex
全体 | 名称: ERGIC-53-MCFD2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ERGIC-53-MCFD2 complex
超分子 | 名称: ERGIC-53-MCFD2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: ERGIC-53
分子 | 名称: ERGIC-53 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAGSRQRGLR ARVRPLFCAL LLSLGRFVRG DGVGGDPAVA LPHRRFEYK YSFKGPHLVQ SDGTVPFWAH AGNAIPSSDQ I RVAPSLKS QRGSVWTKTK AAFENWEVEV TFRVTGRGRI GA DGLAIWY AENQGLEGPV FGSADLWNGV GIFFDSFDND GKK NNPAIV ...文字列: MAGSRQRGLR ARVRPLFCAL LLSLGRFVRG DGVGGDPAVA LPHRRFEYK YSFKGPHLVQ SDGTVPFWAH AGNAIPSSDQ I RVAPSLKS QRGSVWTKTK AAFENWEVEV TFRVTGRGRI GA DGLAIWY AENQGLEGPV FGSADLWNGV GIFFDSFDND GKK NNPAIV IIGNNGQIHY DHQNDGASQA LASCQRDFRN KPYP VRAKI TYYQNTLTVM INNGFTPDKN DYEFCAKVEN MIIPA QGHF GISAATGGLA DDHDVLSFLT FQLTEPGKEP PTPDKE ISE KEKEKYQEEF EHFQQELDKK KEEFQKGHPD LQGQPAE EI FESVGDRELR QVFEGQNRIH LEIKQLNRQL DMILDEQR R YVSSLTEEIS SNEKPKCPEL PPFPSCLSTV HFIIFVVVQ TVLFIGYIMY RSQQEAAAKK FFDYKDDDDK |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #2: MCFD2
分子 | 名称: MCFD2 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GSHMEEPAAS FSQPGSMGLD KNTVHDQEHI MEHLEGVINK PEAEMSPQEL QLHYFKMHDY DGNNLLDGLE LSTAITHVHK EEGSEQAPLM SEDELINIID GVLRDDDKNN DGYIDYAEFA KSLQ |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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