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- EMDB-36331: Atomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36331
タイトルAtomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes
マップデータ
試料
  • 複合体: The large subunit of wheat Ribosome
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 41種
  • リガンド: x 3種
キーワードProtein Synthesis Machinery / Eukaryotic Ribosome / Plant / TRANSLATION / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site ...Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein / 60S ribosomal protein L38 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L11 / 60S ribosomal protein L18a ...Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein / 60S ribosomal protein L38 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L11 / 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein / Uncharacterized protein / TRASH domain-containing protein / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L34 / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L37a, expressed / 60S ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L13a / Ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein / Ribosomal protein L15 / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L31 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Mishra RK / Sharma P / Hussain T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes.
著者: Rishi Kumar Mishra / Prafful Sharma / Faisal Tarique Khaja / Adwaith B Uday / Tanweer Hussain /
要旨: Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high- ...Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high-resolution structures of the 60S and 80S ribosomes from wheat, a monocot staple crop plant (Triticum aestivum). While plant ribosomes have unique plant-specific rRNA modification (Cm1847) in the peptide exit tunnel (PET), the zinc-finger motif in eL34 is absent, and uL4 is extended, making an exclusive interaction network. We note differences in the eL15-helix 11 (25S) interaction, eL6-ES7 assembly, and certain rRNA chemical modifications between monocot and dicot ribosomes. In eukaryotes, we observe highly conserved rRNA modification (Gm75) in 5.8S rRNA and a flipped base (G1506) in PET. These features are likely involved in sensing or stabilizing nascent chain. Finally, we discuss the importance of the universal conservation of three consecutive rRNA modifications in all ribosomes for their interaction with A-site aminoacyl-tRNA.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Uday AB / Khaja FT
履歴
登録2023年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36331.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.34478533 - 0.72139686
平均 (標準偏差)0.00070451264 (±0.025131881)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 385.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36331_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36331_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The large subunit of wheat Ribosome

全体名称: The large subunit of wheat Ribosome
要素
  • 複合体: The large subunit of wheat Ribosome
    • RNA: 25S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • RNA: 5.8S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L2 C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L5 eukaryotic C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L6 alpha-beta domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L10e/L16 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L14e domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L13a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: Genome assembly, chromosome: II
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: TRASH domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Genome assembly, chromosome: II
    • タンパク質・ペプチド: KOW domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL32
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL33
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L39
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Genome assembly, chromosome: II
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37a, expressed
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal L28e/Mak16 domain-containing protein
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: The large subunit of wheat Ribosome

超分子名称: The large subunit of wheat Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)

