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万見
- EMDB-3600: Contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa type six secretion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3600
タイトルContracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa type six secretion system consisting of TssB1 and TssC1
マップデータ
試料
  • 複合体: contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa T6SS consisting of TssB1 and TssC1
    • 複合体: AO964_32215, PAERUG_E15_London_28_01_14_04448, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_02574, PAMH19_0082
      • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion protein, family
    • 複合体: U769_00445
      • タンパク質・ペプチド: EvpB family type VI secretion protein
キーワードtype six secretion system / structural protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system contractile sheath small subunit / : / Type VI secretion system sheath protein TssC1 / Type VI secretion system sheath protein TssB1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Salih O / He S
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Atomic Structure of Type VI Contractile Sheath from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Osman Salih / Shaoda He / Sara Planamente / Lasse Stach / James T MacDonald / Eleni Manoli / Sjors H W Scheres / Alain Filloux / Paul S Freemont /
要旨: Pseudomonas aeruginosa has three type VI secretion systems (T6SSs), H1-, H2-, and H3-T6SS, each belonging to a distinct group. The two T6SS components, TssB/VipA and TssC/VipB, assemble to form ...Pseudomonas aeruginosa has three type VI secretion systems (T6SSs), H1-, H2-, and H3-T6SS, each belonging to a distinct group. The two T6SS components, TssB/VipA and TssC/VipB, assemble to form tubules that conserve structural/functional homology with tail sheaths of contractile bacteriophages and pyocins. Here, we used cryoelectron microscopy to solve the structure of the H1-T6SS P. aeruginosa TssB1C1 sheath at 3.3 Å resolution. Our structure allowed us to resolve some features of the T6SS sheath that were not resolved in the Vibrio cholerae VipAB and Francisella tularensis IglAB structures. Comparison with sheath structures from other contractile machines, including T4 phage and R-type pyocins, provides a better understanding of how these systems have conserved similar functions/mechanisms despite evolution. We used the P. aeruginosa R2 pyocin as a structural template to build an atomic model of the TssB1C1 sheath in its extended conformation, allowing us to propose a coiled-spring-like mechanism for T6SS sheath contraction.
履歴
登録2017年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月29日-
マップ公開2018年1月10日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0385
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0385
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5n8n
  • 表面レベル: 0.0385
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5n8n
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3600.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3600.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 250 pix.
= 335. Å		1.34 Å/pix.
x 250 pix.
= 335. Å		1.34 Å/pix.
x 250 pix.
= 335. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0385 / ムービー #1: 0.0385
最小 - 最大-0.28614312 - 0.5116937
平均 (標準偏差)0.0024665967 (±0.029884944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 335.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.000335.000335.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.2860.5120.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa T6SS consisting of ...

全体名称: contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa T6SS consisting of TssB1 and TssC1
要素
  • 複合体: contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa T6SS consisting of TssB1 and TssC1
    • 複合体: AO964_32215, PAERUG_E15_London_28_01_14_04448, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_02574, PAMH19_0082
      • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion protein, family
    • 複合体: U769_00445
      • タンパク質・ペプチド: EvpB family type VI secretion protein

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超分子 #1: contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa T6SS consisting of ...

超分子名称: contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa T6SS consisting of TssB1 and TssC1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: AO964_32215, PAERUG_E15_London_28_01_14_04448, PAERUG_P32_London_...

超分子名称: AO964_32215, PAERUG_E15_London_28_01_14_04448, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_02574, PAMH19_0082
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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超分子 #3: U769_00445

超分子名称: U769_00445 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: Type VI secretion protein, family

分子名称: Type VI secretion protein, family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 14.634741 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TTSSQKFIAR NRAPRVQIEY DVELYGAEKK VQLPFVMGVM ADLAGKPAEP QAAVADRKFL EIDVDNFDAR LKAMKPRVAF NVPNVLTGE GNLSLDITFE SMDDFSPAAV ARKVDSLNKL LEARTQLANL LTY

UniProtKB: Type VI secretion system contractile sheath small subunit

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分子 #2: EvpB family type VI secretion protein

分子名称: EvpB family type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 51.721125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: REAVETAVRT LAEHALEQTS LISNDAIKSI ESIIAALDAK LTAQVNLIMH HADFQQLESA WRGLHYLVNN TETDEQLKIR VLNISKPEL HKTLKKFKGT TWDQSPIFKK LYEEEYGQFG GEPYGCLVGD YYFDQSPPDV ELLGEMAKIS AAMHAPFISA A SPTVMGMG ...文字列:
REAVETAVRT LAEHALEQTS LISNDAIKSI ESIIAALDAK LTAQVNLIMH HADFQQLESA WRGLHYLVNN TETDEQLKIR VLNISKPEL HKTLKKFKGT TWDQSPIFKK LYEEEYGQFG GEPYGCLVGD YYFDQSPPDV ELLGEMAKIS AAMHAPFISA A SPTVMGMG SWQELSNPRD LTKIFTTPEY AGWRSLRESE DSRYIGLTMP RFLARLPYGA KTDPVEEFAF EEETDGADSS KY AWANSAY AMAVNINRSF KLYGWCSRIR GVESGGEVQG LPAHTFPTDD GGVDMKCPTE IAISDRREAE LAKNGFMPLL HKK NTDFAA FIGAQSLQKP AEYDDPDATA NANLAARLPY LFATCRFAHY LKCIVRDKIG SFKEKDEMQR WLQDWILNYV DGDP AHSTE TTKAQHPLAA AEVVVEEVEG NPGYYNSKFF LRPHYQLEGL TVSLRLVSKL PSAKEA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A0E1AL03

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 20.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 27.7 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71264
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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