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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human S1P transporter SPNS2 bound with an inhibitor 16d | |||||||||
![]() | SPNS2 wild type full map | |||||||||
![]() |
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![]() | Transpoter / LIPID TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||
![]() | Pang B / Yu LY / Ren RB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of Spns2-facilitated sphingosine-1-phosphate transport. 著者: Bin Pang / Leiye Yu / Tong Li / Haizhan Jiao / Xiaomei Wu / Jinxin Wang / Ruiping He / Yurou Zhang / Juan Wang / Hongli Hu / Wei Dai / Li Chen / Ruobing Ren / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 41.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 794.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 793.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jhrMC ![]() 8jhqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | SPNS2 wild type full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: SPNS2 wild type half B map
ファイル | emd_36285_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SPNS2 wild type half B map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SPNS2 wild type half A map
ファイル | emd_36285_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | SPNS2 wild type half A map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Wild type SPNS2
全体 | 名称: Wild type SPNS2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Wild type SPNS2
超分子 | 名称: Wild type SPNS2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
分子 | 名称: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 60.62193 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMMCLECAS AAAGGAEEEE ADAERRRRRR GAQRGAGGSG CCGARGAGGA GVSAAGDEVQ TLSGSVRRA PTGPPGTPGT PGCAATAKGP GAQQPKPASL GRGRGAAAAI LSLGNVLNYL DRYTVAGVLL DIQQHFGVKD R GAGLLQSV ...文字列: MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMMCLECAS AAAGGAEEEE ADAERRRRRR GAQRGAGGSG CCGARGAGGA GVSAAGDEVQ TLSGSVRRA PTGPPGTPGT PGCAATAKGP GAQQPKPASL GRGRGAAAAI LSLGNVLNYL DRYTVAGVLL DIQQHFGVKD R GAGLLQSV FICSFMVAAP IFGYLGDRFN RKVILSCGIF FWSAVTFSSS FIPQQYFWLL VLSRGLVGIG EASYSTIAPT II GDLFTKN TRTLMLSVFY FAIPLGSGLG YITGSSVKQA AGDWHWALRV SPVLGMITGT LILILVPATK RGHADQLGDQ LKA RTSWLR DMKALIRNRS YVFSSLATSA VSFATGALGM WIPLYLHRAQ VVQKTAETCN SPPCGAKDSL IFGAITCFTG FLGV VTGAG ATRWCRLKTQ RADPLVCAVG MLGSAIFICL IFVAAKSSIV GAYICIFVGE TLLFSNWAIT ADILMYVVIP TRRAT AVAL QSFTSHLLGD AGSPYLIGFI SDLIRQSTKD SPLWEFLSLG YALMLCPFVV VLGGMFFLAT ALFFVSDRAR AEQQVN QLA MPPASVKV UniProtKB: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 |
-分子 #2: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine
分子 | 名称: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: YUX |
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分子量 | 理論値: 343.506 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-YUX: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 113289 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |