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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36418 | |||||||||
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タイトル | Apoferritin at 113% of super resolution sampling limit (Krios G4 + Falcon 4 with copper grids) | |||||||||
マップデータ | Postprocessed map: Apoferritin at 113% of super resolution sampling limit on a copper grid | |||||||||
試料 |
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キーワード | Apoferritin / Benchmark / Super resolution / Sampling limit / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Danev R / Murata K | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Apoferritin at 113% of super resolution sampling limit (Krios G4 + Falcon 4 with copper grids) 著者: Burton-Smith RN / Danev R / Murata K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36418.map.gz | 299.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36418-v30.xml emd-36418.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36418_fsc.xml | 15.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36418.png | 193.9 KB | ||
その他 | emd_36418_half_map_1.map.gz emd_36418_half_map_2.map.gz | 257.6 MB 257.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36418 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36418_validation.pdf.gz | 858.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36418_full_validation.pdf.gz | 857.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36418_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36418_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36418 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map: Apoferritin at 113% of super resolution sampling limit on a copper grid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.478 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1: Apoferritin at 113% of super...
ファイル | emd_36418_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1: Apoferritin at 113% of super resolution sampling limit on a copper grid | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2: Apoferritin at 113% of super...
ファイル | emd_36418_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2: Apoferritin at 113% of super resolution sampling limit on a copper grid | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin
全体 | 名称: Apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin
超分子 | 名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |