[日本語] English
万見
- EMDB-36143: CryoEM Structure of metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36143
タイトルCryoEM Structure of metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of the metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex
    • タンパク質・ペプチド: MIP05619p
    • タンパク質・ペプチド: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog
キーワードRab cascade / Rab GTPase / guanine nucleotide exchange factors / autophagy / Cryo-EM / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / autophagy / late endosome membrane / regulation of autophagy / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex / : / Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex, N-terminal / Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 ...Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex / : / Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex, N-terminal / Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of MON1-CCZ1 complex / Vacuolar fusion protein MON1 homolog / Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila (ハエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Jia GW / Yong X / Su ZM / Jia D
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1301900 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM Structure of metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex
著者: Jia GW / Yong X / Su ZM / Jia D
履歴
登録2023年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36143.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.156
最小 - 最大-0.7431838 - 1.2926095
平均 (標準偏差)0.00032284207 (±0.023989944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 326.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36143_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36143_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : CryoEM structure of the metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex

全体名称: CryoEM structure of the metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex
要素
  • 複合体: CryoEM structure of the metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex
    • タンパク質・ペプチド: MIP05619p
    • タンパク質・ペプチド: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog

-
超分子 #1: CryoEM structure of the metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex

超分子名称: CryoEM structure of the metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila (ハエ)

-
分子 #1: MIP05619p

分子名称: MIP05619p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila (ハエ)
分子量理論値: 72.058391 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDNSNGIHYI ELTPNPIRFD AVSQLTNVFF DDSNKQIFAV RSGGATGVVV KGPGSPDDVV ISFCMSDRGG AIRSIKFSPD NQILAVQRK ENSVEFICFQ GDQPLLQDII THQVKTLIHG FVWVHNREVA LISNTGVEVY TVVPEKRQVR SVKSLSIGIK W FAWCCDAN ...文字列:
MDNSNGIHYI ELTPNPIRFD AVSQLTNVFF DDSNKQIFAV RSGGATGVVV KGPGSPDDVV ISFCMSDRGG AIRSIKFSPD NQILAVQRK ENSVEFICFQ GDQPLLQDII THQVKTLIHG FVWVHNREVA LISNTGVEVY TVVPEKRQVR SVKSLSIGIK W FAWCCDAN VALLCTSEGN SLIPVLVKQK VITKLPKVDL GNPSRDVQES KVTLGQVYGV LAVLILQSNS TTGLMEVEVH LL NGPGLAP RKCHVLRLSL LGRFAINTVD NLIVVHHQAS GTSLLFDISL PGEVINEITY HTPITPGRSI KPFGLKLPSL SPD GQILQC ELYSTHWVLF QPNIVIDAKL GCMWFLNLCI EPLCQLISDR IRLTEFLLQR SNGKQMLLKV IGQLVDDQYK GTLL PVLET IFSRINKIYA SWVQLELQNQ TAQPSNVKTT TLKQSTPPIV LIEQLDMVQI FQRIARRPYT ESILMLYLQS LNKFN IAAQ EELSKMIISE LISNRSFDTL RRLVSYSMLL ESKSVACFLL SHSNVDTAIS QVAIDMLGRI EAHEIIIEVM LGQGKV IDA LRLAKNSMGL EKVPARKFLE AAHKTKDDLI FHSVYRFFQM RNLKLYETLS FPKAEQCTEF IQHYNNTFPA DNPTRQP VS

UniProtKB: Regulator of MON1-CCZ1 complex

-
分子 #2: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1

分子名称: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila (ハエ)
分子量理論値: 55.589875 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAKLLQRVEI TLRSFYIFNS TFGQVEGEEH KKVLFYHPND IELNTKIKDV GLSEAIIRFT GTFTSEDDCQ ALHTQKTTQL FYQPEPGYW LVLVLNVPKE VRLKEGVEVA DYRGAEISDR IYRAILRQCY QMFRFQNGCF SSCGSEEPNP DKRRELLCQK L LQFYDQHL ...文字列:
MAKLLQRVEI TLRSFYIFNS TFGQVEGEEH KKVLFYHPND IELNTKIKDV GLSEAIIRFT GTFTSEDDCQ ALHTQKTTQL FYQPEPGYW LVLVLNVPKE VRLKEGVEVA DYRGAEISDR IYRAILRQCY QMFRFQNGCF SSCGSEEPNP DKRRELLCQK L LQFYDQHL TNLRDPAQCD IIDMLHSIQY LPLDKTLFLR AQNFGTLCET FPDIKESIML YQEQVLCGGK LSPEDLHCVH SY VVQHVLK VEASSSTIAV SPSLKRSISE CQVGGFVRSR QKVAGDEHDA VNEEDHPMKV YVTLDKEAKP YYLLIYRALH ITL CLFLNA DQVAPKQDLY DDLHAYMAPQ LTSLARDISS ELTKEAVGAA GQDNSSGNSE TAPKYLFINE QSLQHHTNFQ RHLP QGLPR NVLSIIADLA NGSGKAEMES APAEEVQVKT TNDYWIVKRR CNYRQYYVIL CNSKATLLDV TQEARRIFEQ ELTDD VFFD K

UniProtKB: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog

-
分子 #3: Vacuolar fusion protein MON1 homolog

分子名称: Vacuolar fusion protein MON1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila (ハエ)
分子量理論値: 62.338719 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHHHHH ENLYFQGGGS MEVEQTSVRS DTNSTCEYLD AEGDPESPNL YQEADPDQEA EQQNHSIISE LRDGLGTMRD NSALSPEPG QENKGLAASV ESLALSTSTS AKTEDSIGGG LEEEYDYQHD SLWQGQKKHI FILSEAGKPI FSLHGNEDKL A TLFGVIQA ...文字列:
HHHHHHHHHH ENLYFQGGGS MEVEQTSVRS DTNSTCEYLD AEGDPESPNL YQEADPDQEA EQQNHSIISE LRDGLGTMRD NSALSPEPG QENKGLAASV ESLALSTSTS AKTEDSIGGG LEEEYDYQHD SLWQGQKKHI FILSEAGKPI FSLHGNEDKL A TLFGVIQA LVSFVQMGQD AITSIHAGGI KFAFMQRSSL ILVAASRSNM SVQQLQLQLG DVYNQILSIL TYSHMTKIFE RR KNFDLRR LLSGSERLFY NLLANDSSSA KVSNNIFTFL TNSIRVFPLP TTIRSQITSA IQSNCSKIKN LVFAVLIANN KLI ALVRMK KYSIHPADLR LIFNLVECSE SFKSSENWSP ICLPKFDMNG YLHAHVSYLA DDCQACLLLL SVDRDAFFTL AEAK AKITE KLRKSHCLEA INEELQQPFN AKLYQQVVGI PELRHFLYKP KSTAQLLCPM LRHPYKSLTE LERLEAIYCD LLHRI HNSS RPLKLIYEMK EREVVLAWAT GTYELYAIFE PVVDKATVIK YVDKLIKWIE KEYDVYFIRN HATF

UniProtKB: Vacuolar fusion protein MON1 homolog

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111235
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る