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万見
- EMDB-36219: Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36219
タイトルCryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex
    • タンパク質・ペプチド: AT15141p
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase rdgC
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードPhosphatase / metal binding. / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of stimulus involved in sensory perception / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / thermotaxis / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity ...detection of stimulus involved in sensory perception / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / thermotaxis / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phototransduction / visual perception / calcium-mediated signaling / manganese ion binding / calmodulin binding / iron ion binding / calcium ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein phosphatase with EF-hands / : / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / IQ motif profile. ...Serine/threonine-protein phosphatase with EF-hands / : / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / IQ motif profile. / Metallo-dependent phosphatase-like / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
AT15141p / Serine/threonine-protein phosphatase rdgC
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Liu ZM / Liu W / Wu C / Liu J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex
著者: Liu ZM / Liu W / Wu C / Liu J
履歴
登録2023年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36219.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 328.32 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 328.32 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 328.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.135
最小 - 最大-0.9746241 - 1.6087819
平均 (標準偏差)0.00042282243 (±0.030805273)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 328.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36219_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36219_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex

全体名称: Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex
    • タンパク質・ペプチド: AT15141p
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase rdgC
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex

超分子名称: Cryo-EM structure of RDGC/Ca2+-CaM complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: AT15141p

分子名称: AT15141p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.82552 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MADQLTEEQI AEFKEAFSLF DKDGDGTITT KELGTVMRSL GQNPTEAELQ DMINEVDADG NGTIDFPEFL TMMARKMKDT DSEEEIREA FRVFDKDGNG FISAAELRHV MTNLGEKLTD EEVDEMIREA DIDGDGQVNY EEFVTMMTSK

UniProtKB: AT15141p

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分子 #2: Serine/threonine-protein phosphatase rdgC

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase rdgC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 68.828453 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDENAIRAAI FIQKWYRRHQ ARREMQRRCN WQIFQNLEYA SEQDQAELYK FFNDLIKHMP QAAGRKNQYQ GSDDKDDLVE EFGDIVNAK IELPIRKNHI DLLIDVFRKK RGNRLHPKYV ALILREAAKS LKQLPNISPV STAVSQQVTV CGDLHGKLDD L LVVLHKNG ...文字列:
MDENAIRAAI FIQKWYRRHQ ARREMQRRCN WQIFQNLEYA SEQDQAELYK FFNDLIKHMP QAAGRKNQYQ GSDDKDDLVE EFGDIVNAK IELPIRKNHI DLLIDVFRKK RGNRLHPKYV ALILREAAKS LKQLPNISPV STAVSQQVTV CGDLHGKLDD L LVVLHKNG LPSSSNPYVF NGDFVDRGKR GLEVLLLLLS LYLAFPNAVF LNRGNHEDSV MNARYGFIRE VESKYPRNHK RI LAFIDEV YRWLPLGSVL NSRVLIVHGG FSDSTSLDLI KSIDRGKYVS ILRPPLTDGE PLDKTEWQQI FDIMWSDPQA TMG CVPNTL RGAGVWFGPD VTDNFLQRHR LSYVIRSHEC KPNGHEFMHD NKIITIFSAS NYYAIGSNKG AYIRLNNQLM PHFV QYISA ASQTKRLSFK QRMGIVESSA LKELAVRMRD HRDELEDEFR KYDPKDSGYI SISHWCKVME NVTKLGLPWR LLRDK LAPG TDSQKVNYNR TLDLLDTDVI LEAEADGMSV MDALYANKAS LVAIFNIIDA DNSGEITLDE FETAIDLLVA HMPGAY SKA EMLEKCRMMD LNGDGKVDLN EFLEAFRLSD LHRKEQ

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase rdgC

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #6: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56344
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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