+
分子 #1: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 1.098269625 MDa
配列文字列: GCGACCCCAG GUCAGGCGGG ACUACCCGCU GAGU(PSU)UAAGC AUAUAAA(OMU)AA GCGGAGGAGA AGAAACU(PSU) A CAAGGAUUCC CCUAGUAACG GCGAGCGAAC CGGGAGCAGC CCAGCUUGAG AAUCGGGCGG CUGUGCCGUC CGAA(OMU) UGUA ...文字列:
GCGACCCCAG GUCAGGCGGG ACUACCCGCU GAGU(PSU)UAAGC AUAUAAA(OMU)AA GCGGAGGAGA AGAAACU(PSU) A CAAGGAUUCC CCUAGUAACG GCGAGCGAAC CGGGAGCAGC CCAGCUUGAG AAUCGGGCGG CUGUGCCGUC CGAA(OMU) UGUA GUCUGGAGAG GCGUCCUCAG CGACGGACCG GGCCCAAGUC CCCUGGAAAG GGGCGCCUGG GAGGGUGAGA GCCCCG UCC GGCCCGGACC CUGUCGCCCC ACGAGGCGCC GUCAACGAGU CGGGUUGUUU GGGAAUGCAG CCCAAAUCGG GCGGUAG AC UCCGUCCAAG GCUAAAUACA GGCGAGAGAC CGAUAGCGAA CAAGUACCGC GAGGGAAAGA UG(A2M)AAAGGAC U (PSU)UGAAAAG AGAGUCAAAG AGUGCUUGAA AUUGCCGGGA GGGAAGCGGA UGGGGGCCGG CGAUGCGCCC CGGCCGUA U GCGGAACGGC UCUUGCUGGU CCGCCGCUCG GCUCGGGGUG UGGACUGUUG UCGGCCGCGC CGGCGGCCAA AGCCCGGGG GCCCUAGGUG CCCCCGGUGG CCGUCGUCGG CACGGCCGGU ACCCGCGCGC CUAAAGGCGU GUCCCUCGGG GCACUGCGCU GCAACGGCC UGCGGGCUCC CCAUCCGACC CGUCUUG(1MA)AA C(A2M)CGGACCAA GGAGU(OMC)(OMU)GAC AUGCG UGCG AGUCGACGGG UUCUGAAACC UGGGAUGCGC AAGGAAGCUG ACGAGCGGGA GGCCCUCACG GGCCGCACCG CUGGCC GAC CCUGAUCUUC UGUGAAGGGU UCGAGUUGGA GCACGCC(OMU)GU CGGGACCC(OMG)A (A2M)AGAUGGUGA (A2M) C(PSU)AUGCCU GAGCGGGGCG AAGCCAGAGG AAACUCUGGU GGAGGCUCGA AGCGAUACUG (A2M)CGUGCAAA(PSU) CGUUCGUCU GACUUGGGUA UAG(OMG)GGCGAA AGACUAAUCG AACCAUCUAG U(A2M)GCUGGUUC CCUCCGAAGU UUC CC(PSU)CAG GAUAGCUGGA GCCCAUUACG AGUUCUA(PSU)CA GGUAAAGCCA A(PSU)GAUUAGAG GCAUUGGGGA CG CAACGUC CUCGACCUAU (PSU)CUCAAACUU (PSU)AAA(OMU)AGGUA GGAUGGCGCG GCUGCUUCGG UGAGCCGUGC C AUGGAAUC GGGUGCUCCA AGUGGGCCAU (PSU)(PSU)(PSU)UGGUAAG C(A2M)GAACUGGC GAUGCGGGAU GAACCG GAA GCCGGGUUAC GGUGCCCAAC UGCGCGCUAA CCUAGAACCC ACAAAGGGUG UUGGUCGAUU AAGACAGCAG GACGGUG GU CAUGGAAGUC GAAAUCCGCU AAGGAGUGUG UAACAACUCA CCUGCCGAAU CAACUAGCCC CGAAAAUGGA UGGCGCUG A AGCGCGCGAC CCACACCCGG CCAUCUGGGC GAGCGCCAUG CCCCGAUG(A2M)G UAGGAGGGCG CGGCGGCCGC UGCAA AACC CGGGGCGCGA GCCCGGGCGG AGCGGCCGUC GGUGCAGAU(OMC) UUGGUGGUAG U(A2M)(OMG)CAAAUAU UCAA A(PSU)GAG AA(OMC)U(PSU)UGAAG GCCGAAGAGG AGAAAGGUUC CAUGUGAACG G(OMC)ACUUGCAC AUGGGUAAG (OMC)CGAUCCUAA GGGACGGGGU AACCCCGGCA GAUAGCGCGA UCACGCGCAU CCCCCGAAAG GGAAUCGGGU UAAGAU UUC CCGAGCCGGG AUGUGGCGGU UGACGGCGAC GUUAGGAAGU CCGGAGACGC CGGCGGGGGC CUCGGGAAGA GUUAUCU UU UCUGCUUAAC GGCCUGCCAA CCCUGGAAAC GGUUCAGCCG GAGGUAGGGU CCAGUGGCCG GAAGAGCACC GCACGUCG C GCGGUGUCCG GUGCGCCCCC GGCGGCCCAU GAAAAUCCGG AGGACCGAGU ACCGUUCACG CCCGGUCGUA CUCAUAA (OMC)C G(OMC)AUCA(OMG)GUC U(OMC)CAAGGUGA AC(A2M)GCCUCUG GCCAAUGGAA CAA(OMU)GUAGGC AAGG GAAG(PSU) CGGCAAAACG GAUCCGUAAC UUCGGGAAAA GGAUUGGCUC UGAGGACUGG GCUCGGGGGU CCCGGCCCCG A ACCCGUCG GCUGUCGGCG GAUUGCUCGA GCUGCUCACG CGGCGAGAGC GGGUCGCCGC GUGCCGGCCG GGGGACGGAC CG GGAAUCG CCCCUUCGGG GGCUUUCCCC GAGCAUGAAA CAGUCGACUC AGAACUGG(OMU)A CGGACAAG(OMG)(OMG) G (A2M)AUCCGAC (PSU)G(PSU)UUAAUUA AAACAAAGCA UUGCGAUGGU CCUCGCGGAU GCUGACGCAA UGUGAUU (PSU)C UGCC(OMC)AGUGC UCUGAAUG(PSU)C AAAGUGA(A2M)GA AA(PSU)UCAACCA AGC(OMG)CGGGUA AACG GCGGG AGUAACUAUG ACUCUCUUAA GGUAGC(5MC)AA(A2M) UGCCUC(OMG)UCA U(OMC)UAAUUAGU GACGCGCAU GAA(PSU)GGA(PSU)UA (A2M)CGAGAUUCC CACUGU(OMC)CCU GUCUAC(OMU)A(PSU)C CAGCGAAACC ACAG (OMC)CAAG GGAACGGGCU UGGCGGAAUC A(OMG)CGG(OMG)GAAA GAAGACCCU(OMG) (OMU)UGAGC(PSU)UGA C (OMU)CUAGUCC GAC(PSU)UUGUGA AAUGACUUGA GAGGUGUAGG AUAAGUGGGA GCCCUCACGG GCGCAAGUGA AAUA CCACU ACUUUUAACG UUAUUUUACU UA(PSU)UCCGUGG GUCGGAAGCG GGGCAUGUCC CCUCCUUUUG GCUCCAAGGC C CGGUCUUA CCGGGCCGAU CCGGGCGGAA GACAUUGUCA GGUGGGGAGU U(PSU)GGCUG(OMG)GG CGGCACAUCU GUUA AAAG(A2M) UAACGCAGG(OMU) (OMG)UCCUAAGAU GAGCUCAACG AGAACAGAAA U(OMC)UCGUGUGG AACAAAAGG GUAAAAGCUC GU(PSU)UGAU(OMU)CU GAUUUCCAG(OMU) ACGAA(OMU)ACGA ACCG(PSU)GAAAG CGUGGCCUAU CGAUCCUUU AGAUCUUCGG AGUUUGAAGC UA(OMG)A(OMG)GUGUC AGAAAAGUUA CCACAG(OMG)GAU AACUGGC (PSU)U GUGGCAGC(OMC)A AGCGUUCAUA GCGACG(PSU)UGC UUUUUGA(PSU)CC UU(5MC)GAUGUCG G(OMC) (PSU)CU(OMU)CCU AUCAUUGUGA AGCAGAAUUC ACCA(A2M)GUGUU (OMG)GAU(OMU)(OMG)(PSU)UCA CCCAC CA(A2M)U AGGGAACG(PSU)G (A2M)G(OMC)UGGG(UR3)U(PSU) AGA(OMC)CGUCGU GAGACAGGU(PSU) AGUU UUACC CUACUGA(PSU)GA CAGUGUCGCG AUAGUAAUUC AACCUAGUAC GAGAGGAACC GUUGAUUCAC ACAAUUGGUC A UCGCGCUU GGUUGAAAAG CCAGUGGCGC GAAGCUACCG UGUGCCGGAU U(A2M)UGAC(PSU)GAA CGCCUCUAAG UCAG AAUCC AAGCUAGCAU GCGACGCCUG CGCCCGCCGC CCGCCCCGAC CCACGUUAGG GGCGCUUGCG CCCCCAAGGG CCCGU GCCA UUGGCUAAGC CGGUCCGGCC GAAGUGCCGC GGCCGGCCGC CUCGAAGCUC CCUUCCCAAC GGGCGGUGGG CUGAAU CCU UU(OMG)CAGACGA C(OMU)UAAAUACG CGACGGGGCA UUGUAAGUGG CAGAGUGGCC UUGCUGCCAC GAUCCACUG AGAUCCAGCC CCAUGUCGCA CGGAUUCGU

GENBANK: GENBANK: XR_006476295.1

+
分子 #2: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 38.411777 KDa
配列文字列:
GGAUGCGAUC AUACCAGCAC UAAGGCAUCG GAUCCCGUCA GAACUCCGAA GUUAAGCGUG CUUGGGCGAG AGUAGUACAA GGAUGGGUG ACCUCUUGGG AAGUCCUCGU GUUGCAUUCC

GENBANK: GENBANK: X06094.1

+
分子 #3: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 50.953305 KDa
配列文字列:
CGACUCUCGG CAACGGA(PSU)AU CUCGGCUCUC GCAUCGAUGA AG(A2M)ACGUAGC GAAAUGCGAU ACCUGGUGUG AA U(PSU)(OMG)CAGA AUCCGUGAAC CAUCGAGUCU UUGAACGCAA GUUGCGCCCG AGGCCACUCG GCCGAGGGCA CGCCU GCCU GGGCGUCACG

GENBANK: GENBANK: AF438188.1

+
分子 #4: Ribosomal protein L2 C-terminal domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L2 C-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 28.251521 KDa
配列文字列: MGRVIRAQRK GAGSVFKSHT HHRKGPARFR SLDFGERNGY LKGVVTDVIH DPGRGAPLAK VTFRHPFRYK HQKELFVAAE GMYTGQFVY CGRRATLSVG NVLPLRSVPE GGVICNVEHH VGDRGVFARA SGDYAIVISH NPDNGTSRIK LPSGAKKIVP S SCRAMIGQ ...文字列:
MGRVIRAQRK GAGSVFKSHT HHRKGPARFR SLDFGERNGY LKGVVTDVIH DPGRGAPLAK VTFRHPFRYK HQKELFVAAE GMYTGQFVY CGRRATLSVG NVLPLRSVPE GGVICNVEHH VGDRGVFARA SGDYAIVISH NPDNGTSRIK LPSGAKKIVP S SCRAMIGQ VAGGGRTEKP MLKAGNAYHK YRVKRNSWPK VRGVAMNPVE HPHGGGNHQH IGHASTVRRD APPGQKVGLI AA RRTGRLR GQAAASAAKA DKAT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein

