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- EMDB-35978: Structure of HerA-Sir2 complex from Escherichia coli Nezha system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35978
タイトルStructure of HerA-Sir2 complex from Escherichia coli Nezha system
マップデータmrc-map
試料
  • 複合体: HerA-Sir2
    • タンパク質・ペプチド: SIR2-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside triphosphate hydrolase
  • リガンド: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードdefense system HerA Sir2 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Helicase HerA, central domain / Helicase HerA, central domain / SIR2-like domain / SIR2-like domain / hydrolase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / SIR2-like domain-containing protein / Nucleoside triphosphate hydrolase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Chen Q / Yu Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270761, 31741027 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Multiple enzymatic activities of a Sir2-HerA system cooperate for anti-phage defense.
著者: Dongmei Tang / Yijun Chen / Hao Chen / Tingting Jia / Qiang Chen / Yamei Yu /
要旨: In response to the persistent exposure to phage infection, bacteria have evolved diverse antiviral defense mechanisms. In this study, we report a bacterial two-component defense system consisting of ...In response to the persistent exposure to phage infection, bacteria have evolved diverse antiviral defense mechanisms. In this study, we report a bacterial two-component defense system consisting of a Sir2 NADase and a HerA helicase. Cryo-electron microscopy reveals that Sir2 and HerA assemble into a ∼1 MDa supramolecular octadecamer. Unexpectedly, this complex exhibits various enzymatic activities, including ATPase, NADase, helicase, and nuclease, which work together in a sophisticated manner to fulfill the antiphage function. Therefore, we name this defense system "Nezha" after a divine warrior in Chinese mythology who employs multiple weapons to defeat enemies. Our findings demonstrate that Nezha could sense phage infections, self-activate to arrest cell growth, eliminate phage genomes, and subsequently deactivate to allow for cell recovery. Collectively, Nezha represents a paradigm of sophisticated and multifaceted strategies bacteria use to defend against viral infections.
履歴
登録2023年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35978.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mrc-map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 355.2 Å		1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 355.2 Å		1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 355.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.176
最小 - 最大-2.1500983 - 2.8305874
平均 (標準偏差)0.0034800565 (±0.0858596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 355.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: mrc-map

ファイルemd_35978_half_map_1.map
注釈mrc-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-mapA

ファイルemd_35978_half_map_2.map
注釈half-mapA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HerA-Sir2

全体名称: HerA-Sir2
要素
  • 複合体: HerA-Sir2
    • タンパク質・ペプチド: SIR2-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside triphosphate hydrolase
  • リガンド: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: HerA-Sir2

超分子名称: HerA-Sir2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: SIR2-like domain-containing protein

分子名称: SIR2-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 46.817664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSIYQGGNKL NEDDFRSHVY SLCQLDNVGV LLGAGASVGC GGKTMKDVWK SFKQNYPELL GALIDKYLLV SQIDSDNNLV NVELLIDEA TKFLSVAKTR RCEDEEEEFR KILSSLYKEV TKAALLTGEQ FREKNQGKKD AFKYHKELIS KLISNRQPGQ S APAIFTTN ...文字列:
MSIYQGGNKL NEDDFRSHVY SLCQLDNVGV LLGAGASVGC GGKTMKDVWK SFKQNYPELL GALIDKYLLV SQIDSDNNLV NVELLIDEA TKFLSVAKTR RCEDEEEEFR KILSSLYKEV TKAALLTGEQ FREKNQGKKD AFKYHKELIS KLISNRQPGQ S APAIFTTN YDLALEWAAE DLGIQLFNGF SGLHTRQFYP QNFDLAFRNV NAKGEARFGH YHAYLYKLHG SLTWYQNDSL TV NEVSASQ AYDEYINDII NKDDFYRGQH LIYPGANKYS HTIGFVYGEM FRRFGEFISK PQTALFINGF GFGDYHINRI ILG ALLNPS FHVVIYYPEL KEAITKVSKG GGSEAEKAIV TLKNMAFNQV TVVGGGSKAY FNSFVEHLPY PVLFPRDNIV DELV EAIAN LSKGEGNVPF

UniProtKB: SIR2-like domain-containing protein

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分子 #2: Nucleoside triphosphate hydrolase

分子名称: Nucleoside triphosphate hydrolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 68.431992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLFKLTEIS AIGYVVGLEG ERIRINLHEG LQGRLASHRK GVSSVTQPGD LIGFDAGNIL VVARVTDMAF VEADKAHKAN VGTSDLADI PLRQIIAYAI GFVKRELNGY VFISEDWRLP ALGSSAVPLT SDFLNIIYSI DKEELPKAVE LGVDSRTKTV K IFASVDKL ...文字列:
MSLFKLTEIS AIGYVVGLEG ERIRINLHEG LQGRLASHRK GVSSVTQPGD LIGFDAGNIL VVARVTDMAF VEADKAHKAN VGTSDLADI PLRQIIAYAI GFVKRELNGY VFISEDWRLP ALGSSAVPLT SDFLNIIYSI DKEELPKAVE LGVDSRTKTV K IFASVDKL LSRHLAVLGS TGYGKSNFNA LLTRKVSEKY PNSRIVIFDI NGEYAQAFTG IPNVKHTILG ESPNVDSLEK KQ QKGELYS EEYYCYKKIP YQALGFAGLI KLLRPSDKTQ LPALRNALSA INRTHFKSRN IYLEKDDGET FLLYDDCRDT NQS KLAEWL DLLRRRRLKR TNVWPPFKSL ATLVAEFGCV AADRSNGSKR DAFGFSNVLP LVKIIQQLAE DIRFKSIVNL NGGG ELADG GTHWDKAMSD EVDYFFGKEK GQENDWNVHI VNMKNLAQDH APMLLSALLE MFAEILFRRG QERSYPTVLL LEEAH HYLR DPYAEIDSQI KAYERLAKEG RKFKCSLIVS TQRPSELSPT VLAMCSNWFS LRLTNERDLQ ALRYAMESGN EQILKQ ISG LPRGDAVAFG SAFNLPVRIS INQARPGPKS SDAVFSEEWA NCTELRC

UniProtKB: Nucleoside triphosphate hydrolase

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分子 #3: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]ME...

分子名称: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: AR6
分子量理論値: 559.316 Da

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 590454
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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