+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36138 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CrtSPARTA Octamer bound with guide-target | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | SPARTA / Ago / Tir / DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | TIR domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / signal transduction / Piwi domain-containing protein / TIR domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Guo LJ / Huang PP / Li ZX / Xiao YB / Chen MR | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Auto-inhibition and activation of a short Argonaute-associated TIR-APAZ defense system. 著者: Lijie Guo / Pingping Huang / Zhaoxing Li / Young-Cheul Shin / Purui Yan / Meiling Lu / Meirong Chen / Yibei Xiao / 要旨: Short prokaryotic Ago accounts for most prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) and is involved in defending bacteria against invading nucleic acids. Short pAgo associated with TIR-APAZ (SPARTA) has ...Short prokaryotic Ago accounts for most prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) and is involved in defending bacteria against invading nucleic acids. Short pAgo associated with TIR-APAZ (SPARTA) has been shown to oligomerize and deplete NAD upon guide-mediated target DNA recognition. However, the molecular basis of SPARTA inhibition and activation remains unknown. In this study, we determined the cryogenic electron microscopy structures of Crenotalea thermophila SPARTA in its inhibited, transient and activated states. The SPARTA monomer is auto-inhibited by its acidic tail, which occupies the guide-target binding channel. Guide-mediated target binding expels this acidic tail and triggers substantial conformational changes to expose the Ago-Ago dimerization interface. As a result, SPARTA assembles into an active tetramer, where the four TIR domains are rearranged and packed to form NADase active sites. Together with biochemical evidence, our results provide a panoramic vision explaining SPARTA auto-inhibition and activation and expand understanding of pAgo-mediated bacterial defense systems. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36138.map.gz | 290.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36138-v30.xml emd-36138.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36138_fsc.xml | 14.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36138.png | 48.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36138.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_36138_half_map_1.map.gz emd_36138_half_map_2.map.gz | 285 MB 285 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36138 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.105 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36138_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36138_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Short ago complexed with TIR-APAZ
全体 | 名称: Short ago complexed with TIR-APAZ |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Short ago complexed with TIR-APAZ
超分子 | 名称: Short ago complexed with TIR-APAZ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) |
-分子 #1: Piwi domain-containing protein
分子 | 名称: Piwi domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 58.304848 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKELIYIEEP SILFAHGQKC TDPRDGLALF GPLNQIYGIK SGVVGTQKGL QIFKSYLDKI QKPIYNHNNI TRPMFPGFEA VFGCKWESQ NIVFKEITDE EIRRYLFNAS THKRTYDLVT LFNDKIITAN KNDEERVDVW FVIVPEEIYK YCRPNSVLPN E LVQTKSLI ...文字列: MKELIYIEEP SILFAHGQKC TDPRDGLALF GPLNQIYGIK SGVVGTQKGL QIFKSYLDKI QKPIYNHNNI TRPMFPGFEA VFGCKWESQ NIVFKEITDE EIRRYLFNAS THKRTYDLVT LFNDKIITAN KNDEERVDVW FVIVPEEIYK YCRPNSVLPN E LVQTKSLI SKSKAKSFRY TPTLFEEFNK KLKEVEKEAK TYNYDAQFHD QLKARLLEHT IPTQILREST LAWRDFKNTF GA PIRDFSK IEGHLAWTIS TAAYYKAGGK PWKLGDIRPG VCYLGLVYKK IEKSKNPQNA CCAAQMFLDN GDGTVFKGEV GPW YNPEKG EYHLKPKEAK ALLTQALESY KEQNKSYPKE VFIHARTRFN DEEWNAFNEV TPKNTNLVGV TITKSKPLKL YKTE GAFPI MRGNAYIVDE KKAFLWTLGF VPKLQSTLSM EVPNPIFIEI NKGEAEIQQV LKDILALTKL NYNACIYADG EPVTL RFAN KIGEILTAST EIKTPPLAFK YYI UniProtKB: Piwi domain-containing protein |
-分子 #2: TIR domain-containing protein
分子 | 名称: TIR domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 53.256734 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRNKIFISHA TPEDDDFTRW LSLKLIGLGY EVWCDILFLD KGVDFWSTIE KEIRENTCKF LIVSSTAGNK REGVLKELAV ATKVKKHLQ DDMFIIPLAI DENLSYDDIN IEIVRLNAID FKKSWAKGLQ DLLDAFEKQN VPKKPPDHSK SNLLYQQIFL H DKQAIEKE ...文字列: MRNKIFISHA TPEDDDFTRW LSLKLIGLGY EVWCDILFLD KGVDFWSTIE KEIRENTCKF LIVSSTAGNK REGVLKELAV ATKVKKHLQ DDMFIIPLAI DENLSYDDIN IEIVRLNAID FKKSWAKGLQ DLLDAFEKQN VPKKPPDHSK SNLLYQQIFL H DKQAIEKE ETYDSNWFPI ISFPNELRFH RYDWRLPKQF DVRTLAFPAI RYKEYLCTFA WEYDFIHQLP KTETYNGQES IR ISTSDIL SGRYDTDFIR NYECQRLIVQ LINKAFELRM KDKNVREYQM SKTFAYWIEK GKLEKDKFEK IKLVGKQKNK YWH FGISAA GKLYPSPVLM VSSHIIFTMD GINLIKSKSI QHSSRRKQGK NWWNDKWREK LLAFIRFLSD DQNAIYLNVG SEEK ILISN KPLKFFGKMS YVTPSEVTLE EESVLADINN FEEDTEDLDE LEDIE UniProtKB: TIR domain-containing protein |
-分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP...
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3') タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 6.651949 KDa |
配列 | 文字列: UGACGGCUCU AAUCUAUUAG U |
-分子 #4: DNA (25-MER)
分子 | 名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 4 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 7.675 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT) |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | PDB-8jay: |