+
分子 #5: Ribosomal protein L3

分子名称: Ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 44.262797 KDa
配列文字列: MSHRKFEHPR HGSLGFLPRK RCSRHRGKVK SFPKDDQQKP CHLTAFLGYK AGMTHIVREV EKPGSKLHKK ETCEAVTIIE TPPLVIVGL VAYVKTPRGL RTLNSVWAQH LSEDVRRRFY KNWCKSKKKA FTKYALKYDS DAGKKEIQLQ LEKMKKYATI V RVIAHTQI ...文字列:
MSHRKFEHPR HGSLGFLPRK RCSRHRGKVK SFPKDDQQKP CHLTAFLGYK AGMTHIVREV EKPGSKLHKK ETCEAVTIIE TPPLVIVGL VAYVKTPRGL RTLNSVWAQH LSEDVRRRFY KNWCKSKKKA FTKYALKYDS DAGKKEIQLQ LEKMKKYATI V RVIAHTQI RKMKGLKQKK AHLMEIQVNG GTIADKVDYG YKFFEKEVPV EAVFQKDEMV DIIGVTKGKG YEGVVTRWGV TR LPRKT(HIC)R GLRKVACIGA WHPARVSYTV ARAGQNGYHH RTEMNKKIYK MGKSGQESHE ACTEFDRTEK DITPMGGFP HYGVVKGDYL MIKGCCVGPK KRVVTLRQSL LKQTSRLALE EIKLKFIDTS SKFGHGRFQT TDEKQKFYG

UniProtKB: Ribosomal protein L3

+
分子 #6: 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain-containing protein

分子名称: 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 44.822043 KDa
配列文字列: MATQTRPLVS VKALEGDMAT DNSSSLALAE VFRAPLRPDV VRFVHRLLSC NKRQPYAVSR RAGHQTSAES WGTGRAVSRI PRVPGGGTH RAGQGAFGNM CRGGRMFAPT KTWRKWHRRV NVHLRRVAVA SALAATSVPS LVLARGHRIE TVPELPLVIS D SAESIEKT ...文字列:
MATQTRPLVS VKALEGDMAT DNSSSLALAE VFRAPLRPDV VRFVHRLLSC NKRQPYAVSR RAGHQTSAES WGTGRAVSRI PRVPGGGTH RAGQGAFGNM CRGGRMFAPT KTWRKWHRRV NVHLRRVAVA SALAATSVPS LVLARGHRIE TVPELPLVIS D SAESIEKT SQAIKILKQV GAYADAEKAK DSVGIRPGKG KMRNRRYINR KGPLIVYGTE GSKIVKAFRN LPGVDVANVE RL NLLDLAP GGHLGRFVIW TESAFKKLEE VYGTFEAPSL KKKGFILPRP KMANADLGRI INSDEVQSVV KPLNKEVKRR EKR KNPLKN VAAVLKLNPY FGTARKMATL AEAARIKARK EKLDSKRTKL SPEEAAKVKA AGKAWYKTMI SDSDYAEFDN FSKW LGVTQ

+
分子 #7: Ribosomal protein L5 eukaryotic C-terminal domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L5 eukaryotic C-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 35.341051 KDa
配列文字列: MFWMDFQVFV KNQKTRAYSK RFQVKFKRRR QGKTDYRARL RLTNQDKNKY NTPKYRFVVR FTNKDVTAQI VYATIAGDIV MAAAYSHEL PRYGLEVGLT NYAAAYCTGL LLARRVLKCR DLDQEYEGNV EATGEDFSVE PADERRPFRA LLDVGLIRTT T GNRVFGAL ...文字列:
MFWMDFQVFV KNQKTRAYSK RFQVKFKRRR QGKTDYRARL RLTNQDKNKY NTPKYRFVVR FTNKDVTAQI VYATIAGDIV MAAAYSHEL PRYGLEVGLT NYAAAYCTGL LLARRVLKCR DLDQEYEGNV EATGEDFSVE PADERRPFRA LLDVGLIRTT T GNRVFGAL KGALDGGLDI PHSDKRFAGF KKDEKQLDAE IHRKYIYGGH VADYMKSLAD EEPEKYQSHF SEYIKKGIEA DN MEALYKK VHAAIRADPT MAKSTKEPPK THKRYNPKKL TYEQRKASLV ERLNALNSSA GADVDEDDDE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L6

分子名称: 60S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 25.924109 KDa
配列文字列: SPDCRSASTE ESPMAPTSKM ALGIKRASRS HTYHRRGLWA IKAKHGGALP KAEKPAAVAE PKFYPADDVK PRTVSTRKPH PTKLRSTIT PGTVLILLAG RYMGKRVVFL KQLQSGLLLI TGPFKINGVP IRRVNQAYVI ATSTKVDISK VNVQKFDDKY F AREKKTRA ...文字列:
SPDCRSASTE ESPMAPTSKM ALGIKRASRS HTYHRRGLWA IKAKHGGALP KAEKPAAVAE PKFYPADDVK PRTVSTRKPH PTKLRSTIT PGTVLILLAG RYMGKRVVFL KQLQSGLLLI TGPFKINGVP IRRVNQAYVI ATSTKVDISK VNVQKFDDKY F AREKKTRA KKTEGELFES DKEATKNLPD FKKDDQKVID AELIKAIDAV PDLKNYLGAR FSLRDGDKPH EMTF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L6

+
分子 #9: 60S ribosomal protein uL30

分子名称: 60S ribosomal protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 28.161137 KDa
配列文字列: MASEAAKVAV PEKVILKRRR EEVWAAEKKQ KVAAEKIKAA ENTKVIYARA EQYAGEYEAQ DKELVQLKRE ARMKGGFYVS PEAKLLFVV RIRGINAMHP KTKKILQLLR LRQIFNGVFL KVNKATINML RRVEPYVAYG YPNLKSVREL IYKRGYGKLN K QRIPLANN ...文字列:
MASEAAKVAV PEKVILKRRR EEVWAAEKKQ KVAAEKIKAA ENTKVIYARA EQYAGEYEAQ DKELVQLKRE ARMKGGFYVS PEAKLLFVV RIRGINAMHP KTKKILQLLR LRQIFNGVFL KVNKATINML RRVEPYVAYG YPNLKSVREL IYKRGYGKLN K QRIPLANN KVIEEGLGKH NIICIEDLVH EILTVGPHFK EANNFLWPFK LKAPLGGLKK KRNHYVEGGD AGNRENYINQ LV RRMN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L7a

分子名称: 60S ribosomal protein L7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 29.407152 KDa
配列文字列: MAPKRGGKAP VPAKKKTDKV TNPLFEKRPK QFGIGGALPP KKDLHRFVKW PKVVRIQRQR RILKQRLKVP PALHQFTRTL DKNLATNLF KMLLKYRPED KAAKKERLLK RAQAEAEGKT VEAKKPIVVK YGLNHVTYLI EQSKAQLVVI AHDVDPIELV V WLPALCRK ...文字列:
MAPKRGGKAP VPAKKKTDKV TNPLFEKRPK QFGIGGALPP KKDLHRFVKW PKVVRIQRQR RILKQRLKVP PALHQFTRTL DKNLATNLF KMLLKYRPED KAAKKERLLK RAQAEAEGKT VEAKKPIVVK YGLNHVTYLI EQSKAQLVVI AHDVDPIELV V WLPALCRK MEVPYCIVKG KSRLGSIVHK KTASVLCLTT VKNEDKLEFS KILEAIKANF NDKFDEVRKK WGGGVMGSKS QA KTKARER LIAKEAAQRM N

UniProtKB: 60S ribosomal protein L7a

+
分子 #11: Ribosomal protein L6 alpha-beta domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L6 alpha-beta domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 21.301918 KDa
配列文字列: MKTILASETM EIPEEVTVKV SAKMISVTGP RGTLTRNFKH LNLDFQLQEG GRKLKVDAWF GTRKTMAAIR TAISHVQNLI TGVTKGFRY KMRFVYAHFP INASITAANK GIEIRNFLGE KKVRKVDMLD GVTILRSEKV KDEIVLDGND IELVSRSAAL I NQKCHVKN ...文字列:
MKTILASETM EIPEEVTVKV SAKMISVTGP RGTLTRNFKH LNLDFQLQEG GRKLKVDAWF GTRKTMAAIR TAISHVQNLI TGVTKGFRY KMRFVYAHFP INASITAANK GIEIRNFLGE KKVRKVDMLD GVTILRSEKV KDEIVLDGND IELVSRSAAL I NQKCHVKN KDIRKFLDGI YVSDKGAIKE E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein

+
分子 #12: Ribosomal protein L10e/L16 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L10e/L16 domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 24.516867 KDa
配列文字列: MGRRPARCYR QIKNKPYPKS RYCRGVPDPK IRIYDVGMKK KGVDEFPSCV HLVSWEKENV SSEALEAARI ACNKYMTKNA GKDAFHLRV RVHPYHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPLGTCARV DIGQVLLSVR CKESNAVHAD EALRRAKFKF P GRQKIIRS ...文字列:
MGRRPARCYR QIKNKPYPKS RYCRGVPDPK IRIYDVGMKK KGVDEFPSCV HLVSWEKENV SSEALEAARI ACNKYMTKNA GKDAFHLRV RVHPYHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPLGTCARV DIGQVLLSVR CKESNAVHAD EALRRAKFKF P GRQKIIRS RKWGFTKFNR ADYIKYKSEG RIVPDGVNAK LLGVHGPIAK RAPGQAILA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L11

分子名称: 60S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 20.725115 KDa
配列文字列:
MSTEKKQLNP MREIKVQKLV LNISVGESGD RLTRAAKVLE QLSGQSPVFS KARYTVRSFG IRRNEKIACY VTIRGEKAMQ LLESGLKVK EYELLRRNFS DTGCFGFGIQ EHIDLGMKYD PSTGIYGMDF FVVLERAGYR VSRRRRCKAR VGIHQRVTKE D AMKWFQVK YEGVILNKSH AS

UniProtKB: 60S ribosomal protein L11

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L13

分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 24.170293 KDa
配列文字列: MVKHNNVIPN GHFKKHWQNY VKTWFNQPAR KQRRRIARQK NAVKIFPRPT SGPLRPIVQC QTRKYNMKAR AGRGFTLEEL KSAGIPKKL APTIGISVDH RRKNRSLEGM QSNIQRLKTY KAKLVIFPRR ARKVKAGDST PEELANATQV QGDYMPIARG E KRSVEVVK ...文字列:
MVKHNNVIPN GHFKKHWQNY VKTWFNQPAR KQRRRIARQK NAVKIFPRPT SGPLRPIVQC QTRKYNMKAR AGRGFTLEEL KSAGIPKKL APTIGISVDH RRKNRSLEGM QSNIQRLKTY KAKLVIFPRR ARKVKAGDST PEELANATQV QGDYMPIARG E KRSVEVVK VTEEMKEFKA YGKLRVERMN QRQLGARQKK AAEAEKEEKK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13

+
分子 #15: Ribosomal protein L14e domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L14e domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.490531 KDa
配列文字列:
MPFKRFVEIG RVALVNYGKD YGRLVVIVDV VDQNRALVDA PDMVRCQMNF KRLSLTDIKI DIKRIPKKAT LIKAMEEADV KTKWENSSW GKKLIVQKKR AALNDFDRFK VMLAKIKRGG AIRQELAKLK KEVAAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein

+
分子 #16: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 24.488666 KDa
配列文字列: MGAYKFVSEL WRRKQSDVMR FVQRVRCWEY RQQPAIVRIT RPTRPDRARR LGFKAKQGYV VYRIRVRRGG RKRPVPKGIV YGKPKHQGI TQLKFQRNKR SVAEERAGRR LGGLRVLNSY WVNEDSTYKY FEVILVDVAH SAVRNDPRIN WLCKPVHKHR E LRGLTSAG ...文字列:
MGAYKFVSEL WRRKQSDVMR FVQRVRCWEY RQQPAIVRIT RPTRPDRARR LGFKAKQGYV VYRIRVRRGG RKRPVPKGIV YGKPKHQGI TQLKFQRNKR SVAEERAGRR LGGLRVLNSY WVNEDSTYKY FEVILVDVAH SAVRNDPRIN WLCKPVHKHR E LRGLTSAG KKFRGLRGKG HRHHKNRPSR RATWKRNQTV SLRRYR

UniProtKB: Ribosomal protein L15

+
分子 #17: Ribosomal protein L13a

分子名称: Ribosomal protein L13a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 23.581172 KDa
配列文字列: MVSGSGVCAK RVVVDARHHM LGRLASIVAK ELLNGQRVVV VRCEEICMSG GLVRQKMKYL RFLRKRMNTK PSHGPIHFRA PAKILWRTI RGMIPHKTAR GEAALARLKA YEGVPPPYDR TKRMVIPDAL KVLRLQPGHR YCLLGQLSKE VGWNYADTIR E LEEKRKEK ...文字列:
MVSGSGVCAK RVVVDARHHM LGRLASIVAK ELLNGQRVVV VRCEEICMSG GLVRQKMKYL RFLRKRMNTK PSHGPIHFRA PAKILWRTI RGMIPHKTAR GEAALARLKA YEGVPPPYDR TKRMVIPDAL KVLRLQPGHR YCLLGQLSKE VGWNYADTIR E LEEKRKEK AKVSYDRRKQ LAKLRVKAEK AAEEKLGTQL EILAPIKY

UniProtKB: Ribosomal protein L13a

+
分子 #18: 60S ribosomal protein uL22

分子名称: 60S ribosomal protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 19.525549 KDa
配列文字列:
MVKYSTDPAN PTKSAKAMGR DLRVHFKNTR ETAFALRKMS LNKAKRYLED VLAHKQAIPF RRYCRGVGRT AQVKNRQPNG QGRWPAKSA KFVLDLLKNA ESNAEVKGLD VDALYISHIQ VNQAQKQRRR TYRAHGRINP YMSNPCHIEL ILSEKEEPVK K EAESQIAR KA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #19: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 21.351285 KDa
配列文字列:
MGIDLVAGGR NKRTKRVAPK SDDVYLKLLV KLYRFLVRRT KSKFNAVILK RLFMSKTNRP PLSMRRLSNF MKGKEEKNIA VVVGTITDD MRIQEVPAMK VTALRFTETA RARIINAGGE CLTFDQLALR APTGENTILL RGPKNAREAV RHFGKAPGVP H SHTKPYVR SKGRKFEKAR GRRNSRGFKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein

+
分子 #20: Ribosomal protein L19

分子名称: Ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 24.059664 KDa
配列文字列: MVSLKLQKRL ASSVLKCGKG KVWLDPNEVN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPQKIHSR SRARRAHEAK QKGRHSGYGK RRGTREARL PTKILWMRRM RVLRRLLRKY REAKKIDKHM YHDMYLKVKG NMFKNKRVLM ESIHKSKAEK AREKTLSDQF E AKRAKSKA ...文字列:
MVSLKLQKRL ASSVLKCGKG KVWLDPNEVN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPQKIHSR SRARRAHEAK QKGRHSGYGK RRGTREARL PTKILWMRRM RVLRRLLRKY REAKKIDKHM YHDMYLKVKG NMFKNKRVLM ESIHKSKAEK AREKTLSDQF E AKRAKSKA SRERKIARRE ERLAQGPRDH APAPAAAAPA AAPKKAKK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 21.296041 KDa
配列文字列:
MVAHRFHQYQ VVGRALPAPG DEQPKIYRMK LWATNEVRAK SKFWYFLRKL KKVKKANGQM LAINEIFEKN PTTIKNYGIW LRYQSRTGY HNMYKEYRDT TLNGGVEQMY TEMASRHRVR APCIQIIKTA TVDFKLCKRD NTKQFHNSKI KFPLVYQKVR P PTRKLKTT YKATRPNLFM

UniProtKB: 60S ribosomal protein L18a

+
分子 #22: 60S ribosomal protein L21

分子名称: 60S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 18.719801 KDa
配列文字列:
MPAGHGLRSR TRDLFARPFR KKGYIPLTTY LRTYKVGEHV DVKVNGAVHK GMPHKFYHGR TGRVWNVTKR AIGVEINKQV GNRIIKKRI HVRVEHVQPS RCNEEFLQRK LNNDKLKAEA KVRGEVISTK RQPAGPKPGF MVEGTTIETV TPIPYDVVND L KGGY

UniProtKB: 60S ribosomal protein L21

+
分子 #23: Genome assembly, chromosome: II

分子名称: Genome assembly, chromosome: II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.372516 KDa
配列文字列:
MARGAAAAAA AAKGKKKGSV SFVIDCTKPV EDKIMEIASL EKFLQERIKV AGGKAGNLGD SVTVTRDKSK VTVTSDGAFS KRYLKYLTK KYLKKHNVRD WLRVIAANKE RNVYELRYFN IAENEGEEED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL22

+
分子 #24: Ribosomal protein L17

分子名称: Ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.536206 KDa
配列文字列:
GRGGSAGNKF RMSLGLPVAA TVNCADNTGA KNLYIISVKG IKGRLNRLPS ACVGDMVMAT VKKGKPDLRK KVMPAVIVRQ RKPWRRKDG VFMYFEDNAG VIVNPKGEMK GSAITGPIGK ECADLWPRIA SAANAIV

UniProtKB: Ribosomal protein L17

+
分子 #25: TRASH domain-containing protein

分子名称: TRASH domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 18.293646 KDa
配列文字列:
MVLKTELCRF SGQKIYPGKG IRFIRSDSQV FLFANSKCKR YFHNRLKPAK LCWTAMYRKQ HKKDIHAEAA KKRRRTTKKP YSRSIVGAT LEVIQKKRAE KPEVRDAARE AALEIKERIK KTKDEKKAKK AEVTKSQKSQ GGKGAVQKGS KGPKIGGGGG K R

UniProtKB: TRASH domain-containing protein

+
分子 #26: Genome assembly, chromosome: II

分子名称: Genome assembly, chromosome: II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.920203 KDa
配列文字列:
MAPKVAVAKK GDAKAQAAKV AKAVKSGSIK KTAKKIRTSV TFHRPKTLSK ARDPKYPRIS TPGRNKLDQY QILKYPLTTE SAMKKIEDN NTLVFIVDLK ADKKKIKAAV KKMYDIQAKK VNTLIRPDGK KKAYVKLTPD YDALDVANKI GII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #27: KOW domain-containing protein

分子名称: KOW domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.73538 KDa
配列文字列:
MKRNPRVTSS RRKCRKAHFT APSSVRRVLM SAALSSELRH KYNVRSIPIR KDDEVQVVRG TYKGREGKVV QVYRRRWVIH VERITREKV NGSTVNVGIH PSKVIVTKLK LDKDRKALLD RKARGRAA

UniProtKB: KOW domain-containing protein

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L27

分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.615687 KDa
配列文字列:
MVKFLKPGKA VILLQGRFAG RKAVIVRVFE EGTRDRPYGH CLVAGLAKYP KKVIRKDSAK KTAKKSRVKC FLKLVNFTHI MPTRYTLDV DFKDVASGGP DALATRDKKV ASCKAAKARL EERFKTGKNR WFFTKLRF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L27

+
分子 #29: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.068989 KDa
配列文字列:
MTTRFKKNRK KRGHVSAGHG RVGKHRKHPG GRGNAGGMHH HRILFDKYHP GYFGKVGMRY FHKLSNRFYT PTVNVERLWS MVPSEKAAE AGGDKAPVVD VSQFGYFKVL GKGMLPEKPI VVKAKLISKI AEKKIKAAGG AVVLVA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.994063 KDa
配列文字列:
MAKSKNHTAH NQSYKAHRNG IKKPKRQRQA STKGMDPKFL RNLRYSRKHN VKAGEGEVEK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L29

+
分子 #31: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 12.372487 KDa
配列文字列:
MAPTKKAKKS GENINNKLQL VMKSGKYTLG YKTVLKTLRS SKGKLIILAN NCPPLRKSEI EYYAMLAKIS VHHFHGNNVD LGTACGKYY RVCCLSILDP GDSDIISTTT TTQ

UniProtKB: Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L31

分子名称: 60S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.152365 KDa
配列文字列:
MSEKKRAPGP RKDEVVTREY TVNLHKRLHG CTFKKKAPNA IKEIRKFAQK AMGTNDVRID VKLNKHIWSS GIRSVPRRVR VRIARKRND EEDAKEELYS LVTVAEVPQE GLKGLGTKVV EDED

