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- EMDB-36090: Structure of Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arres... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36090
タイトルStructure of Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1 (Local refine, cross-linked)
マップデータ
試料
  • 複合体: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1
    • 複合体: beta-arrestin1
      • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • 複合体: Fab30
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Light Chain
    • 複合体: Muscarinic receptor M2R
      • タンパク質・ペプチド: Muscarinic acetylcholine receptor M2
キーワードGPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding ...TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / cholinergic synapse / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of smooth muscle contraction / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / acetylcholine receptor binding / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / inositol hexakisphosphate binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (s) signalling events / clathrin binding / small molecule binding / regulation of heart contraction / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / negative regulation of Notch signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor binding / receptor internalization / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to virus / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / nervous system development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / postsynaptic membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / synapse / dendrite / nucleolus / Golgi apparatus / signal transduction / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Beta-arrestin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Maharana J / Sano FK / Shihoya W / Banerjee R / Nureki O / Shukla AK
資金援助 インド, 4件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/20/1/504916 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2022/002646 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into atypical modes of β-arrestin interaction with seven transmembrane receptors.
著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan ...著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan / Mohamed Chami / Wataru Shihoya / Jana Selent / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
要旨: β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor ...β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor activation and phosphorylation. Here, we present seven cryo-electron microscopy structures of βarrs either in the basal state, activated by the muscarinic receptor subtype 2 (M2R) through its third intracellular loop, or activated by the βarr-biased decoy D6 receptor (D6R). Combined with biochemical, cellular, and biophysical experiments, these structural snapshots allow the visualization of atypical engagement of βarrs with 7TMRs and also reveal a structural transition in the carboxyl terminus of βarr2 from a β strand to an α helix upon activation by D6R. Our study provides previously unanticipated molecular insights into the structural and functional diversity encoded in 7TMR-βarr complexes with direct implications for exploring novel therapeutic avenues.
履歴
登録2023年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36090.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.267 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.267 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.267 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3487 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.018238664 - 1.9364787
平均 (標準偏差)0.0003337101 (±0.011066436)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 345.2672 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36090_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36090_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1

全体名称: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1
要素
  • 複合体: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1
    • 複合体: beta-arrestin1
      • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • 複合体: Fab30
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Light Chain
    • 複合体: Muscarinic receptor M2R
      • タンパク質・ペプチド: Muscarinic acetylcholine receptor M2

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超分子 #1: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1

超分子名称: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: beta-arrestin1

超分子名称: beta-arrestin1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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超分子 #3: Fab30

超分子名称: Fab30 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: Muscarinic receptor M2R

超分子名称: Muscarinic receptor M2R / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Beta-arrestin-1

分子名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 39.656668 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GTRVFKKASP NGKLTVYLGK RDFVDHIDLV EPVDGVVLVD PEYLKERRVY VTLTCAFRYG REDLDVLGLT FRKDLFVANV QSFPPAPED KKPLTRLQER LIKKLGEHAY PFTFEIPPNL PCSVTLQPGP EDTGKACGVD YEVKAFCAEN LEEKIHKRNS V RLVIRKVQ ...文字列:
GTRVFKKASP NGKLTVYLGK RDFVDHIDLV EPVDGVVLVD PEYLKERRVY VTLTCAFRYG REDLDVLGLT FRKDLFVANV QSFPPAPED KKPLTRLQER LIKKLGEHAY PFTFEIPPNL PCSVTLQPGP EDTGKACGVD YEVKAFCAEN LEEKIHKRNS V RLVIRKVQ YAPERPGPQP TAETTRQFLM SDKPLHLEAS LDKEIYYHGE PISVNVHVTN NTNKTVKKIK ISVRQYADIC LF NTAQYKC PVAMEEADDT VAPSSTFCKV YTLTPFLANN REKRGLALDG KLKHEDTNLA SSTLLREGAN REILGIIVSY KVK VKLVVS RGGLLGDLAS SDVAVELPFT LMHPKPK

UniProtKB: Beta-arrestin-1

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分子 #2: Fab30 Heavy Chain

分子名称: Fab30 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.861245 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFNVYS SSIHWVRQAP GKGLEWVASI SSYYGYTYYA DSVKGRFTIS ADTSKNTAYL QMNSLRAED TAVYYCARSR QFWYSGLDYW GQGTLVTV

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分子 #3: Fab30 Light Chain

分子名称: Fab30 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.50082 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYKYVPVTFG QGTKVEI

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分子 #4: Muscarinic acetylcholine receptor M2

分子名称: Muscarinic acetylcholine receptor M2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.226853 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
EN(TPO)V(SEP)(TPO)(SEP)LG

UniProtKB: Muscarinic acetylcholine receptor M2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 実像数: 17869 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5235492
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8go8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 63372
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8go8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8j97:
Structure of Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1 (Local refine, cross-linked)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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