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- EMDB-35899: FCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35899
タイトルFCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds to the PSII core in the diatom Thalassiosira pseudonana
マップデータ
試料
  • 複合体: M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseudonana at 3.19 angstrom
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 9種
キーワードFCP / heterodimer / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / plastid / chlorophyll binding / response to light stimulus / membrane
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade / Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Li Z / Feng Y / Wang W / Shen JR
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure of a diatom photosystem II supercomplex containing a member of Lhcx family and dimeric FCPII.
著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Xiaoyi Li / Lili Shen / Xueyang Liu / Cuicui Zhou / Jinyang Zhang / Min Sang / Guangye Han / Wenqiang Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We report a unique structure of photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex from at 2.68-Å resolution by cryo-electron microscopy. FCPIIs within this PSII-FCPII supercomplex exist in dimers and monomers, and a homodimer and a heterodimer were found to bind to a PSII core. The FCPII homodimer is formed by Lhcf7 and associates with PSII through an Lhcx family antenna Lhcx6_1, whereas the heterodimer is formed by Lhcf6 and Lhcf11 and connects to the core together with an Lhcf5 monomer through Lhca2 monomer. An extended pigment network consisting of diatoxanthins, diadinoxanthins, fucoxanthins, and chlorophylls is revealed, which functions in efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. These results provide a structural basis for revealing the energy transfer and dissipation mechanisms and also for the structural diversity of FCP antennas in diatoms.
履歴
登録2023年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35899.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.24929167 - 0.5981119
平均 (標準偏差)-0.0006765118 (±0.009176806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35899_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35899_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseu...

全体名称: M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseudonana at 3.19 angstrom
要素
  • 複合体: M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseudonana at 3.19 angstrom
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

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超分子 #1: M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseu...

超分子名称: M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseudonana at 3.19 angstrom
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)

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分子 #1: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade

分子名称: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 24.10099 KDa
配列文字列: WNEAPRALPF GSAPPTLDGS LVGDVGFDPI GFSTAPFASF NNPIYQEGNF MTDVQWLREA ELTHGRIAQL AVVGFIWPAL FGTFPGNEN FGGADAYSYV NPLEAINHIP SLAIYQIVGG MAWVEYQRVQ RIKEQGKDRI SGDIGLAYPG GWNPFNINYS P EEYAEKQL ...文字列:
WNEAPRALPF GSAPPTLDGS LVGDVGFDPI GFSTAPFASF NNPIYQEGNF MTDVQWLREA ELTHGRIAQL AVVGFIWPAL FGTFPGNEN FGGADAYSYV NPLEAINHIP SLAIYQIVGG MAWVEYQRVQ RIKEQGKDRI SGDIGLAYPG GWNPFNINYS P EEYAEKQL QEIKHCRLAM LGAFGLFFQA LNSGEDIVSQ LSPAFAAPEY AAKAGYFLPQ GI

UniProtKB: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade

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分子 #2: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid

分子名称: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 17.7451 KDa
配列文字列:
ENEIGVLPPT GFFDPAGLSD GISQEKFDSY RLAELKHGRA AMLAVLGYVA PETYRFGYDL IPGELSTNDI PNGVAAIKAI PFGGWAQMI AFVGCVETYG WFTSPTGVLD LPDDILAKRQ TAELQHGRLA MLAFLELIRH DSQNLAQPGF DGLDNLITGL P FLY

UniProtKB: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid

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分子 #3: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 17.614867 KDa
配列文字列:
ESEIGAQAPL GFWDPLGFLD RADQETFDRL RYVELKHGRI AQLAFVGNLI TRAGYHLPGD ISLGRAFADV PNGIAAINGP DAISTAALL QTLAFIGFLE TRVMIDATGE SQFRGDFRNG FDFGWDKQSP EWQTNKRAIE LNQGRAAMMG ILGLMMHEQV G

UniProtKB: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6

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分子 #4: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana (珪藻)
分子量理論値: 18.380953 KDa
配列文字列:
FENELGAQPP LGFFDPLGML DEAGQARFDR LRYVELKHGR ICQLAFLGNI ITRAGIHLPG AISLDGTKFS DIGNGWAGSF EVPKDGALQ ILFFVGFLEL FVMKDVTGEG EFVGDFRNGA LDFGWDSFSE ETKLQKRAIE LNNGRAAMMG ILGLMVHEQL G GELPIVGQ

UniProtKB: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5

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分子 #5: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 39 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

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分子 #6: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

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分子 #7: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 17 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

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分子 #8: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

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分子 #9: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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分子 #10: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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分子 #11: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #12: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

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分子 #13: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97098
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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