UniProtKB: 60S ribosomal protein L31

+
分子 #33: 60S ribosomal protein eL32

分子名称: 60S ribosomal protein eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.737636 KDa
配列文字列:
MAVPLLTRKI VKKRVKHFKR AHSDRYIGLK QSWRRPKGID SRVRRKFKGC TLMPNIGYGS DKKTRHYLPN KFKKFVVHNV SELELLMMH NRTYCAEIAH NVSTKKRKDI VERAAQLDIV VTNKLARLRS QEDE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L32

+
分子 #34: 60S ribosomal protein eL33

分子名称: 60S ribosomal protein eL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 12.68473 KDa
配列文字列:
MKGRQGQRVR LYVRGTILGY KRSKSNQYEN TSLLQIEGVN TKEEVGWYAG KRIAYVYKAK TKSNDSTIRC IWGKVTRPHG NSGVVRAKF RSNLPPTSMG KKVRVFMYPS SI

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L34

分子名称: 60S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 13.798365 KDa
配列文字列:
MVQRLTYRKR HSYATKSNQT RVVKTPGGKL VYQYTKKRAS GPKCPVTGKK IQGIPHLRPT EYKRSRLSRN RRTVNRPYGG VLSGPAVRE RIIRAFLVEE QKIVKKVLKI QKTKEKTTKS

UniProtKB: 60S ribosomal protein L34

+
分子 #36: 60S ribosomal protein L35

分子名称: 60S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.401041 KDa
配列文字列:
MSSGKVKAGE LWNKSKDDLT KQLAELKTEL GQLRIQKVAS SGSKLNRIHD IRKSIARVLT VINAKQRAQL RLFYKNKKYA PLDLRAKQT RAIRRRLSPD EKSRVLEKTK KRTVHFPQRK FAIKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #37: 60S ribosomal protein L36

分子名称: 60S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 12.594097 KDa
配列文字列:
MAPSQPKSGL FVGINKGHVV TKRELPPRPS DRKGKGTKRV HFVRNLIREV AGFAPYEKRI TELLKVGKDK RALKVAKRKL GTHKRAKKK REEMSSVLRK MRSAGTGTEK KK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L36

+
分子 #38: Ribosomal protein L37

分子名称: Ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 10.765555 KDa
配列文字列:
MTKGTGSFGK RRNKTHTLCI RCGRRSFHLQ KSTCSSCGYP AARIRKYNWS VKAIRRKTTG TGRMRYMRHV PRRFKSNFRE GTEAAPRNR AAAN

UniProtKB: Ribosomal protein L37

+
分子 #39: 60S ribosomal protein L38

分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 8.115617 KDa
配列文字列:
MPKQIHEIKD FLLTARRKDA RSVRIKRTKD AVKFKVRCSR YLYTLCVHDT DKANKLKQSL PPGLNVQEV

UniProtKB: 60S ribosomal protein L38

+
分子 #40: Ribosomal protein L39

分子名称: Ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.528786 KDa
配列文字列:
MPSHKTFRIK QKLAKKQRQN RPIPYWIRMR TDNTIRYNAK RRHWRRTKLG F

UniProtKB: Ribosomal protein L39

+
分子 #41: Ubiquitin-like domain-containing protein

分子名称: Ubiquitin-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.82842 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLADYN IQKESTLHLV LRLRGGIIEP SLQALARKY NQEKMICRKC YARLHPRAVN CRKKKCGHSN QLRPKKKIKN

UniProtKB: Ubiquitin-like domain-containing protein

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分子 #42: Genome assembly, chromosome: II

分子名称: Genome assembly, chromosome: II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 12.152455 KDa
配列文字列:
MVNVPKTKKT YCKNKECKKH TLHKVTQYKK GKDSLSAQGK RRYDRKQSGY GGQT(MLZ)PVFHK KAKTTKKIVL KLQCQS CKH YSQRAIKRCK HFEIGGDKKG KGTSLF

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #43: 60S ribosomal protein L37a, expressed

分子名称: 60S ribosomal protein L37a, expressed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 10.266146 KDa
配列文字列:
MTKRTKKAGI VGKYGTRYGA SLRKQIKKME VSQHSKYFCE FCGKFAVKRK AVGIWGCKDC GKVKAGGAYT MNTASAVTVR STIRRLREQ TEA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L37a, expressed

+
分子 #44: Ribosomal L28e/Mak16 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal L28e/Mak16 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.607375 KDa
配列文字列:
MTTVPGSLVW ELVKKNNCFL IKQFGNSNAK VQFSKEPNNL YNVHSYKFSG LANSKTVAVQ PSAGEDKAVV LSTTKTKKQN TPAKLQHKT LMRKEFRKMA KSVKNQVCDN YYRPDLTKPA LARLSAVYRS LQVSKSGIKK KNRQPTKL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL28

+
分子 #45: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 72 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #46: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 242 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #47: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample is the large subunit of wheat ribosome

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 44.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 2.7 µm / 倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v7e

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105563
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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