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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36481 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ClC-6 apo state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | endolysosomal transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 voltage-gated chloride channel activity / cell volume homeostasis / antiporter activity / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / response to mechanical stimulus / monoatomic ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome membrane ...voltage-gated chloride channel activity / cell volume homeostasis / antiporter activity / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / response to mechanical stimulus / monoatomic ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome membrane / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / signal transduction / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang SS | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Molecular basis of ClC-6 function and its impairment in human disease 著者: Zhang SS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36481.map.gz | 117.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36481-v30.xml emd-36481.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36481.png | 182.3 KB | ||
その他 | emd_36481_half_map_1.map.gz emd_36481_half_map_2.map.gz | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36481 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8374 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36481_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36481_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : endolysosomal transporter
全体 | 名称: endolysosomal transporter |
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要素 |
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-超分子 #1: endolysosomal transporter
超分子 | 名称: endolysosomal transporter / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: H(+)/Cl(-) exchange transporter 6
分子 | 名称: H(+)/Cl(-) exchange transporter 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 97.38343 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAGCRGSLCC CCRWCCCCGE RETRTPEELT ILGETQEEED EILPRKDYES LDYDRCINDP YLEVLETMDN KKGRRYEAVK WMVVFAIGV CTGLVGLFVD FFVRLFTQLK FGVVQTSVEE CSQKGCLALS LLELLGFNLT FVFLASLLVL IEPVAAGSGI P EVKCYLNG ...文字列: MAGCRGSLCC CCRWCCCCGE RETRTPEELT ILGETQEEED EILPRKDYES LDYDRCINDP YLEVLETMDN KKGRRYEAVK WMVVFAIGV CTGLVGLFVD FFVRLFTQLK FGVVQTSVEE CSQKGCLALS LLELLGFNLT FVFLASLLVL IEPVAAGSGI P EVKCYLNG VKVPGIVRLR TLLCKVLGVL FSVAGGLFVE KEGPMIHSGS VVGAGLPQFQ SISLRKIQFN FPYFRSDRDK RD FVSAGAA AGVAAAFGAP IGGTLFSLEE GSSFWNQGLT WKVLFCSMSA TFTLNFFRSG IQFGSWGSFQ LPGLLNFGEF KCS DSDKKC HLWTAMDLGF FVVMGVIGGL LGATFNCLNK RLAKYRMRNV HPKPKLVRVL ESLLVSLVTT VVVFVASMVL GECR QMSSS SQIGNDSFQL QVTEDVNSSI KTFFCPNDTY NDMATLFFNP QESAILQLFH QDGTFSPVTL ALFFVLYFLL ACWTY GISV PSGLFVPSLL CGAAFGRLVA NVLKSYIGLG HIYSGTFALI GAAAFLGGVV RMTISLTVIL IESTNEITYG LPIMVT LMV AKWTGDFFNK GIYDIHVGLR GVPLLEWETE VEMDKLRASD IMEPNLTYVY PHTRIQSLVS ILRTTVHHAF PVVTENR GN EKEFMKGNQL ISNNIKFKKS SILTRAGEQR KRSQSMKSYP SSELRNMCDE HIASEEPAEK EDLLQQMLER RYTPYPNL Y PDQSPSEDWT MEERFRPLTF HGLILRSQLV TLLVRGVCYS ESQSSASQPR LSYAEMAEDY PRYPDIHDLD LTLLNPRMI VDVTPYMNPS PFTVSPNTHV SQVFNLFRTM GLRHLPVVNA VGEIVGIITR HNLTYEFLQA RLRQHYQTI UniProtKB: H(+)/Cl(-) exchange transporter 6 |
-分子 #2: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182000 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |