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万見
- EMDB-36082: Structure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36082
タイトルStructure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp
マップデータ
試料
  • 複合体: beta-arrestin1 in complex with D6Rpp
    • 複合体: beta-arrestin-1
      • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • 複合体: Fab30 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Heavy Chain
    • 複合体: Fab30 Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Light Chain
    • 複合体: Phosphopeptide derived from the C-terminal tail of ACKR2 (D6R) receptor
      • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 2
キーワードGPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN / SYGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / alpha-1B adrenergic receptor binding ...V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / alpha-1B adrenergic receptor binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / angiotensin receptor binding / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / chemokine receptor activity / MAP2K and MAPK activation / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of interleukin-8 production / C-C chemokine receptor activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / C-C chemokine binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Chemokine receptors bind chemokines / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / scavenger receptor activity / response to morphine / clathrin binding / stress fiber assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / pseudopodium / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of receptor internalization / negative regulation of Notch signaling pathway / phototransduction / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / negative regulation of protein ubiquitination / GTPase activator activity / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of protein ubiquitination / cell chemotaxis / actin filament / phosphoprotein binding / calcium-mediated signaling / G protein-coupled receptor binding / recycling endosome / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / protein transport / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / dendritic spine / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / transcription coactivator activity / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic density / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Chemokine receptor family / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Chemokine receptor family / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / : / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical chemokine receptor 2 / Beta-arrestin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Maharana J / Sarma P / Yadav MK / Chami M / Banerjee R / Shukla AK
資金援助 インド, 4件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/20/1/504916 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2022/002646 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into atypical modes of β-arrestin interaction with seven transmembrane receptors.
著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan ...著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan / Mohamed Chami / Wataru Shihoya / Jana Selent / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
要旨: β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor ...β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor activation and phosphorylation. Here, we present seven cryo-electron microscopy structures of βarrs either in the basal state, activated by the muscarinic receptor subtype 2 (M2R) through its third intracellular loop, or activated by the βarr-biased decoy D6 receptor (D6R). Combined with biochemical, cellular, and biophysical experiments, these structural snapshots allow the visualization of atypical engagement of βarrs with 7TMRs and also reveal a structural transition in the carboxyl terminus of βarr2 from a β strand to an α helix upon activation by D6R. Our study provides previously unanticipated molecular insights into the structural and functional diversity encoded in 7TMR-βarr complexes with direct implications for exploring novel therapeutic avenues.
履歴
登録2023年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36082.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36082.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.46 Å/pix.
x 288 pix.
= 421.43 Å		1.46 Å/pix.
x 288 pix.
= 421.43 Å		1.46 Å/pix.
x 288 pix.
= 421.43 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4633 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.2500287 - 2.437378
平均 (標準偏差)-0.00026206762 (±0.0247881)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 421.4304 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36082_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36082_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : beta-arrestin1 in complex with D6Rpp

全体名称: beta-arrestin1 in complex with D6Rpp
要素
  • 複合体: beta-arrestin1 in complex with D6Rpp
    • 複合体: beta-arrestin-1
      • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • 複合体: Fab30 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Heavy Chain
    • 複合体: Fab30 Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Light Chain
    • 複合体: Phosphopeptide derived from the C-terminal tail of ACKR2 (D6R) receptor
      • タンパク質・ペプチド: Atypical chemokine receptor 2

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超分子 #1: beta-arrestin1 in complex with D6Rpp

超分子名称: beta-arrestin1 in complex with D6Rpp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: beta-arrestin-1

超分子名称: beta-arrestin-1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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超分子 #3: Fab30 Heavy Chain

超分子名称: Fab30 Heavy Chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: Fab30 Light Chain

超分子名称: Fab30 Light Chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #5: Phosphopeptide derived from the C-terminal tail of ACKR2 (D6R) re...

超分子名称: Phosphopeptide derived from the C-terminal tail of ACKR2 (D6R) receptor
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: Beta-arrestin-1

分子名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 47.088508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI ...文字列:
MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI RKVQYAPERP GPQPTAETTR QFLMSDKPLH LEASLDKEIY YHGEPISVNV HVTNNTNKTV KKIKISVRQY AD ICLFNTA QYKCPVAMEE ADDTVAPSST FCKVYTLTPF LANNREKRGL ALDGKLKHED TNLASSTLLR EGANREILGI IVS YKVKVK LVVSRGGLLG DLASSDVAVE LPFTLMHPKP KEEPPHREVP ESETPVDTNL IELDTNDDDI VFEDFARQRL KGMK DDKDE EDDGTGSPHL NNR

UniProtKB: Beta-arrestin-1

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分子 #2: Fab30 Heavy Chain

分子名称: Fab30 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.512354 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK THHHHHHHH

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分子 #3: Fab30 Light Chain

分子名称: Fab30 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.435064 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: Atypical chemokine receptor 2

分子名称: Atypical chemokine receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.352668 KDa
配列文字列:
G(TPO)AQA(SEP)L(SEP)(SEP)C (SEP)E(SEP)(SEP)IL(TPO)A

UniProtKB: Atypical chemokine receptor 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaClSodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 実像数: 9698 / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5300908
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8go8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 369871
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8go8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8j8z:
Structure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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